九月初十午，公命侍者撤退佛龛，供奉在别室中。侍者知公有异，银屏往报方丈及三寮职事，齐集向公头号安，请为法长住，公曰：“事到而今，还作俗态，请派人为我在大殿念佛。”
众请公作最后开示及遗嘱，公曰：“身后事数日前已向众说过，不必赘言，今问我最后语只有：勤修戒定慧，息灭贪瞋痴。”有顷，复曰：“正念正心，养出大无畏精神，度人度世。诸位辛苦，宜早休息。”众告退，已中夜矣。
云居山地势本高，时际深秋，寒风凄历，万山木落，簌簌有声，古树参天，幢幢乱影，室内则一灯如豆，户外已滴露成珠，回顾茅蓬中，只有一老人静卧其中，且去大殿颇远，第觉幽磬遥闻，经声断续，待送此老人去也。
农历九月十二日晨，侍者二人进入室内，公跏跌如常，惟双颊微红于往日，不敢惊动，退出室外守候，十二时在窗外窥见公竟自起床，自取水饮，旋起立作礼佛状，侍者以公久病之身，恐其倾跌，即推门入，公乃就坐，徐告侍者曰：“我顷在睡梦中，见一牛踏断佛印桥石，又见碧溪水断流。”遂闭目不语。
至十二时半，公唤侍者一起进来，举目遍视，有顷曰：“你等侍我有年，辛劳可感。从前的事不必说了。我近十年来，含辛茹苦，日在危疑震憾之中，受谤受屈，我都甘心，只想为国内保存佛祖道场，为寺院守祖德清规，为一般出家人保存此一领大衣。
即此一领大衣，我是拼命争回的，你各人今日皆为我入室弟子，是知道经过的。你们此后如有把茅盖头，或应住四方，须坚持保守此一领大衣，但如何能够永久保守呢？只有一字，曰：‘戒’。”说毕合掌道珍重，诸人含泪而退，至室外檐下守候。
至午一时四十五分，侍者二人入视，见公右胁作吉祥卧，示寂矣！银屏报住持及大众，齐集诵经送行，日夜轮流念佛，一日后装龛，肢体软若棉絮。十八日封龛。十九日荼毗，举火后，香气四溢，白烟滚滚上冲。
公世寿一百二十岁，僧腊一百零一岁，示寂日，寺中僧人正智法师在公住处《禅门日诵》中，发现其亲笔所书遗嘱一份，内曰：吾死后化身毕，请各位将吾骨灰碾成细末，以油糖面共骨灰尘和好，做成丸果，请送放河中，以供水族结缘，满吾所愿，感谢无尽，偈曰：
暇恤蚁命不投水，
吾慰水族身掷江；
冀诸受我身愿供，
同证菩提度众生。
还债人虚云顶礼
又偈：
请各法侣，不必忧虑，生死循业，如蚕缚茧，贪迷不休，囚闲忧喜，欲除此患，努力修炼，妙契无生，明通性地，断爱憎情，脱轮回险，参净三学，坚持四念，誓不罢休愿图成，质幻露电，证悟真空，万法一体，离合悲欢，随缘泡水。
又偈：
吁嗟我衰老，空具报恩心，宿债无时了，智浅识业深，愧未成一事，守拙在云门，诵子吃唏句，深愧对世尊，灵山会未散，护法仗我公，是韦天再世，耀毗耶真风，自他一体视，咸仰金粟尊，中流作砥柱，苍生赖片言，末法众生苦，向道有几人，愧我名虚负，羡子觉迷津，道范时殷慕，华堂愧未趋，谨呈覆几句，聊以表区区。
《虚云赞》：
滚滚红尘一盏灯，茫茫人海一禅僧；
千载难逢一泰斗，万事随缘一本经；
四朝五帝一程路，九磨十难一柱擎；
百年虚云一台戏，一声钟鼓一片情。
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