原創 熱心腸小夥伴們 熱心腸研究院 2019-07-01
Nature：對腸道菌群藥物代謝作用的系統性研究
Nature[IF:43.07]
① 分析76種/株人腸道細菌對271種口服藥物的體外代謝，2/3的藥物可被至少1株菌代謝，代謝活性與細菌類別和藥物結構有關；② 用高通量方法在菌群中系統性鑑定細菌生成的藥物特異性代謝物，以及代謝藥物的細菌基因產物，確認了30個細菌酶可將20種藥物轉化為59種代謝物；③ 在小鼠中驗證了特定菌和酶可直接而顯著地影響特定藥物的腸道和系統代謝，代謝藥物的細菌基因及其同源基因在人腸道菌群中的丰度可部分解釋藥物代謝活性的個體差異。
Mapping human microbiome drug metabolism by gut bacteria and their genes06-03, doi: 10.1038/s41586-019-1291-3
【主編評語】口服藥的療效和副作用可能存在很大的個體差異，越來越多的證據顯示腸道菌群在其中扮演重要角色。《Nature》上線來自耶魯大學醫學院Andrew L. Goodman團隊的一項最新研究，系統性地分析了76種/株人類腸道菌對271種口服藥物的代謝情況，鑑定出參與藥物代謝的細菌基因及其產物，並在小鼠模型和人腸道菌群培養物中對部分發現進行了驗證，加深了人們對腸道菌群參與藥物代謝的分子機制的理解，為靶向菌群的個體化藥物干預帶來啟示。有興趣的讀者不妨搭配著讀一下該團隊今年2月在Science發表的相關研究（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1088767446），相信會有更多收穫。（@李丹宜）
Science：腸道菌群如何代謝帕金森病藥物
Science[IF:41.037]
① 帕金森藥左旋多巴可被糞腸球菌的酪氨酸脫羧酶（TyrDC）轉化為多巴胺，然後經遲緩埃格特菌的多巴胺脫羥基酶（Dadh）R506變異，代謝為m-酪胺；② 糞腸球菌、TyrDC基因和Dadh變異基因的丰度，與帕金森腸道菌群對左旋多巴和多巴胺的代謝活性相關；③ 卡比多巴可抑制人芳香氨基酸脫羧酶對左旋多巴的代謝，但無法有效抑制腸道菌對左旋多巴的代謝；④ 酪氨酸類似物AFMT可抑制TyrDC、糞腸球菌及患者腸道菌群對左旋多巴的脫羧，且在小鼠模型中有效。
Discovery and inhibition of an interspecies gut bacterial pathway for Levodopa metabolism06-14, doi: 10.1126/science.aau6323
【主編評語】前不久《Nature》剛發表了關於腸道菌群對藥物的代謝作用的系統性研究，《Science》上線的一項最新研究再次聚焦腸道菌群如何代謝藥物從而影響療效這一問題。左旋多巴是治療帕金森病的主要藥物，這項最新研究揭示了腸道菌群代謝左旋多巴的分子機制，鑑定出參與其代謝途徑的腸道細菌和細菌基因，並研發了一種可抑制菌群代謝左旋多巴的潛在藥物，有望改善左旋多巴治療帕金森的效果。（@李丹宜）
Science：共生菌引起的腸道適應性免疫應答，具有個體差異
Science[IF:41.037]
① 小鼠腸道內的Akk菌，可在穩態下誘導T細胞依賴性的免疫球蛋白G1（IgG1）抗體生成；② 在菌群簡單明確的限菌小鼠中，Akk菌僅引起派爾集合淋巴結內的抗原特異性濾泡輔助性T細胞（TFH）增多，而不誘導其它輔助性T細胞；③ 但在擁有複雜菌群的普通小鼠中，Akk菌可誘導其它類型的T細胞應答，包括使腸道固有層內的促炎性T細胞類群擴增；④ 針對Akk菌的T細胞應答在不同小鼠間呈異質性（“情境”依賴性），可能與菌群內其它微生物的影響有關。
Akkermansia muciniphila induces intestinal adaptive immune responses during homeostasis06-21, doi: 10.1126/science.aaw7479
【主編評語】腸道菌群可調節適應性免疫，從而影響宿主健康，但對其背後的機制和規律人們仍所知甚少。《Science》發表的一項最新研究發現，嗜粘蛋白阿克曼氏菌（Akk菌）可誘導限菌小鼠的抗原特性的T細胞應答，促進生成IgG1抗體；但在菌群複雜的小鼠中，Akk菌引起的T細胞應答則存在個體差異，提示菌群內其它成員以及有個體差異的其它因素，可能影響針對Akk菌的T細胞反應。這些發現有助於解釋特定共生菌對宿主免疫影響的個體間差異，也再次提示靶向菌群的干預方法，需建立在個體化的基礎上。（@李丹宜）
Science：大腸癌中的“壞”細菌（一圖讀懂）
Science[IF:41.037]
① 具核梭桿菌通過黏附素FadA和Fap2，與結直腸癌（CRC）細胞和免疫細胞結合，促腫瘤生長、抵抗化療；② 產腸毒素脆弱擬桿菌存在於CRC和癌前腺瘤生物膜中，促進炎症和CRC；③ pks+大腸桿菌產生基因毒素colibactin，可能通過形成DNA加合物，促進宿主細胞突變；④ 需研究不同人群，用前瞻性隊列分析相關性因素，並用類器官和限菌動物等模型闡釋機制，進而開發診療方法；⑤ 靶向CRC相關細菌的疫苗、抗生素、糞菌移植、噬菌體療法等是潛在防治策略。
