出走之謎
出走原因
一種說法認為石達開率部出走的根本原因是由於農民小生產的經濟地位所然，沒有明確的政治綱領和共同的信仰，因此當太平天國內部發生的矛盾無法解決時，分裂就不可避免。
該說法認為洪秀全對石達開的不信任和洪仁達、洪仁發對石達開的轄制，是造成洪石分裂的重要原因。洪秀全作為農民領袖，具有濃厚的帝王思想，而且狹隘自私。天京事變後，“過著脫離群眾的腐朽的帝王生活、教主生活，養尊處優，壯志消磨殆盡。經過楊秀清的擅權逼封和韋昌輝的暴亂屠殺後，更是時刻疑慮別人篡奪他的王位。"“不從楊韋事件中吸取教訓，團結起來一致對敵，反而猜忌開國元勳和重臣們，使親者痛，仇者快。”石達開居於輔政之位而有震主之威，在洪秀全看來，這對他很不利。石達開回京後，洪秀全心有不悅，並專用與挾制石達開、胸無大志的安、福兩王，因為他與安福二王結怨，所以被迫出京。為避免步楊秀清後塵，石達開決心分裂。”所以該說法認為“對於石達開的出走，洪秀全應負主要責任”，並把洪秀為“一己之王位，任人唯親，妒賢忌能，猜忌功臣，破壞團結”視作嚴重錯誤，並認為安福二王並未“陰圖戕害”石達開。稱安、福兩王只是“洪秀全維護洪氏王朝、牽制和排擠石達開的工具。”
羅爾綱認為石達開“對洪仁發、洪仁達的挾制，應該委曲求全，忍辱負重以求內部團結；對洪秀全的疑忌．應該用忠貞的行動，以消釋洪秀全的疑忌。後來忠王李秀成也給洪仁發等欺壓，也給洪秀全猜忌，李秀成對付洪姓只是委曲求全，忍辱負重。雖然得不到團結的結果，但洪姓也沒有再進一步殺害他。”
持“洪秀全責任說”者“認為石達開文武兼備，雖有君臣之別，但確具有與洪秀全分庭抗禮的地位和威望。”這也正是封建帝王思想嚴重的洪秀全疑忌石達開、對其感到畏懼的根本所在。洪秀全深知石達開是一個桀驁不馴的實力派人物，很容易由於戒心而將隱忍退讓視為是韜晦之計和陰謀手段。所以他們認為“委曲求全不可能達到加強團結的目的。”“”石達開一人之下、萬人之上、眾望所歸、卻又被懷疑為要篡權，而楊秀清之鑑不遠，加之對洪秀全性格的瞭解以及洪氏兄弟的逼迫，這一切使石達開很難產生委曲求全的想法。
該說認為石達開拒絕取代洪秀全是因為他效忠盡忠，絕不會做楊秀清第二。同時朝中文武人心歸向石達開，如果犯顏直諫，會被看成是逼篡逆行。“而且，洪秀全對石達開已不受兵事，他的處境十分被動，並且洪秀全會將石達開深得民心的擁護形勢當作威脅。石達開既不能委曲求全，又不能誅洪自代，而且就當時石達開的地位和形勢來說，出走是必然之舉。”
另一種說法認為石達開出走是分裂革命。說石達開是“分裂主義者”。認為石達開天京出走，是他本人的 “內因”起了決定的作用。洪秀全的錯誤“押制”，加速了他出走的進程。石達開不走“取而代之”這條路，可能出於他難以建立新的宗教政治體系。正如外國傳教士說基督教在天朝組織中根深蒂固，支配整個機構。一旦廢棄，“就違反起義以來所有的文告，並且摧毀了整個的政治系統。”全局必將瓦解。而洪秀全的“地下天國”之主是大家公認的。況且前車之鑑楊秀清的功勞、權勢、地位，是石達開比不上的。因此，石達開下定出走決心。
該說認為“石達開出走決非一時衝動，而是經過精心謀劃、深思熟慮，作好充分準備的。”石達開和其助手確定出走方法、選擇出走路線、草擬出走《佈告》、估計出走後果、推測天王態度、制定拉人措施、設計新的旗號。由天京“南門出走”，後“由銅井渡江，逃往江北。”粘貼出走《佈告》，宣佈解散天國正統政權，願意跟隨他的前往安慶，並散佈親奉密詔來拉攏太平軍精銳，又不斷派人活動，不擇手段地把“合朝好文武將兵帶去”。同時，試探性地打出了自己的旗號。“改國號、年號為太平安國丁巳元年。”，無疑是要另樹旗幟。“石達開輔政僅半年，能對出走謀劃得這樣周詳，決非一日之功。”
出走人數
對於石達開出走的人數，學術界同樣具有爭議。史學著作把石達開1857年5月底離京時帶走的隊伍人數略為誇大，一種說法稱帶走了近20萬人，另一說法稱有十餘萬人，更有隻說大隊人馬。因此，史學上稱石達開拉走大隊人馬，大鬧分裂，而證明石達開出走人數多寡，對詮釋石達開的出走意圖很有幫助。但據何桂清稱：咸豐七年五月十一日（1857年6月2日），石達開已經從銅井渡江逃往江北。石達開只在小鎮渡江，而且一天之內就渡完，人數明顯不多。
