崇祯元年，袁崇焕被重新启用担任兵部尚书，他向崇祯夸下海口：“五年全辽可平！”不过条件是朝廷要给他足够的钱粮、足够的信任、足够的权力，崇祯都一一答应了。
随后，袁崇焕耗了巨资打造了宁锦防线，接着他要求防线的守将，全部换上自己的心腹祖大寿、何可刚、赵率教等。
但紧接着发生的两件事让他失去了崇祯的信任。
毛文龙孤守东江，袁崇焕完全管制不了他，而且常常以“牵制后金”，勒索大量钱财，占用了袁崇焕大量的军费。同时，毛文龙是魏忠贤的党羽，本来就为崇祯、东林党所不容。袁崇焕认为杀了他，没人会追究他的责任。
但是他却没能控制住毛文龙的军队，使得后金白白得了一精锐部队，除掉了毛文龙，在一定程度解决了他自己的军饷问题，但军饷问题依然困扰着袁崇焕，为筹集军饷，袁崇焕未经崇祯同意，私自贩卖军粮给已投降后金的蒙古人。崇祯得知后，曾提醒他，后金也极度缺粮，蒙古人有可能会转手卖给后金。袁崇焕一方面是没办法，另一方面自认为和蒙古贵族私交不错，也自以为很了解蒙古人，所以并没有接受警告。
导致袁崇焕最终悲剧下场的主要原因，是和后金议和，崇祯时期一直以来就存在主战、主和两派，东林党是坚决主战，但他们纯粹是文人意气用事的风格，不讲任何策略，不管朝廷难处的。而当家深知柴米贵的崇祯也希望暂时议和，不过自魏忠贤被他急不可耐的除掉后，东林党一家独大，有些事情崇祯已做不了主。袁崇焕议和的想法和崇祯是不谋而合的，但崇祯不敢明面上去支持。而袁崇焕却因此被东林党抛弃，除掉他只需要一个机会。
于是，本已无力攻打明朝的后金，在获得蒙古提供的军粮后，绕道蒙古突破大明防守最薄弱遵化、三屯营，一路西进，直逼京城。袁崇焕虽然带兵解了围，但却失去了崇祯的信任。
失去了崇祯的庇护，东林党对袁崇焕下手，就再容易不过了。后来东林党、崇祯借皇太极的反间计，判处了袁崇焕凌迟处死。而不明真相的老百姓，听信东林党的谣言，争相抢食袁崇焕的肉，一代名将落得个如此的悲惨下场。总得来说，袁崇焕是一心为国，但缺乏政治智谋，他没弄清他自认为的坚强后盾崇祯，并不能完全掌握朝权。
