執業藥師之中藥學專業知識二的試卷結構為A型題（最佳選擇題）40題、B型題（配伍選擇題）60題、C型題（綜合分析選擇題）10題和X型題（多項選擇題）10題，共計120題，每題1分，滿分120分，及格線一般是72分。
A型題（最佳選擇題）共40題。
A型題為例題在前，選項在後。共有A、B、C、D、E五個備選答案，其中只有一個為最佳答案，其餘選項為干擾答案。考生須在5個選項中選出一個最符合題意的答案（最佳答案），並按考試規定的方式在答題卡相應位置上的字母塗黑。
A型題
B型題（最佳選擇題）共60題。
B型題是一組試題（2~4個）共用一組A、B、C、D、E五個備選答案。選項在前，題幹在後，每題只有一個正確答案。每個選項可選擇一次，也可重複選用，也可不被選用，考生只須為每道試題選出一個最佳答案，並按考試規定的方式在答題卡相應位置上的字母塗黑。
B型題
C型題（綜合分析選擇題）共10題。
C型題包括一則試題背景信息和一組試題（2~5個）這一組試題是基於一個臨床情景、病理實例或者案例的背景信息逐題展開，每題都有獨立的備用選項。例題在前備選項在後，每題只有一個最佳答案。
X型題（多項選擇題）共10題。
X型題有一個例題和ABCDE五個備選項組成，例題在前，選項在後。要求考生從五個備選答案中選出二個或二個以上的正確答案，多選、少選、錯選均不得分。
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