6月9日，石達開率領軍到達安徽無為州，清方福濟，鄭士魁等的奏摺中稱：“五月十八日，石達開從金陵率幾千人前往長江上游時，到處張貼偽示，傳諭各賊。大概是因為洪秀全對其猜忌過深，懼害脫逃。由此得知石達開離京時帶走的人數不過數千人，因為清方官員對於太平軍人數一般只會多報，不會少報。
10月5日，石達開率軍離開駐紮了四個月的安慶，這時他身邊已經從初時的幾千人陸續彙集成了數萬人的軍隊，都是主動前來投奔追隨的。不過由於調派至長江下游及迴天京的軍隊甚多，再加上石達開既然志在救援天京，當不可能抽調重兵。《李秀成自述》稱石達開早在迴天京時便“將回靖難勤王的部隊交給陳玉成管代”，是他在江西和安慶的精銳部隊的一部分。他為了顧全天京防務，也並沒有就近帶走。以將領論，除了陳玉成、李秀成、韋志俊等被指示援救天京外，安慶張朝爵、陳得才，無為朱鳳魁，賴冠英，葉芸來，還有梁立泰，陳坤書，這些都是受石達開節制多年的舊部，但他們都沒有跟隨石達開南下。而跟隨石達開離開太平天國轄區征戰的將領中，只有張遂謀，賴裕新，傅忠信，餘忠扶等幾人而已，除石達開親族外，記載所知丞相僅一人，檢點也只有三人，還有後來遠征軍中被提拔起來的的朱衣點，彭大順，吉慶元，汪海洋，譚體元等
出走意圖
關於石達開率部出走的意圖， 史學界的觀點有兩派：一派認為是另立旗幟， 自建政權。理由是石達開剛剛出走， 洪秀全就撤去了洪仁發、洪仁達的王爵， 並與廣大將士“百計挽留”，石“不僅悍然不顧”甚至殺害挽留他的將士， 其與天國決裂之心昭然若揭。另一派認為是保存天國力量， 挽救天國危機。理由是石達開出走是為了避免另一次內部殘殺；選擇“出師再表真”的道路， 是為了在同清軍殊死的戰鬥中表白自己對天國的忠誠，扭轉天京上游戰場的不利形勢。
學者劉煥性認為石達開出走的意圖是經歷了變化的。從時間上可分為兩個階段：第一階段，咸豐七年（1857年）2月至咸豐九年（1859年）2月。在這一階段石達開的意圖主要是避禍自保，不再同天京的洪氏集團發生聯繫。咸豐六年（1856年）石達開返回天京主持政務後，洪秀全雖任命他為“通軍主將”，卻不授以兵事。這樣石達開無法施展才幹，而洪氏兄弟竟有“陰圖戕害之意”，石達開只有逃離天京，茫然失措，毫無頭緒；只是抱定不再與洪氏集團有糾葛。石達開出走之初，內心躊躇，對之後缺乏明確長遠的目標與打算。
第二階段從咸豐九年（1859年）2月至同治二年（1863年）6月。這一階段石達開的主要意圖是入據四川，自建政權。這一決策是石達開在攻佔江西南安府後作出的。此前，清軍與太平軍正在江西、安徽一帶殊死戰鬥，加之第二次鴉片戰爭，清軍暫時放鬆了對石達開的圍追堵截，而石達開已走出了消沉失望的陰影，軍勢振作起來。在張遂謀等人的幫助下，他決定避開爭鬥激烈的長江中下游地區，相機入川。他認為清廷和洪秀全政權短期之內均奈何不了對方， 雙方之間的膠著將為石達開勢力的發展創造有利空間。但石達開沒有預見到《北京條約》簽訂後，外國侵略者會同清政府勾結在一起， 共同鎮壓太平天國；而戰爭長期在太平軍佔領區進行，又大大增加了太平天國的經濟和軍事困難，從而使洪秀全政權日益窘迫。再加之長期的孤立作戰，沒有固定的根據地和穩定的後方，缺乏能吸引民眾的政治綱領， 更使石達開進退失據、無所適從、軍心渙散、戰鬥力削弱。
投降之謎
一種說法根據石達開給四川總督駱秉章寫的信載在唐友耕年譜中，認為“乞降信是秘密的，唐友耕是與石作戰的總兵，經過他手，說明這封信不是乞降信。”另外，信開頭就表明了石達開的立場一一甘願以“一人而自刎，全三軍以投安"，最後申明，如駱不允許所請，決不會束手待斃，一定反抗到底，表明石達開寫的不是乞降信。他並非投降叛變，只是因為石達開的想法幼稚、天真，沒認識到地主階級的殘忍性。希望以個人的生命換取部下廣大將士的不死，在假意答應後，就信以為真，這正好中了敵人的計策，無代價地犧牲了自己，也犧牲了他的廣大將士。該說認為石達開親赴敵營是乞死以救部下，並非乞降以求生。石達開是農民階級的領袖，沒有認識到地主階級的本質，在生死問題，上了敵人的當，所以說石達開被俘不能以叛徒論。