The gut microbiota and colon cancer06-21, doi: 10.1126/science.aaw2367
【主編評語】《Science》上週發表來自哈佛大學Wendy Garrett教授的觀點性文章，回顧了結直腸癌（CRC）相關腸道菌的研究進展，列舉了3種細菌的潛在促癌機制，並對未來的研究方向提出了建議，值得專業人士關注。我們特別製作了該文的一圖讀懂（長按下方二維碼查看），希望能幫你漲知識。（@李丹宜）
（長按二維碼查看一圖讀懂）
Nature子刊：菌群結構和代謝物或可用於腸癌病變診斷
Nature Medicine[IF:30.641]
① 616位參與者接受結腸鏡檢查，發現在多發性息肉樣腺瘤、粘膜內癌和更嚴重的病變中，糞便微生物組和代謝組的變化顯著；② 從粘膜內瘤到更晚期階段, 具核梭桿菌顯著增加；③ Atopobium parvulum和Actinomyces odontolyticus在粘膜內瘤中同時出現，在多發性息肉腺瘤和/或粘膜內癌病理下顯著增加；④ 粘膜內癌患者糞便中，代謝物支鏈氨基酸和苯基丙氨酸增加，膽汁酸如脫氧膽酸在多發性息肉腺瘤和/或粘膜內癌患者中顯著增加。
Metagenomic and metabolomic analyses reveal distinct stage-specific phenotypes of the gut microbiota in colorectal cancer06-06, doi: 10.1038/s41591-019-0458-7
【主編評語】人類的腸道菌群和結直腸癌的發展有關。《Nature Medicine》近期發表人群研究，發現在結直腸癌發展的早期，糞便菌群和代謝組就開始發生變化，而且根據病變狀態會進一步演化。該結果對於診斷結直腸癌具有重要參考價值。（@小腸君）
Nature子刊：特定腸道菌將乳酸代謝為丙酸，或可增強運動能力
Nature Medicine[IF:30.641]
① 馬拉松選手長跑後，腸道菌群中韋榮球菌屬丰度上升，從選手糞便中分離出一株非典型韋榮球菌，給小鼠灌胃可顯著增加其力竭跑步時間；② 對優秀運動員隊列進行宏基因組學分析，發現運動後韋榮球菌屬將乳酸代謝為丙酸的甲基丙二酰輔酶A通路的基因丰度上升；③ 同位素標記表明，血清乳酸可跨越腸上皮屏障進入小鼠腸道；④ 結腸內灌注丙酸也可增長小鼠力竭跑步時間；⑤ 韋榮球菌通過將運動生成的乳酸代謝為丙酸，來增強運動性能。
Meta-omics analysis of elite athletes identifies a performance-enhancing microbe that functions via lactate metabolism06-24, doi: 10.1038/s41591-019-0485-4
【主編評語】腸道菌群與許多生理功能存在密切關聯，《Nature Medicine》上最新發表的一項有趣研究，發現運動員中腸道內的韋榮球菌與運動能力存在關聯，並進一步在小鼠中揭示出這類細菌或許是通過將運動生成的乳酸轉化為丙酸，來發揮增強運動性能的作用，這些發現是否會催生改善運動員表現的菌群干預方法？讓我們拭目以待~（@李丹宜）
Nature子刊：菌群療法誘導特定T細胞，或是治療食物過敏新策略
Nature Medicine[IF:30.641]
① 食物過敏（FA）嬰兒的腸道菌群失調並隨時間演變，梭菌目成員尤受影響，特別是S. variabile，FA菌群無法保護小鼠抵禦FA；② FA中對腸道菌群的免疫應答異常，糞便菌群結合的sIgA減少、IgE增多；③ 聯用6種梭菌屬細菌，或5種免疫調節性擬桿菌目細菌，或單獨用S. variabile，可改善粘膜免疫應答，抑制小鼠FA，而口服丁酸無效；④ 細菌治療通過MyD88依賴性的方式，促進生成ROR-γt+ Treg，從而抑制FA；⑤ FA嬰兒和小鼠中這類Treg水平顯著降低。
Microbiota therapy acts via a regulatory T cell MyD88/RORγt pathway to suppress food allergy06-24, doi: 10.1038/s41591-019-0461-z
【主編評語】食物過敏（FA）與腸道菌群失調相關，《Nature Medicine》上線的一項最新研究，對FA嬰兒的腸道菌群特徵進行了縱向分析，鑑定出菌群失調和腸道免疫異常的特徵，在小鼠中驗證了FA菌群的致病性，通過細菌療法有效抑制了小鼠FA，並揭示出背後的生物學機制，表明ROR-γt+ Treg細胞在改善FA中具有關鍵作用，這些發現為深入理解腸道菌群在FA中的作用，以及開發菌群靶向療法來治療FA，有重要意義。（@李丹宜）
