《紐約時報》：紐約冠狀病毒的爆發源自歐洲(轉載)
UKuni
2020-04-10 22:33:46
一直以來，美國的疫情爆發都被認為是有人從中國攜帶了病毒進入美國，但沒有想到，最新的基因研究卻顯示出了一個令人吃驚的結果：紐約疫情爆發是從歐洲帶進來的！
《紐約時報》援引一項研究稱，大多數紐約新型冠狀病毒感染病例來自歐洲，而不是亞洲。
最新研究表明，冠狀病毒已於2月中旬開始在紐約地區傳播，這是首例確診病例之前的幾周，它主要是由歐洲而不是亞洲的旅行者帶到該地區的。
報道援引紐約伊坎醫學院遺傳學家哈姆·範·巴克爾的話稱：“大多數病例顯然是歐洲人。”他正在共同撰寫了一份研究並等待同行評審。
報道同時指出，儘管研究了不同的病例組，但紐約大學格羅斯曼醫學院的一個單獨小組得出了驚人的相似結論。兩個團隊都從3月中旬開始分析了來自紐約人的冠狀病毒的基因組。
據悉，病毒在成千上萬的感染者中傳播，會在遺傳物質中嵌入線索，一些會在遺傳基因上顯示出相似性，但另一些則會有獨特的突變。紐約的早期病例都與歐洲的病例在基因上具有相似性。
美國約翰斯·霍普金斯大學4月10日發佈的新冠疫情最新統計數據顯示，全球確診病例累計超過150萬例。美國是目前確診病例最多的國家，其確診病例累計達462135例，死亡病例為16672例。美國疫情爆發的中心是紐約州，美國有近半數的死亡病例發生在紐約州。紐約市的四處火葬場已經在不分晝夜連軸轉，排期已經到了4月中旬。
紐約州州長安德魯·庫莫（Andrew Cuomo）表示，該州似正在逼近疫情大流行的高峰，目前醫院和重症監護已經爆滿，紐約新冠病毒死亡人數是2001年9月11日襲擊中喪生的人數兩倍以上。
另外，新冠狀病毒2月中旬就開始在紐約地區傳播，紐約首例患者出現在3月1日。而1月31日，川普已經禁止了過去14天曾到過中國的人進入美國。2月下旬，意大利開始封鎖，而川普在3月11日才對歐洲大多數國家發出禁飛命令。
西奈山伊坎醫學院研究團隊的Dr. Simon表示，“在78個病例中，只有一種顯示是從亞洲引進的病毒，並且與西雅圖地區的病毒聯繫較為密切。紐約的病毒則是從歐洲傳播進入的。”
於此同時，紐約大學的格羅斯曼醫學院的一個小組也獲得了相似的結論，小組成員Dr. Adriana Heguy表示，基因研究顯示，紐約的病毒源於歐洲，但“人們都對此無視”。研究發現了過去就有傳播的病毒，如果當時實施積極的測試，該病毒或許已經被發現了。
紐約大學研究組的阿德里安娜·赫奎（Adriana Heguy）說：“人們毫無概念和察覺。”
赫奎Heguy博士和範-白克（van Bakel）博士是國際病毒史學家協會成員。他們通過仔細研究嵌入在成千上萬患者的病毒基因材料中的線索，揭開病毒暴發史。
病毒侵入細胞並控制其分子機制，從而使其產生新病毒。
這個過程快又慌里慌張。結果，新病毒可以獲得其祖先沒有的新突變。如果新病毒成功逃脫其宿主並感染其他人，則其後代將繼承該基因突變。
跟蹤病毒突變需要對病毒中的所有遺傳物質（即其基因組）進行測序。一旦研究人員從很多病毒樣本中收集了基因組，他們就可以對這些突變做比較。
之後，複雜的計算機程序可以弄清楚，這些病毒的突變是怎樣從它們共同祖先那裡衍生出來的。如果研究人員能獲得足夠的數據，就可以對這些病毒祖先存活多久做出粗略的估計。因為突變的產生速度比較平穩，就好比一臺分子鐘。
賓夕法尼亞州立大學的伯尼博士（Maciej Boni）和同事最近使用這種方法來查看被稱為SARS-CoV-2的冠狀病毒最初來自何處。雖然可能會錯誤地認為該病毒是在實驗室中造出的，但該病毒的基因組清楚地表明它來自蝙蝠。