另一種說法根據石達開的信認為，石達開要求駱秉章“宏施大度、胞與為懷，格外原情，宥我將士，請免誅戮”，即為他的部眾向清軍乞生。石達開要清軍“宥我將士，請免誅戮"，而且還要“禁無欺凌，按官授職，量材擢用”，“顯然意為放下武器，向敵投降。”再次，石達開表示他自己不“求榮以事二主”，為了他的部下不被殺害，即使要他“自刎"或被殺也“死不為辱。該說認為“石達開他考慮到他自己的經歷和地位與一般部將不同，不能不有死的準備。”最後，石達開提出如果駱秉章不同意，他的部下不會“束手望天”，以此來威脅清軍將領一定要答應他的投降條件。“這封信的要害是以他的部眾放下武器，向敵投降來作為敵人不殺他的部眾的條件”，是一封乞降信。“即使按照他向清軍提的條件全部實現，也不能證明石達開不是投降，最多隻能說明他是有條件的投降而已。”
死亡之謎
石達開之死的官方記載，見四川總督駱秉章在奏稿中稱同治二年（1863年）6月27日，石達開被凌遲處死。
對於石達開的死因，民間的一種說法較為詳細，說石達開並沒有被清軍圍困住，而是突圍出來了，之後他也沒有迴歸太平軍中，而是帶著餘部和大量的金銀珠寶逃進了貴州與廣西交界的叢山中，並在那裡修築了一座山寨，藏兵駐軍以待東山再起。然而沒過幾年天京被清軍攻破，洪秀全病逝，太平天國徹底失敗。石達開也失去了再次出山抗敵的雄心。
另一種說法則說當時投降的是與石達開長得極為相似的他的養子，他本人則在清軍圍剿當時就帶著幾個心腹化裝逃走了。據說，還有人曾在四川見過隱居的石達開。
藏寶之謎
《寶藏的故事》記載，石達開率領的太平軍覆滅於大渡河前，把軍中大量金銀財寶埋藏於某隱秘處。石達開當時還留有藏寶示意圖，圖上寫有“面水靠山，寶藏其間”八字隱訓。
同治二年（1863年）5月，石達開大軍約3萬人到達大渡河邊的紫打地（今石棉縣安順場附近），在安順場附近活動了近一個月。石達開派小隊渡河偵察後，又在紫打地進行船隻糧草的準備，但最後搶渡時因山洪暴發，搶渡不成，糧盡援絕，最後全軍覆沒。據安順場當地百姓傳說：石達開率3萬大軍走到大渡河時，有個愛妃生了兒子，石達開犒賞三軍用了三天時間。結果三天過後，大渡河漲水了，導致軍隊無法渡河。
而歷史學家一直在考證石達開部隊在安順場附近的活動，有一種說法是石達開在此挖洞藏寶。抗戰期間，劉湘秘密調了1000多名工兵前去挖掘。在紫打地口高升店後山坡下，從山壁鑿入見到三個洞穴，每穴門均砌石條，以三合土封固。但是裡面僅有零星的金玉和殘缺兵器，當開始挖掘第三大穴時，蔣介石他速派古生物學家馬長肅等率領“川康邊區古生物考察團”前去幹涉，並由“故宮古物保護委員會”等電告禁止挖掘。不久，劉湘即奉命率部出川抗日，掘寶之事被迫中止。後來，根據研究人員赴現場考查後判斷：該三大洞穴所在地區和修築程度，似非為太平軍被困時倉促所建。石達開有沒有藏寶也成了歷史未解之謎。
功過爭議
學者在對石達開後期活動的評價上則存在著較大分歧，一種意見認為，石達開出走天京，是為洪秀全所逼，責任在洪不在石。石達開出走和遠征之後，一直把矛頭指向清朝封建統治，堅持對清軍作戰，最後兵敗被俘，慷慨就義，有始有終，保持了農民革命英雄的本色。
另一種意見認為，石達開前期功績卓著，應予肯定，但後期所犯錯誤也是十分嚴重的。咸豐七年（1857年）6月，石達開率部出走，大搞分裂活動，給太平天國革命事業造成了極其嚴重的損害。但是另一方面，石達開始終打著太平天國旗號，奉太平天國正朔，堅持反清，所以仍屬太平天國內部的矛盾。最後，由於個人英雄主義惡性發作，受騙被俘，投降乞死，晚節有虧。
還有一種意見認為，石達開在後期走上了分裂主義道路，率部離開老根據地，企圖到四川割據一方，從而，斷送了太平天國革命的大好形勢，造成了災難的後果。最後在大渡河紫打地全軍覆沒，投降變節，成為農民革命的叛徒。