Cell子刊：腸道真菌與免疫（綜述）
Immunity[IF:21.522]
① 腸道CX3CR1+單核吞噬細胞吞噬腸道真菌並分泌細胞因子，觸發Th17應答並招募中性粒細胞，以抑制條件致病性真菌的擴增；② 針對腸道共生真菌（如白色念珠菌）的特異性Treg在維持腸道免疫穩態中起關鍵作用；③ 某些腸道真菌（白色念珠菌、釀酒酵母等）通過其細胞壁組分增強單核細胞有氧糖酵解，導致促炎因子產生以抑制系統性細菌/真菌感染；④ 腸道真菌失調可能在IBD發生發展中起作用，並可能通過腸-肺軸、腸-肝軸引起肺部及肝臟的炎症性疾病。
Gut Mycobiota in Immunity and Inflammatory Disease06-18, doi: 10.1016/j.immuni.2019.05.023
【主編評語】Immunity上發表的一篇綜述文章，詳細介紹了免疫系統如何影響腸道真菌組成，以及腸道真菌對免疫系統的訓練機制。同時討論了腸道真菌失調如何通過影響免疫系統在IBD等腸道炎症性疾病中，以及通過腸-肺軸、腸-肝軸在肺部、肝臟炎症性疾病中起到重要作用。（@沈志勳）
NIBS邵峰院士：對胞內LPS的先天性免疫反應（綜述）
Nature Immunology[IF:23.53]
① 進入細胞質的LPS可被caspase識別（小鼠中的caspase-11，人體中的caspase-4及caspase-5）；② 胞內LPS激活caspase-11或caspase-4及caspase-5，活化後的caspase-11或caspase-4可切割GSDMD（一種穿孔蛋白），釋放其N端結構域（NTD）；③ GSDMD的NTD可轉移至細胞膜處，在細胞膜上形成直徑18nm左右的小孔，從而引起細胞焦亡（pyroptosis）；④ 細胞焦亡可發生在多種細胞中，單核細胞中，GSDMD穿孔後可活化NLRP3炎症小體，促進IL-1β及IL-18成熟。
Innate immunity to intracellular LPS04-08, doi: 10.1038/s41590-019-0368-3
【主編評語】NIBS邵峰院士在Nature Immunology上發表的一篇綜述文章，詳細介紹了在小鼠及人體內，胞內的LPS引起先天性免疫反應及細胞焦亡的過程及調控機制。（@沈志勳）
劉志華+魏泓：腸道-胰島軸中的菌群信號調控血糖穩態
Cell Research[IF:17.848]
① 小鼠中，腸道菌群的存在可影響胰島β細胞內的胰島素分佈；② β細胞內，肽聚糖受體Nod1可識別源自腸道細菌的Nod1配體，之後Nod1及其下游銜接蛋白Rip2定位至胰島素小泡，並招募Rab1a來驅動胰島素轉運；③ 腸道潘氏細胞分泌的溶菌酶，可釋放來自腸道共生菌的Nod1配體，增加其血液濃度，進而影響β細胞內的胰島素分佈；④ 糖刺激引起的小鼠胰島素分泌，需要Nod1介導的對腸道菌群的感知，β細胞中的Nod1缺陷可損害糖耐受。
Intestinal lysozyme liberates Nod1 ligands from microbes to direct insulin trafficking in pancreatic beta cells06-14, doi: 10.1038/s41422-019-0190-3
【主編評語】《Cell Research》發表了來自中科院生物物理所劉志華與中山大學附屬第一醫院魏泓與團隊的最新研究，發現腸道菌群來源的Nod1配體經腸道溶菌酶的作用被釋放進血液，可被胰島β細胞內的Nod1感知，進而調節β細胞內的胰島素運輸和分泌，該腸道-胰島軸對於調控宿主糖耐受有重要作用。（@李丹宜）
趙方慶團隊：洗牙後口腔菌群的變化和重建
Gut[IF:17.943]
① 對9名個體洗牙前和之後3個月11個時間點採樣，分析唾液和牙菌斑菌群的縱向變化；② 牙菌斑菌群在整個過程中波動明顯，洗牙後7小時到3天，其組成與洗牙前差異最大；③ 唾液菌群相對穩定，是牙菌斑菌群的主要補充來源；④ 牙菌斑生物膜的菌群組成變化可分3個時期：洗牙後菌群解構，1天后嚴重偏離原始狀態，3天后重建直至逐漸恢復；⑤ 聚類和共現網絡分析顯示，在中期變化劇烈的細菌與早期定植菌發生互作，可能在牙菌斑生物膜發育中有關鍵作用。
Tracing the accumulation of in vivo human oral microbiota elucidates microbial community dynamics at the gateway to the GI tract06-20, doi: 10.1136/gutjnl-2019-318977
【主編評語】洗牙是常用的牙菌斑清理手段，《Gut》發表了來自中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊的最新研究，對洗牙前後的唾液和牙菌斑菌群進行縱向分析，細緻地揭示了牙菌斑生物膜從解構到重建過程中的菌群動態變化和長期穩定性，以及其中的關鍵時間點和階段，並表明與劇烈波動的牙菌斑菌群相比，唾液菌群保持相對穩定。這些發現對於開發用口腔菌群作為疾病標誌物，很有參考意義，提示取樣時間和位置的重要性。（@李丹宜）
