在太平天國最鼎盛的時期，太平軍拿著下了大清的江南重城南京，這是一座明代古都，地理位置十分的重要，所以，在這裡的清軍把守軍隊的戰鬥力也非常的強悍，楊秀清更是親自指揮軍隊進入攻城，因為他知道，南京城一定會是一塊難啃的骨頭，因為在那裡的南京城裡，有一處名為滿城的地方，那裡全部是由旗人把守的，而非漢軍，約有兩萬的旗人軍隊，那裡也是明朝皇宮的舊處。
在攻入南京城之時，太平軍無論是在人數還是在火力上，都是有著相當的優勢的，尤其是新加入太平軍的大炮，更是使太平軍在聲勢上更加的強盛，因此對於南京城外圍的戰爭，雖然也很激烈，但是太平軍基本上都是沒有什麼懸念的拿了下來。漢人軍隊在對戰太平軍之時，戰鬥力並不怎麼樣，反而是隻有兩萬人的旗人軍隊，他們幾次對太平軍造成了不小的打擊和損失，這主要是因為這些旗人都知道，如果自己一旦落入了太平天國的手裡，是萬不可能有生還的可能的，完全就是一支沒有後路的決死之師了。
在太平軍攻擊滿城的時候，旗人們全部都鬥志高昂，老人孩子皆出來叫陣助威，旗人就連女子都拿起武器到城牆上與太平軍進行戰鬥，戰鬥的激烈程度一度進入了白熱化。楊秀清連續發動三次強攻，都被勇猛無比的旗人所打敗，幾仗下來，太平軍陣亡數千人，屍體堆積如山。
但是對於南京，太平天國已是志在必得，無論旗人做什麼樣的反撲，楊秀清無論付出多大的傷亡，都一定要拿著南京城內最難啃的這塊骨頭，最終楊秀清在分析了戰場之後，決勝用車輪戰的方式對付剩下的這些旗人，因為他們的人數是非常有限的，而在這方面太平軍的優勢實在是太大了。
就這樣，太平軍輪番上陣與旗人進行搏殺，旗人越戰越少，最終力不能敵了，太平軍將所有的旗人一律斬殺，清軍主帥祥厚眼看大勢已去，隨即自刎而亡，就這樣，太平天國在付出數萬人的慘痛代價後，終於全面佔領南京。
在這場戰爭之中，旗人的表現非常的亮眼，他們幾乎戰至最後一絲力氣，個人認為這主要是因為太平天國與清朝之間存在著意識形勢上的本質不同，太平天國所打出的旗就是“消滅清妖”，對於旗人又怎麼可能會有任何仁慈的一面呢？也正是因為太平天國的這個特點，所以旗人們才在明知會城破的前提之下，仍然拼盡全力地與之戰鬥，不可謂不悲壯。
而佔領了南京城之後的太平天國，也達到了其勢力的最頂峰，接下來就是天王和各王開始入駐，將南京改名為天京，作為太平天國的都城，而清朝在失去了南京之後，開始調集更多的力量與太平天國作戰，清朝在揚州建立了江北大營，在南京城東孝陵衛一帶建立江南大營，這兩座大營一直一左一右的嚴重威脅著太平天國都城的安危。
