大棚番茄在種植時應選擇抗病品種，注意輪作換茬，稀植。定植時地面覆蓋地膜，合理施肥澆水，適時通風降溼。掛果期在晴天上午澆水，陰天或傍晚不宜澆水，避免溼度過大誘發病害。及時摘除果面殘留枯花瓣與病果及下部的病葉，並帶出田外集中深埋。
不然進入開花掛果期，隨著追肥、澆水次數的增加，容易發生早疫病、葉黴病、灰黴病。而番茄枯萎病，是通過帶菌的土壤和流水傳播蔓延，它發生的適宜溫度是28℃，土壤溼度越大，發病越嚴重。
如何防治這些病害呢？
枯萎病：
應與蔥蒜類蔬菜實行3至4年的輪作；防止幼苗染病，即育苗的苗床要採用新土或者進行苗床消毒；播種前應進行種子消毒，可使用0.10%硫酸銅溶液浸種5分鐘，洗淨後催芽播種；發病後要及時拔除病株並噴藥保護；在幼苗期後至發病初期，進行藥劑灌根。可用70%甲基託布津可溼性粉劑1000倍液、50%多菌靈可溼性粉劑600倍液等，每株用藥100毫升，間隔10天灌一次，連灌3至4次。
早疫病：
用70%甲基託布津800倍液、75%百菌清600倍液、70%代森錳鋅500倍液、77%可殺得500倍液，交替噴霧；陰雨天氣不宜噴霧，改用45%百菌清煙劑燻蒸，每667平方米用藥250g。番茄上市前10天停止施藥，避免果實汙染。
灰黴病：
採取激素沾花帶藥預防，即番茄第1花穗50%開花後，氣溫低於20℃時，用毛筆蘸50ml/L防落素液（或15～20ml/L2，4-D）和0.1%速克靈混合液塗花柄；氣溫20～30℃用30ml/L防落素液和0.1%速克靈混合液噴花；氣溫高於30℃用10ml/L防落素和0.1%速克靈液噴花。隨著氣溫升高，防落素濃度要逐步下降，噴花時不能碰到生長點，以防藥害。發病初期用50%速克靈（或撲海因）1000倍液、40%施佳樂600～800倍液、65%甲黴靈600倍液，交替噴霧花和幼果，每7天1次，連噴2～3次。
葉黴病：
用40%杜邦福星5000倍液或47%加瑞農800倍液交替噴霧，每7天噴1次，連噴3～5次。