上海交大仁濟醫院：自身免疫性肝炎的腸道菌群特徵
Gut[IF:17.943]
① 納入91名未經糖皮質激素治療的自身免疫性肝炎（AIH）患者和98名健康對照；② 與對照相比，患者的腸道菌群α多樣性下降，整體菌群組成改變，專性厭氧菌減少、潛在致病菌增多，11個菌屬有顯著丰度差異，殊異韋榮球菌的富集與疾病嚴重程度相關性最強；③ 用其中的4個菌屬（韋榮球菌、乳桿菌、顫螺菌和梭菌目某未知菌屬）建模，可較準確區分AIH和對照，AUC約0.8，並在另一隊列中驗證；④ AIH患者菌群的脂多糖生物合成和氨基酸代謝功能發生改變。
Alterations of gut microbiome in autoimmune hepatitis06-14, doi: 10.1136/gutjnl-2018-317836
【主編評語】《Gut》發表了來自上海交通大學附屬仁濟醫院馬雄和Ruqi Tang主導的最新研究，鑑定出自身免疫性肝炎（AIH）患者的腸道菌群特徵，並建立了診斷模型，或可作為無創的AIH診斷標誌物。（@李丹宜）
於政權+劉佔舉等：MIR31可減輕小鼠結腸炎
Gastroenterology[IF:19.233]
① 微RNA31（MIR31）在潰瘍性腸炎和克羅恩病患者及小鼠結腸炎的腸組織中表達上調，TNF和IL-6通過激活NF-κB和STAT3上調MIR31的轉錄；② MIR31通過結合到炎症細胞因子受體IL7R、IL17RA和信號蛋白IL6ST的mRNA的3‘-UTR區域，抑制其在結腸上皮細胞中的表達，緩解炎症反應；③ MIR31調控WNT和Hippo信號通路，促進上皮細胞損傷後再生；④ MIR31類似物微球定位於小鼠結腸上皮，緩解結腸炎症狀、促腸上皮細胞增殖，或可用於治療炎症性腸病。
MicroRNA-31 Reduces Inflammatory Signaling and Promotes Regeneration in Colon Epithelium, and Delivery of Mimics in Microspheres Reduces Colitis in Mice02-16, doi: 10.1053/j.gastro.2019.02.023
【主編評語】MIR31是一種microRNA，其表達水平在炎症性腸病（IBD）患者的腸道組織中升高，《Gastroenterology》近期發表了中國農業大學於政權與上海市第十人民醫院劉佔舉與團隊的研究，揭示了MIR31對腸道炎症的抑制和緩解作用及其背後的分子機制，並表明MIR31類似物微球或是治療IBD的潛在策略。（@李丹宜）
Gut[IF:17.943]
① 免疫細胞（尤其是T細胞）的遷移、歸巢、再循環及滯留在IBD的發病機制中起重要作用；② 粘附是免疫細胞遷移的關鍵步驟，免疫細胞通過整合素與內皮細胞表面分子互作促進粘附；③ 首個靶向整合素的藥物（Natalizumab）是α4整合素的單抗，2004年獲批治療克羅恩病，靶向α4β7的單抗Vedolizumab於2014年獲批用於治療IBD；④ 目前尚無靶向內皮細胞中的粘附分子的藥物獲批；⑤ 其它潛在治療策略包括：靶向趨化因子或其受體抑制T細胞的招募與活化。
Immune cell trafficking and retention in inflammatory bowel disease: mechanistic insights and therapeutic advances05-24, doi: 10.1136/gutjnl-2018-317977
【主編評語】Gut上發表的一篇綜述文章，詳細介紹了免疫細胞的遷移、歸巢、再循環及滯留的機制，以及在IBD發病中起到的關鍵作用，並介紹了靶向免疫細胞遷移以治療IBD的策略及研究進展。（@沈志勳）
菌群定植抗性與腸道感染（綜述）
Microbiology and Molecular Biology Reviews[IF:15.255]
① 腸道菌群形成定植抗性的方式包括分泌短鏈脂肪酸、次級膽汁酸和細菌素等抗菌物質，與致病菌競爭營養成分，改變腸道屏障完整性以及噬菌體對細菌結構的影響；② 抗生素、質子泵抑制劑、降糖藥物和抗精神病藥可改變菌群結構和定植抗性，使用這些藥物可能增加腸道感染的風險；③ 常見的腸道致病細菌克服定植抗性的方法包括改變對抗菌物質的敏感性，形成特殊的營養成分代謝模式，利用共生菌群的黏膜蛋白降解作用以及形成對噬菌體的抵抗力等。
Gut Microbiota and Colonization Resistance against Bacterial Enteric Infection06-05, doi: 10.1128/MMBR.00007-19