冠狀病毒種類繁多，既感染人類，也感染動物。伯尼博士及和同事們發現，新病毒的基因組包含許多與蝙蝠感染的冠狀病毒相同的突變。
研究人員發現，最相近的冠狀病毒是在中國的馬蹄蝠中。但是新病毒的基因組自從幾十年前從蝙蝠病毒分離，已經得到了許多獨特的突變。
博尼博士說，祖輩病毒可能引起了許多感染馬蹄蝠的病毒，可能有時還感染了其他動物。
他說：“很可能存在大量未抽樣的多樣性。”
複製錯誤並非新病毒產生的唯一途徑。有時兩種冠狀病毒會感染同一細胞。這兩種病毒的遺傳物質就會混雜在新病毒中。
伯尼博士說，這完全有可能，在過去的10或20年中，一種混合型病毒在馬蹄蝠中產生，很適合感染人類。於是，這種病毒成功的以某種方式越過了物種壁壘。
他說：“偶爾，其中一種病毒會中彩票。”
2月，第一個歐洲冠狀病毒基因組測序機構-里爾巴斯德研究所（Pasteur Institute of Lille）的技術員Adeline Danneels，技術員，Sandrine Belouzard在實驗室
一月份，由中國和澳大利亞研究人員組成的團隊發表了該新病毒的第一個基因組。自那時以來，世界各地的研究人員已測序了3,000多個。一些在遺傳上相同，而另一些則帶有獨特的突變。
這只是該病毒全部多樣性的一小部分樣品。截至4月8日，已確認有150萬例Covid-19病例，而實際總數可能要達到數百萬。但是，病毒的基因組已經揭示了過去幾個月來其歷史中先前所隱藏的輪廓。
隨著新基因組的逐漸曝光，研究人員將它們上傳到名為GISAID的在線數據庫。病毒進化學專家們正在一個叫Nextstrain的項目裡分析不斷增長的基因組集合。他們正不斷地更新病毒的家族樹。
這棵家族樹的最深的樹枝都帶有中國血統。Nextstrain團隊還使用突變率來確定該病毒可能是在2019年末從動物宿主中首次感染人類的。12月31日，中國宣佈武漢的醫生正在治療數十例神秘的新呼吸道疾病。
隨著中國災難的程度明朗化，一些國家開始了積極的測試計劃。他們可以追蹤病毒的到來，並追蹤其在本國人群中的傳播。
但是美國在製造第一批診斷試劑盒時失敗，而且最初只對來自中國，並且表現出Covid-19症狀的人進行了檢測。
赫奎博士說：“那是一場我們沒有進行測試的災難。”
從一月底開始發現了一些病案。不過，很容易將它們看作是罕見的舶來品，而且沒有導致當地爆發疫情。
2月底，弗雷德·哈欽森癌症研究中心和華盛頓大學的副教授特雷弗·貝德福德（Trevor Bedford）和他的同事打破了這種幻覺。
使用Nextstrain，他們顯示在2月下旬一名患者中鑑定出的一種病毒與1月20日在華盛頓鑑定出的病毒相比有了突變。
華盛頓病毒還具有與武漢分離的病毒基因相同的其他突變，表明這個旅行者是從中國攜帶了冠狀病毒（華盛頓州發現的第一例病人是從中國來的—譯者注）。
有了這一發現，貝德福德博士和他的同事率先對冠狀病毒基因組進行了測序。在華盛頓周圍對更多的基因組進行測序，使他們對那裡的爆發是如何開始的有了更好的瞭解。
貝德福德博士說：“我非常有信心它沒在12月在美國傳播。” “一月份可能有其他幾個引進，但並沒有以同樣的方式起跳。”
正在被嚴重感染（黃色）冠狀病毒的進行自我打擊的細胞
隨著美國其他地區新病例的出現，其他研究人員也建立了自己的渠道。紐約的第一個陽性檢測結果是3月1日，幾周後，患者湧入該市的醫院。
赫奎博士說：“我想，’我們也需要這樣在紐約做。’
