案情簡介
2013年5月20日，王某與付某出資2000萬元註冊成立了W公司，王某出資額1560萬元，佔註冊資本的78%，付某出資440萬元，佔註冊資本的22%。2015年1月28日，G公司與王某、付某簽訂《王某、付某與G公司關於外資併購W公司的股權購買協議》，協議約定：G公司分別以60342857元和27657143元購買王某、付某持有的W公司的48%和22%的股權，王某的股權原值為960萬元，付某的股權原值為440萬元。
2015年4月24日，G公司作為股權轉讓個人所得稅扣繳義務人，向第二稅務分局提交了《股權購買協議》、批准文件等相關資料，第二稅務分局核查確認王某應交股權轉讓個人所得稅10142537.11元，付某應交股權轉讓個人所得稅4648662.89元，G公司代繳了上述個人所得稅。
2016年6月3日，G公司與王某、付某簽訂《修改協議》，該協議約定：因目標公司的特許經營區域減少，雙方約定將股價轉讓價款由8800萬元調整為500萬元。
2018年4月14日，付某以股價轉讓未取得收益為由，向第二稅務分局申請退還其已繳納的個人所得稅，第二稅務分局審查認為付某與G公司簽訂的補充修改協議不能作為稅務機關退稅的依據，付某申請退稅不符合條件，據此於2018年5月14日作出《關於付某申請退稅有關事項的答覆》，付某不服，於2018年7月12日向五蓮縣人民政府提出行政複議申請，五蓮縣人民政府審查受理後，根據《行政複議法》第十二條第二款、第十八條之規定，將複議案件移送五蓮縣稅務局處理。2018年9月29日，五蓮縣稅務局作出蓮稅複決字〔2018〕2號《稅務行政複議決定書》，維持了《關於付某申請退稅有關事項的答覆》。
一審法院
一、第二稅務分局作出的《關於付某申請退稅有關事項的答覆》是否合法，即付某申請第二稅務分局退稅是否符合法律、法規的規定，第二稅務分局收取付某個人所得稅應否予以退還。
付某申請退稅依據的《修改協議》，是在繳納個人所得稅後簽訂的，《中華人民共和國稅收徵收管理法》第五十一條、《中華人民共和國稅收徵收管理法實施細則》第七十八條規定是納稅人基於交稅時多繳、誤繳稅款申請退稅的規定，沒有規定稅款徵繳完畢後，基於新發生的情況退稅的情形；付某以股價轉讓未取得收益為由，向第二稅務分局申請退還已繳納的個人所得稅，依據與G公司簽訂的《修改協議》，該修改協議不能作為稅務機關退稅的依據，付某申請退稅不符合條件，故付某申請退還個人所得稅沒有事實和法律依據，本院不予支持。
二、五蓮縣稅務局作出的行政複議決定是否合法，即五蓮縣稅務局作出的蓮稅複決字〔2018〕2號《稅務行政複議決定書》認定事實是否清楚、適用法律是否正確、程序是否合法。
本院認為，五蓮縣稅務局行政複議主體適格，認定事實清楚，在收到付某的行政複議申請後，告知付某受理情況、通知第二稅務分局書面答覆並提交作出行政行為的證據和依據，經審查後作出蓮稅複決字〔2018〕2號《稅務行政複議決定書》，複議程序符合法律規定。付某訴請撤銷行政複議決定，沒有事實和法律依據，本院不予支持。
二審法院：
一審法院對於被告主體認定錯誤，程序違法。上述行政複議決定雖在最後決定內容中表述為維持第二稅務分局的《關於付某申請退稅有關事項的答覆》，但從其行政複議決定的實質內容來看，其對付某的退稅申請作出了新的獨立的判斷，實質上完全改變了第二稅務分局行政答覆的處理結果。基於該情形，根據《最高人民法院關於適用〈中華人民共和國行政訴訟法〉的解釋》第一百三十四條第二款規定，不應將原行政行為機關與行政複議機關列為共同被告。一審法院應向付某釋明，告知其選擇適格的被告。
由於一審法院認定被告主體錯誤，導致本案基本事實認定不清。第二稅務分局的稅務行政答覆處理結果為有條件地審核是否退稅，而五蓮縣稅務局的行政複議決定處理結果為退稅申請不符合規定，不存在退稅情形。第二稅務分局的稅務行政答覆的處理結果與五蓮縣稅務局行政複議決定的處理結果相互矛盾。《最高人民法院關於適用〈中華人民共和國行政訴訟法〉的解釋》第一百三十六條第一款規定，人民法院對原行政行為作出判決的同時，應當對複議決定一併作出相應判決。一審法院對原行政行為和行政複議行為均進行了審查並作出認定，認為原行政行為和行政複議行為均合法，從而駁回了付某的訴訟請求。對於處理結果相互矛盾的原行政行為和行政複議行為，一審法院同時認定為合法，顯然屬於基本事實認定不清。
最終撤銷山東省五蓮縣人民法院（2018）魯1121行初40號行政判決，發回山東省五蓮縣人民法院重審。
要點提示：
《國家稅務總局關於發佈《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》（國家稅務總局公告2014年第67號）的公告》第十三條規定，符合下列條件之一的股權轉讓收入明顯偏低，視為有正當理由：
能出具有效文件，證明被投資企業因國家政策調整，生產經營受到重大影響，導致低價轉讓股權；
繼承或將股權轉讓給其能提供具有法律效力身份關係證明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孫子女、外孫子女、兄弟姐妹以及對轉讓人承擔直接撫養或者贍養義務的撫養人或者贍養人；
相關法律、政府文件或企業章程規定，並有相關資料充分證明轉讓價格合理且真實的本企業員工持有的不能對外轉讓股權的內部轉讓；
股權轉讓雙方能夠提供有效證據證明其合理性的其他合理情形。
本案中，因五蓮縣政府不斷調整目標公司的燃氣經營區域導致目標公司經營區域大幅減少，股權價值降低，付某已提供了五蓮縣政府的相關批文，應視為有正當理由的。
《稅收徵收管理辦法》第五十一條規定，納稅人超過應納稅額繳納的稅款，稅務機關發現後應當立即退還；納稅人自結算繳納稅款之日起三年內發現的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款並加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實後應當立即退還；涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規有關國庫管理的規定退還。
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