【主編評語】腸道菌群的定植抗性影響腸道致病細菌感染。《Microbiology and Molecular Biology Reviews》近期發表綜述，系統性總結了腸道菌群形成定植抗性的模式以及致病菌克服定植抗性的機制，對於瞭解定植抗性與腸道細菌感染具有重要參考價值。（@小腸君）
Science子刊：揭示腸道-脂肪軸中的關鍵菌群代謝物和miRNA
Science Translational Medicine[IF:17.161]
① 高脂餵養的肥胖小鼠，其白色脂肪組織（WAT）中微RNA家族miR-181的表達升高；② miR-181的表達可抑制能量消耗、促進食源性肥胖和脂肪積累、導致胰島素抵抗和WAT炎症；③ 腸道菌群調節miR-181在小鼠WAT中的表達；④ 肥胖小鼠中，菌群的色氨酸衍生代謝物吲哚及其衍生物水平降低，肥胖兒童中也存在血液吲哚水平降低、WAT內miR-181表達升高的現象；⑤ 給小鼠補充吲哚可抑制WAT表達miR-181，改善食源性肥胖和糖耐受損。
The gut microbiota regulates white adipose tissue inflammation and obesity via a family of microRNAs06-12, doi: 10.1126/scitranslmed.aav1892
【主編評語】腸道菌群失調參與肥胖和胰島素抵抗的發生。《Science Translational Medicine》發表的一項最新研究顯示，腸道-脂肪軸中，脂肪組織表達的一類受腸道菌群調節的miRNA——miR-181在高脂飲食引起的小鼠代謝問題中起關鍵的介導作用，而菌群的特定色氨酸衍生代謝物可抑制miR-181，從而改善小鼠的食源性肥胖和胰島素抵抗，這些發現為治療肥胖相關代謝疾病帶來新啟示。（@李丹宜）
Cell子刊：噬菌體對腸道菌群和代謝組的影響不容小覷
Cell Host and Microbe[IF:15.753]
① 給限菌小鼠定植組成明確的人腸道共生細菌群落，之後引入靶向其中特定細菌的裂解性噬菌體；② 噬菌體直接減少了其靶細菌的數量，並可與靶細菌長期共存，使對其有抗性的靶細菌富集；③ 噬菌體對靶細菌的影響，通過細菌間互作，可波及到菌群中的其它非靶細菌成員，從而對菌群造成廣泛影響；④ 噬菌體對腸道菌群的影響可直接改變腸道代謝組譜，包括神經遞質代謝物等可影響宿主生理的代謝產物。
Dynamic Modulation of the Gut Microbiota and Metabolome by Bacteriophages in a Mouse Model06-04, doi: 10.1016/j.chom.2019.05.001
【主編評語】噬菌體如何在體內影響菌群？《Cell Host and Microbe》發表的一項最新研究，使用限菌小鼠模型，揭示出噬菌體對其靶細菌的直接影響，可對菌群造成級聯效應，波及其它菌群成員，導致腸道代謝組改變，從而可對宿主產生影響，這些發現對於研究靶向腸道菌群的噬菌體療法，很有參考意義。（@李丹宜）
短雙歧桿菌Bif195可改善阿司匹林引起的小腸損傷
Gastroenterology[IF:19.233]
① 一項雙盲隨機對照試驗中75名健康志願者分兩組，服用8周的短雙岐桿菌Bif195或安慰劑，同時前6周服用阿司匹林（ASA）；② 與安慰劑組相比，Bif195組的小腸損傷程度較輕，其腸道損傷和潰瘍指數的曲線下面積均顯著較低；③ 服用ASA後血清PG2和TXB2水平下降，Bif195並未影響該效果，表明Bif195對小腸的保護作用不會干擾ASA的心血管保護功能；④ 志願者的不良反應與Bif195無關；⑤ 口服Bif195可安全改善ASA引起的小腸病變。
Bifidobacterium breve Bif195 Protects Against Small-intestinal Damage Caused by Acetylsalicylic Acid in Healthy Volunteers05-13, doi: 10.1053/j.gastro.2019.05.008
【主編評語】小腸潰瘍等腸道病變是阿司匹林等非甾體抗炎藥的常見副作用，《Gastroenterology》發表的一項最新益生菌臨床試驗顯示，服用短雙歧桿菌Bif195可減輕長期低劑量阿司匹林引起的小腸損傷，具有臨床轉化應用價值，期待大規模臨床試驗對此進行驗證。（@李丹宜）
Nature子刊：腸道擬桿菌的共同調節基因參與分解複雜聚糖
Nature Microbiology[IF:14.3]
① 許多共生擬桿菌屬細菌可以利用包括免疫球蛋白在內的複雜N-聚糖，將其作為營養物質；② 多形擬桿菌的CNG分解過程，涉及6個基因座共同上調，這些基因座中均含有碳水化合物活性酶；③ 這些基因座互不相連，含有來自19個家族的不同碳水化合物活性酶，其酶活性作用包括CNG特異性糖苷內切功能；④ 降解其他類型多聚糖的酶，也會參與降解CNG；⑤ 這種碳水化合物活性酶多樣性，使得多形擬桿菌可以利用腸道中多種多聚糖。
