新疆自治區博物館
“新疆維吾爾自治區博物館”館名，朱德委員長1959年來新疆視察工作時為博物館所題。館內現已收藏曆史、民族、革命等各類文物和標本5萬多件，其中國家一級文物近400件，佔全疆總數的60% 。新疆博物館現對外開放有：《找回西域昨日輝煌——新疆歷史文物陳列》、《新疆民族風情陳列》、《逝而不朽驚天下——新疆古代乾屍展覽》、《歷史的豐碑——新疆革命史料展覽》四項陳列展覽。
伊犁州博物館:草原上遺落的黃金，尋找遊牧人的歷史軌跡
伊犁州博物館藏有珍貴文物３000多件。藏品中有不少草原文物精品，大型的草原青銅器、鹿石、波馬古墓金銀器、絲織刺繡遺寶，以及草原石人、察合臺銀、銅幣都非常地著名，一些文物珍品還參加過出國展出。博物館新館博物館展廳分為前廳、序廳，第一歷史陳列廳，第二歷史陳列廳，民族民俗廳四個部分。是目前新疆地、州級一流的博物館。
巴州博物館
陳列共分為四個展廳。其中第一展廳為察布乎溝口文化包括和靜縣察布乎溝口古墓葬和輪臺縣群巴克古墓葬出土文物專題陳列，以彩陶及銅器為主;第二第三展廳為先秦至清代，以 年代為序的有關地方史的出土文物陳列，主要有石器、銅器、鐵器、陶器、金銀器、骨角器、玉器、錢幣、刻石、文書、泥俑、毛織品、兵器及民族文物等，第四個展廳為且末縣扎洪魯克古屍陳列，陳列了3000多年的3具古屍，以及墓葬出土的毛織品。共計陳列文物近600餘件，反映了生活在自治州範圍內古代先民的生活習俗及生產狀況，尤以彩陶和毛織品最具地方文化特色。
吐魯番博物館
是新疆第二大博物館，國家一級博物館，國家4A級旅遊景區，全國社會科學普及基地，自治區級愛國主義教育基地，是集文物收藏展陳、文化遺產保護與研究、社會科學宣傳教育等職能於一體的國有綜合類博物館。吐魯番博物館共有9個展廳，開放基本陳列展廳5個。分別為吐魯番通史陳列、巨犀化石陳列、出土文書陳列、古錢幣陳列、出土千年乾屍及其隨葬遺物陳列。
新疆兵團軍墾博物館
位是國家AAAA級旅遊景區。 將石河子市市級文物保護單位“軍墾第一樓”改擴建成為“新疆兵團軍墾博物館”；新疆兵團軍墾博物館被新疆生產建設兵團命名為“兵團愛國主義、屯墾戍邊傳統教育基地”；被中宣部命名為全國愛國主義教育示範基地，還是全國百家紅色旅遊經典景區之一
新疆兵團軍墾博物館總建築面積9703平方米，收藏各類文物5000件 ，軍墾文物4000件，其中有29件軍墾文物被列為國家一級珍貴革命文物，3件被列為國家一級歷史文物資料，2件被列為二級古代文物，24件被列為三級古代文物。
哈密地區博物館
設有臨時廳、通史廳、地質廳、木卡姆歷史文化廳等，展廳文物以通史陳列的方式分為石器時代、青銅時代、早期鐵器時代、漢—北朝及隋、唐、元、明、清來呈現哈密悠久的古代文明，在通史陳列中還包括有獨特文化面貌的、焉不拉克、天山北路、伊吾拜其爾遺址、東黑溝墓地的專題陳列。
陳列各類文物千餘件，有轟動國內外的五堡乾屍、精美的古代毛布和屬於北方青銅文化的銅釜、鹿首銅刀等珍貴文物，大部分展品為歷年考古發掘出土文物，尤其是青銅器時代文物，在新疆青銅器時代文化中佔有重要地位，有著濃郁的地方文化特色。
庫車縣龜茲博物館
庫車古稱龜茲，是漢代西域都護府和唐安西都護府所在地，是古代西域重要的政治中心和佛教傳播中心。該館分為龜茲歷史出土文物館、龜茲佛教館、龜茲古錢幣館、民族民俗館四個展館，分別通過庫車出土的大量文物和遺留的大量石窟壁畫及佛教造像、歷代錢幣等，以及當今庫車濃郁的民族風情和特色，向觀眾展示一個多民族、多元素的橫貫古今的文化套餐。
若羌樓蘭博物館
中國首家以樓蘭文化為主題的博物館。該館集“樓蘭”文物整理展示、挖掘保護於一體，是集中展示樓蘭古城、米蘭遺址、小河墓地等歷史文物、人文資源的重要平臺，是人們深入瞭解樓蘭歷史文化的重要窗口。博物館整座建築具有濃郁的古樓蘭建築特色，其中一側的建築模仿著米蘭佛塔建造，另一側則是現代建築樣式。現代建築面牆上浮雕著一個按樓蘭女屍復原的貌如天仙的美女頭像，在仿造米蘭佛塔的建築下，則有三尊佛陀雕像。
和田地區博物館
是一個地方綜合性博物館，主要展出內容為·新石器時代、銅器時代、早期鐵器時代的與農業、畜牧業、手工業及商業交通發展有關的文物。
克拉瑪依石油展覽館
該館是向油城各族人民進行愛國主義和油田教育的基地，也是全面展示新疆石油工業發展史，讓中外各界人士瞭解克拉瑪依的重要場所。1982年春開始興建，1983年7月13日建成並正式開館。館內有兩廳—序言廳、英模廳，四館—五十年代“艱苦創業館”六十年代“迎難而上館”、七十年代“奪油會戰館”、八十年代“改革騰飛館”。共展出歷史照片300餘幅，各種圖表30餘幅，實物130餘件，樣品230餘件，歷史記錄影片數部，大型展覽4組。
絲綢之路博物館
是坐落在堪稱世界上“最大的地下畫廊”——魏晉墓古遺址之上以展示絲綢之路文明為主題的大型博物館。絲綢之路博物館分設李暠大廳、魏晉大廳、西涼王國大廳，玉石之路展廳、絲綢之路巡迴展廳、絲綢之路東展廳、絲綢之路西展廳，依照絲綢之路的起源和發展脈絡，設七個大型展廳。
阿克蘇博物館
位於新疆阿克蘇西大街西廣場，是一座集歷史、藝術、民俗、自然為一體，體現“龜茲文化”、“多浪文化”特色，反映阿克蘇深厚歷史文化底蘊的綜合性博物館。阿克蘇博物館陳列歷史出土文物、民族民俗文物、古代貨幣近1100餘件。主要藏品有單耳帶流大彩陶罐、青銅釜
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