吳清源初露頭角的故事非常有趣。他的父親在北洋軍閥段祺瑞手下當“部員”閒職，家境很窮，仗著“圍棋”有幾度散手，常常和別人賭賽，就像香港某些職業象棋手一樣，每局賭一兩個銀元。有一次他的父親和一個胖子下棋，賭注是五塊銀元。在三十年前，這賭注是很高的了。吳清源的父親不知是心理緊張還是實力本來就不如人，總之未至中局，就給別人佔盡上風。他眉頭一皺，借入廁為名，躲到廁所去鬆一口氣，並想下一著的挽救的方法。
吳清源的父親上廁所去了許久還不回來，那胖子等得不耐煩了，對旁觀者嘲罵吳清源的父親藉故遁逃。這時吳清源忽然在旁邊冷冷說道：“我替父親下幾步好不好？”吳清源那時只是十二歲的小孩子，還未和人正式對過局，那胖子大笑道：“你輸了你爸爸會認數嗎？”吳清源道：“怎見得是我輸呢？等我輸了你再說不遲，我沒錢就脫衣服給你。”那胖子本來好勝，見這個小孩子毫不把他放在眼內，不禁大怒，就和他續下去。吳清源像小孩子玩石子似的，隨手將棋子丟落棋盤，簡直不假思索，不過一二十手就扭轉大局，轉敗為勝。那胖子不服氣，再和他下一局，賭注十元，結果又輸。事後他父親問他：“我又沒教你下棋，你幾時學會的？怎麼這樣大膽？”吳清源道：“我天天看你下棋，不學也會啦！我是看準能贏才動手的呀！”
自此以後，吳清源“圍棋神童”之名大著，段祺瑞知道了，特別叫人找他去下棋。段祺瑞的棋力很高，他自誇是“七段”，大約可相當於日本的四段。第一局吳清源不敢贏他，可是段祺瑞已看出他的實力，對他說：“你不要害怕，你能贏我我才高興。”果然以後再下，就都是吳清源贏了。
吳清源給段祺瑞賞識後，家庭景況好了許多，父親也升了官，他更可以安心下棋了。一九二六年，日本的井上孝平五段（日本圍棋等級共分九段，五段已算高段）到中國遊歷，在北京的青芸閣茶樓與吳清源對局，吳清源“打黑手”（下圍棋持黑子的先下，打黑手相當於象棋中的被讓先）勝。繼之而來的是六段巖本燻（現在是八段），讓吳清源二子，吳又勝。還有橋本宇太郎（當時是四段，現在是九段）和吳清源下過幾局，互有輸贏，那時吳清源才十三歲！
日本以前棋段的評定非常嚴格，除了實力還要講資歷，等閒不能“入段”。不過單以實力來評的話，大約每段相差三分之一子，即九段應讓初段三子。吳清源能與高段互有勝負，傳至日本，令日本棋手大吃一驚！當時日本的八段“準名人”（九段又稱“名人”），現在的名譽九段漱越憲作看了吳清源的棋譜，嘆為天才，遂資助他到日本去留學圍棋。吳清源即拜漱越憲作為師，當時年僅十五歲。
吳清源到日本後，日本棋院只給他“三段格”（即只有三段資格，還不算正式三段，其實他的實力遠不止此！他到日本不久，就和當時唯一的九段本因坊秀哉連下三盤。照棋院的規則，入院之前必須經過考試，三段與九段對局是“二三二”，即第一盤讓二子，第二盤讓三子，第三盤讓二子，吳清源連勝三局。接著他與日本棋院從三段至六段的少壯棋士下過十局，都是下平手，十局總結，吳清源九勝一負，震動日本棋院。第二年他首次參加日本棋壇的“大手合”（即公開賽），以全勝晉升為四段。至十九歲又再升為五段。二十歲時，他創了圍棋新佈局法，打破了以前“金邊銀角石肚子”的觀念（以前下棋最重視的是佔邊，其次是佔角，腹地最不受重視，故有“金邊銀角石肚子”之稱）。日本棋壇稱他為“鬼才”，懷疑他是日本棋聖本因坊道策的再生。道策被日本人推許為有“十一段”的實力，即是說他要比最高的等級（九段）還高出兩段。由此也可見日人對吳清源的推崇了。
吳清源打遍日本無敵手，但卻很遲才升九段（一九五〇年二月，日本棋院才正式授他九段），他的後進藤澤庫之助還比他先登九段之尊。論者以為這是日本棋院“小氣”的表現。因為：吳清源雖入日籍，但到底是中國人，所以故意抑他。
但天才是抑不了的，吳清源與藤澤同為九段之後，兩雄決賽十八局，吳清源大勝（比數為吳勝十四負三和一），而且第一局就以“中押”勝（中押勝即不待一局下完，至中盤就肯定能勝利了）！入院棋士推算精確，往往只輸一二子即於中盤罷戰，自認“中押”敗。在吳清源勝藤澤之前，日本有一個圍棋組織，叫作“擊敗吳清源之研究會”，專研怎樣去破吳清源，結果還是不能將他擊敗。
吳清源下棋極快，日本以前高手對弈，每人每局有取至二十四個鐘頭的，吳清源那次和藤澤對局是每人每侷限定十三小時。現在十個鐘頭，吳清源往往只用五六個小時就夠了！我還記得他輸給藤澤庫之助的那盤棋，吳清源用了七小時又十五分鐘。藤澤卻用了十二小時又五十九分鐘，只差一分鐘就到限定時間，真可說是費了九牛二虎之力，才能贏這一盤。
今年七月間，梅蘭芳先生到日本表演，曾會見吳清源。吳清源向他建議，請他轉達我國文化當局，派有圍棋天才的少年到日本留學，吳願意負責悉心指導。
梅、吳兩大藝人會見，還有一件有趣的事。吳清源說：“我三十年前曾在北京大方家衚衕李先生家裡見過你。”梅蘭芳說：“是呀！我還記得那時候你和一位老先生下棋，那位老先生想半天才下一子，你卻一會吃糖，一會嚼花生，好像滿不在乎，是不是？”三十年前之事，兩人都記得如此清楚，他們的記憶力真值得佩服！
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