Complex N-glycan breakdown by gut Bacteroides involves an extensive enzymatic apparatus encoded by multiple co-regulated genetic loci06-03, doi: 10.1038/s41564-019-0466-x
【主編評語】聚糖是人類結腸微生物的主要碳源。《Nature Microbiology》近期發表研究，發現以多形擬桿菌為代表的腸道共生擬桿菌含有複雜的碳水化合物活性酶體系，可以利用腸道中複雜N-聚糖等多聚糖。該研究對闡釋腸道菌群適應性具有重要參考價值。（@小腸君）
Nature子刊：兒童哮喘的“衛生假說”再添新證
Nature Medicine[IF:30.641]
① 納入379名芬蘭兒童，分析2月齡時家裡室內塵埃菌群與6歲時患哮喘的關聯；② 農場家庭的塵埃菌群與非農場家庭有明顯差異，前者細菌豐富度更高，後者的人體相關細菌更多；③ 農場家庭的孩子哮喘風險較低，對於非農場家庭的孩子，室內菌群組成與農場家庭越像，則其哮喘風險越低；④ 保護性塵埃菌群中，鏈球菌科丰度較低，暴露於這類菌群的孩子，其血液中對細菌胞壁成分的炎症性細胞因子應答降低；⑤ 在德國兒童隊列中驗證了相關發現。
Farm-like indoor microbiota in non-farm homes protects children from asthma development06-17, doi: 10.1038/s41591-019-0469-4
【主編評語】哮喘發病率隨著城市化而攀升，但在農村長大的人群似乎對哮喘有抗性，有研究認為這與農村空氣中富含的微生物有關。《Nature Medicine》發表的一項最新研究表明，家庭室內塵埃菌群的構成與兒童哮喘風險相關，與農場家庭的塵埃菌群組成越接近，則孩子的哮喘風險越低，這些發現為兒童哮喘的“衛生假說”添加了新的證據，也提示以室內環境菌群為靶點，或是預防兒童哮喘的可行策略。（@李丹宜）
Nature子刊：深度學習算法預測微衛星不穩定
Nature Medicine[IF:30.641]
① 微衛星不穩定（MSI）影響胃腸道癌症患者對免疫治療的應答；② 傳統的MSI檢測方法需要進行免疫組化及基因分析，難以推廣至每一個患者；③ 基於HE染色的組織切片開發深度學習算法resnet18（該算法在腫瘤檢測中的AUC可達>0.99）；④ 使用來自360名結直腸癌患者的數據作為訓練集，在378名結直腸癌患者（驗證集）中進行預測，AUC為0.84；⑤ 使用非亞裔的胃癌數據作為訓練集，在亞裔的胃癌數據中預測MSI的AUC為0.69。
Deep learning can predict microsatellite instability directly from histology in gastrointestinal cancer06-03, doi: 10.1038/s41591-019-0462-y
【主編評語】胃腸道癌症患者對免疫治療的應答受到微衛星不穩定的影響。Nature Medicine上發表的一項最新研究，開發了一種深度學習算法，利用HE染色的組織切片，即可較好地預測胃腸道癌症患者的微衛星不穩定，有助於更好地實現個性化腫瘤免疫治療。（@沈志勳）
菌群研究需要精準描述、據實彙報、明確因果！
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:23.57]
① 在沒有明確闡釋機制的情況下，將菌群與生活中所有因素進行聯繫並作為疾病風險因素，得到的結果會引起爭議；② “菌群紊亂”這個概念缺乏明確定義，使用時必須謹慎；③ 益生菌的概念過於籠統，常常忽視了不同菌株在不同情況下的作用差異；④ 進行菌群研究的對照組實驗時，需要全面考慮控制條件和對比組狀況；⑤ 菌群的絕對丰度具有重要生物學意義，但是受重視程度遠低於相對丰度。⑥ 不可輕易將菌群相關因素作為進行流行病學分析中的疾病風險因子。
Language, numeracy and logic in microbiome science06-05, doi: 10.1038/s41575-019-0163-5
【主編評語】準確傳達菌群相關研究成果需要嚴謹的思維邏輯和表述方法。《Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology》近期發表評論文章，指出目前菌群研究中存在定義不明確的概念和定量方法的侷限性，並強調了非因果性研究成果在指導疾病預防和治療中存在風險。本文對於開展菌群研究、表述研究成果具有重要參考價值。（@小腸君）
腸道菌群內部互作方式和研究方法（小綜述）
Current Biology[IF:9.193]
