已經在全球擴散的新型病毒對美軍產生了重大影響，由於美軍的海外駐軍遍佈世界各地，因此對於病毒的傳播也是如臨大敵，根據五角大樓的說法，美軍已經有49人確診，還有更多的人處於隔離之中，其中就包括中亞國家阿富汗的美軍。據美國“國防時報”網站3月20日報道，新型病毒的肆虐阻礙了美軍從阿富汗的撤兵計劃，並可能破壞阿富汗的潛在和平。據報道，在美軍撤出更多部隊的同時，還有新一批部隊抵達阿富汗輪換，在過去一週內，1500名抵達阿富汗美軍和承包商被下令進行14天的隔離觀察，以防止將病毒帶入駐阿美軍之中。而就在此時，塔利班卻趁機發動猛烈的全面攻勢，在阿富汗全境發動頻繁襲擊，阿富汗當局已經宣佈，恢復對塔利班的軍事行動，而面對盟友的求救信號，美軍卻選擇“見死不救”，似乎是鐵了心在這場衝突中置身事外。
阿富汗國防部代表表示，在美國和塔利班達成停火協議並開啟和平進程以來，阿富汗安全部隊停止了對塔利班的軍事行動，但是塔利班方面卻公然破壞停火，對阿軍目標進行襲擊，因此阿富汗國防部長阿薩杜拉-哈立德下令，要求阿軍從防禦狀態轉為“積極防禦”，允許對塔利班武裝分子採取進攻行動，這意味著美國和塔利班的停火協議已經徹底宣告無效化。在此之前，喀布爾當局雖然勉強同意釋放1500名塔利班武裝分子，但是其監獄中關押的塔利班成員總數為大約5000人，在恢復衝突後，阿富汗已經停止了釋放塔利班武裝分子的行動。
在塔利班和阿富汗部隊恢復開戰後，美軍卻表示，由於防範新型病毒的需要，美軍正做出必要的調整，暫停所有人員進入戰區，下令抵達阿富汗的輪換部隊在特定的住所集中隔離，以阻止病毒的可能傳播，據悉美軍在阿富汗最大的基地巴格拉姆空軍基地和坎大哈機場都建立了隔離區，供大批遠道而來的士兵進行隔離，五角大樓則表示，美軍將繼續按照撤兵計劃錶行事，預計在7月份時將駐阿美軍的規模減少到8600人。
值得注意的是，雖然駐阿美軍進行了嚴格的隔離，但是卻嚴重缺乏檢驗試劑，五角大樓承認，距離阿富汗最近的測試實驗室位於德國，美軍需要將測試樣本通過飛機運往萬里之外的德國，然後才能進行檢測，這大大增加了測試的複雜程度和受汙染風險。據報道，阿富汗國內已經出現了確診病例，甚至包括駐阿美軍，美媒透露，來自威斯康辛州的美軍國民警衛隊已經有人確診，這使得美軍愈發緊張，在五角大樓看來，病毒是遠比塔利班更危險的對手，至於阿富汗盟友的死活，則已經不再重要。
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