小編通過大量的收集資料，對當前我國菸草生境中存在的主要問題總結主要有以下五個方面：
（1）過量施肥的大田土壤退化，表現是有機質含量低、土壤結構差、養分不平衡、酸化和鹼化嚴重、土壤對水、肥和酸鹼、溫度的調節能力減弱，導致作物生長營養狀態不佳、水分、酸鹼脅迫明顯、易受寒、旱、熱等因素的危害。
（2）過量使用未腐熟有機肥的設施農業土壤退化，表現為土壤過營養化、供氧不足、有害微生物和動物佔優勢、土壤鹽鹼化、有害有機物積累。作物表現生長緩慢、根系生長不健康、土傳病害嚴重發生、作物重茬危害嚴重，農產品品質下降。
（3）過量使用農藥和除草劑的土壤汙染危害，表現為農田生物多樣性下降，害蟲和病害發生嚴重、作物生長不同程度受藥害的影響，影響農產品品質。
（4）環境汙染物汙染農田的汙染危害，表現是進入土壤和大氣的有毒有害汙染物導致作物光合、有機物合成等過程受損，生長不正常，產品畸形，產品受汙染。
（5）菸草是忌連作作物，長期的連作會出現生長髮育受阻，土傳病害加重，菸草抗風險能力下降。
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