① 腸道菌群的組成和動態變化影響宿主的健康，而其依賴於菌群內微生物間的互作；② 網絡關聯分析可用於研究自然狀態或外源干預下的體內腸道菌群內的互作關係；③ 體外法常用於驗證體內試驗發現的某些菌與其他菌群之間的互作關係；④ 互作研究要考慮時間、統計分析及技術差異對結果造成的影響；⑤ 未來能夠更準確追蹤腸道微環境、豐富病毒與真菌等其他微生物及進化時間尺度下的菌群互作關係，將為腸道菌群調控提供依據。
Understanding Competition and Cooperation within the Mammalian Gut Microbiome06-03, doi: 10.1016/j.cub.2019.04.017
【主編評語】研究腸道菌群的動態變化規律，需要了解菌群內部不同微生物之間的互作關係。《Current Biology》近期發表的一篇小綜述，從生態學的角度，介紹了腸道菌群內互作的類型、相關研究進展和研究方法，非常值得專業人士關注。（@李丹宜）
Cell子刊：飲食對菌群的影響，高度個體化
Cell Host and Microbe[IF:15.753]
① 納入34名健康受試者，收集17天中每天的飲食記錄和糞便樣本，分析腸道菌群每天的變化與飲食的關聯；② 菌群組成的變化與至少兩天的飲食情況有關，且與食物選擇有很強的相關性，而與飲食的營養素組成關係不大；③ 菌群對飲食的應答是高度個體化的，相似的食物對不同人的腸道菌群有不同影響；④ 兩名吃飲料代餐的受試者數據表明，單調的飲食並不能使腸道菌群穩定，而總體飲食的多樣化與菌群穩定性相關；⑤ 用飲食干預調節腸道菌群需考慮個體因素。
Daily Sampling Reveals Personalized Diet-Microbiome Associations in Humans06-12, doi: 10.1016/j.chom.2019.05.005
【主編評語】用飲食干預來調節腸道菌群，首先需要了解飲食如何影響人體腸道菌群。《Cell Host and Microbe》發表的一項最新研究表明，腸道菌群對飲食的應答是高度個體化的，相關發現對於研究用飲食干預調節腸道菌群，具有重要參考意義。（@李丹宜）
Nature Reviews：進食節律與生物鐘（綜述）
Nature Reviews Endocrinology[IF:24.646]
① 促進和抑制食慾的生理因素之間的平衡，調節短期的食物攝取；② 進食-禁食節律受生物鐘調控，包括受環境光線影響的下丘腦視交叉上核的主生物鐘，以及大腦和其他器官中受進食時間影響的次級生物鐘；③ 代謝激素（糖皮質激素、胰腺激素等）、循環營養物質、內臟神經輸入等向大腦傳遞代謝節律信號，使大腦和其它器官在進食節律上保持同步；④ 不規律進食或晝夜時間顛倒可影響生物鐘同步，有害代謝健康，定時進食有助於預防節律失調和代謝紊亂。
The circadian regulation of food intake05-09, doi: 10.1038/s41574-019-0210-x
【主編評語】現代生活中人們經常會有不規律的進食和作息，很多研究都顯示這種不規律的生活方式對代謝健康有不良影響。《Nature Reviews Endocrinology》近期發表綜述，探討了進食節律與生物鐘調控的相關機制，提示人們有規律的進食和作息對健康具有重要意義。（@李丹宜）
BMJ：2萬人隨訪10年，超加工食品吃得越多，早死風險越高
British Medical Journal[IF:27.604]
① 西班牙SUN前瞻性隊列研究納入19899人，中位隨訪時間10.4年，每兩年收集一次飲食信息，分析超加工食品消費量（低、中低、中高、高）與全因死亡率的關聯；② 消耗量較高的超加工食品包括：加工肉、甜飲料、奶製品零食（冰淇淋、奶昔等）、薯條、甜點、餅乾等；③ 超加工食品消費量高（每天>4份）的人，其全因死亡風險比消費量低（每天<2份）的人高出62%，且存在顯著的劑量反應關係；④ 超加工食品的日消耗量每增加1份，全因死亡風險上升18%。
Association between consumption of ultra-processed foods and all cause mortality: SUN prospective cohort study05-29, doi: 10.1136/bmj.l1949
【主編評語】《British Medical Journal》上週發表的西班牙大型隊列研究，分析了SUN隊列1999-2018年的數據，表明消費超加工食品與全因死亡率間存在劑量關係，吃得越多，早死風險越高。（@李丹宜）
BMJ：超加工食品吃得多，增加心血管疾病風險
British Medical Journal[IF:27.604]
① 法國一項前瞻性隊列研究納入105159名成年人，中位隨訪時間5.2年，根據隨訪期間的飲食記錄（平均5.7份記錄/人），分析超加工食品與心血管疾病（CVD）風險的關聯；② 飲食中超加工食品的佔比每增加10%，總體CVD風險上升12%，冠心病風險上升13%，腦血管疾病風險上升11%；③ 在校正多項與飲食營養質量相關的因素和大範圍敏感性分析後，上述結果仍然具有統計學顯著性；④ 應限制超加工食品攝入，鼓勵多吃非加工或最低限度加工的食品。