赫奎博士和她的同事發現了一些紐約病毒，它們具有其他地方未發現的獨特突變。她說：“那就是你知道病毒已經默默傳播一陣了。”赫奎博士估計該病毒是在幾個月前開始在紐約地區傳播的。
西奈山的研究人員開始對進入醫院的患者的基因組進行測序。他們發現，在紐約發現的最早的病例與以後的病例沒有關聯。
“兩週後，我們開始看到彼此相關的病毒，”西奈山團隊成員岡扎雷斯-裡其（Ana Silvia Gonzalez-Reiche）說。
Gonzalez-Reiche博士及其同事發現，這些病毒實際上與歐洲各地的病毒相同。他們無法說特定病毒在哪個特定航班到達紐約。但是他們寫道，這些病毒揭示了“從1月下旬到2月中旬這段時間，（它們）全球範圍內沒有被追蹤的傳播著”。
到目前為止，西奈山的研究人員已經確定了進入紐約並開始傳播的七個獨立的病毒譜系。範-巴克博士說：“我們可能會發現更多。”
與Nextstrain團隊合作的計算生物學家貝爾（Sidney Bell）提醒人們，不要自己過多地解讀這些新突變。貝爾博士說：“僅僅因為有所不同並不意味著這很重要。”
突變不會自動將病毒變成新的可怕病毒。他們通常根本不會帶來任何改變。貝爾博士說：“對我來說，突變是不可避免的，而且很枯燥。” “但是在電影中，您會感到X戰警（的激動）。”
約翰·霍普金斯大學應用物理實驗室的病毒學家Peter Thielen喜歡聯想病毒的傳播，就像蒲公英種子落在空曠的田野上一樣。
蒲公英的花長大並長出自己的種子。那些種子蔓延發芽。隨著一代又一代的蒲公英覆蓋田野，新的突變產生。蒂倫博士說：“但是它們仍然還都是蒲公英。”
冠狀病毒突變雖然有助於區分血統，但對病毒的操作方式沒有明顯影響。
對於研究疫苗的科學家來說，這是個好消息。
疫苗開發人員希望通過引導我們的身體制造出能夠抓住病毒，並阻止其進入細胞的抗體，來對抗Covid-19。
一些病毒進化如此之快，以至於它們需要能夠產生幾種不同抗體的疫苗。Covid-19並非如此。與其他冠狀病毒一樣，相比例如流感病毒，它的突變率相對較低。
儘管要與之抗衡如此之難，但它的變異表明事情可能會變得更糟。
當然，只要冠狀病毒繼續感染人，就會繼續突變。可能有更換疫苗以跟上病毒的潮流必要。這就是為什麼科學家需要保持追蹤病毒歷史的原因。
Dr. Harm van Bakel和Dr. Adriana Heguy都隸屬於國際病毒史學家協會，他們通過研究上萬名患者的病毒基因材料，來揭示其發展歷史。
其實之前就有紐約居民爆料，他們從意大利和西班牙返回美國時，邊境管制官員根本沒有對他們進行檢測或隔離，而是直接放行了。
62歲的Pam Mundus向《紐約時報》記者透露，2月23日時，她和一個朋友在米蘭度過了一週的假期，3月1日從羅馬飛往紐約，沒有人問她意大利的旅行情況，唯一被問到的問題是：“你去過中國嗎”？
紐約建築師Ari Minelli也表示，他曾前往西班牙旅行，隨後返回了紐約，當時西班牙已經有4000多個案例並且宣佈進入緊急狀態。但當他乘坐飛機飛往紐約時，只要求填寫一份海關表格，並沒有對他的健康狀況進行任何詢問，也沒有隔離措施。
而之前川普的禁飛命令一出，更有成千上萬的美國人從歐洲抵達美國。佛羅里達統計和定量傳染病中心主任Dr. Ira M. Longini表示，“這可能會造成更多的傳播”。
部分圖片素材來源NewYork Times網站
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