Ultra-processed food intake and risk of cardiovascular disease: prospective cohort study (NutriNet-Santé)05-29, doi: 10.1136/bmj.l1451
【主編評語】《British Medical Journal》上週發表來自法國NutriNet-Santé前瞻性隊列的一項研究，之前該隊列研究曾報道了超加工食品與癌症風險的關聯，本研究則側重分析了超加工食品攝入量與心血管疾病風險的關聯，再次警示人們，雖然超加工食品便捷又好吃，但為了健康應限制這類食品，用非加工食品或加工度較低的食品來替代。（@李丹宜）
BMJ：用健康食物替代紅肉，可降低早死風險
British Medical Journal[IF:27.604]
① 納入美國兩個大型隊列中53553名女性和27916名男性的120萬人年的隨訪數據，分析紅肉攝入的變化與死亡率的關聯；② 在8年間紅肉攝入量的增加，與之後8年間死亡風險上升顯著相關，每日的總紅肉攝入量增加≥半份，與死亡風險上升10%相關，尤其是加工肉；③ 減少每日紅肉攝入與死亡風險無顯著關聯；④ 減少紅肉攝入的同時增加堅果、魚、禽肉、乳品、雞蛋、全谷或蔬菜的攝入，與之後死亡風險降低相關。
Association of changes in red meat consumption with total and cause specific mortality among US women and men: two prospective cohort studies06-12, doi: 10.1136/bmj.l2110
【主編評語】吃紅肉過多與不少疾病和早死風險上升相關，《BMJ》發表來自哈佛大學Frank Hu與團隊的最新研究，納入了美國護士健康研究和健康專業人員隨訪研究兩個大型隊列8萬多人的長期隨訪數據，分析了8年間紅肉攝入量的變化與之後8年的死亡率的關聯，表明增加紅肉（特別是加工肉）的攝入，與之後的早死風險上升相關，而如果減少紅肉的同時用其它健康食物來替代，則可降低之後的早死風險。（@李丹宜）
中國人遵循中國膳食寶塔，可降低大腸癌風險
International Journal of Epidemiology[IF:7.339]
① 納入中國上海2個前瞻隊列，含6萬男性和7.2萬女性，40-74歲，分別平均隨訪8.1和13.4年，分析對不同膳食指南的依從性與結直腸癌（CRC）風險的關聯；② 對中國膳食寶塔（CHFP）的依從性越好，CRC風險越低：與CHFP分數處於第1四分位的人群相比，第2、3、4四分位的人群的CRC風險降低12%、14%和16%；③ 在結腸癌、<50歲、BMI<25或基線時無代謝問題的人群中，這種關聯更強；④ 美國膳食指南AHEI-2010和DASH的依從性與CRC風險間沒有這種負相關性。
Adherence to dietary recommendations and colorectal cancer risk: results from two prospective cohort studies06-15, doi: 10.1093/ije/dyz118
【主編評語】結直腸癌與飲食有密切關聯，《International Journal of Epidemiology》近期發表由美國範德堡大學Xiao-Ou Shu主導、上海交大醫學院附屬仁濟醫院團隊參與的一項流行病學研究，表明中國人遵循中國膳食寶塔指南（而非美國的膳食指南）更有助於降低結直腸癌風險，提示若要最大化膳食指南對健康的益處，需針對特定人群“量身定製”。（@李丹宜）
Lancet：心血管疾病一級預防，阿司匹林究竟有沒有用？（綜述）
Lancet[IF:59.102]
① 阿司匹林被認為對心血管疾病的二級預防有效，而對心血管疾病一級預防的作用存在爭議；② 2000年以前，阿司匹林一級預防試驗表明，其不能降低死亡率，但可降低心肌梗死、中風並增加出血的風險；③ 《國際心血管疾病一級預防指南》通常只對低於10年心血管事件風險的情況推薦阿司匹林；④ 2018年三項大型隨機臨床試驗顯示，阿司匹林對心血管疾病一級預防的效果甚微或無效，甚至有害；⑤ 但需週期更長的試驗證實其可減少非致命性心肌梗死風險。
The rise and fall of aspirin in the primary prevention of cardiovascular disease05-25, doi: 10.1016/S0140-6736(19)30541-0
【主編評語】阿司匹林在心血管疾病一級預防的作用存在爭議。Lancet上發表的一篇綜述文章，介紹並討論了阿司匹林用於心血管疾病一級預防的最新臨床試驗結果。（@沈志勳）
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