中國醫學科學院1956年成立。北京協和醫學院1917年成立。中國醫學科學院和北京協和醫學院自1957年起實行院校合一的管理體制。作為我國最高醫學研究機構和最高醫學教育機構，院校自成立以來始終以引領我國醫學科技教育發展和維護人民健康為己任，為我國醫學衛生健康事業的發展做出了重要貢獻。
院校建立以來，北京協和醫學院開創了我國八年制臨床醫學教育、高等護理教育、住院醫師培訓制度和最早的公共衛生實踐，取得了“北京猿人發現”、“蛋白質變性學說”、“單體麻黃素提取”、“黑熱病研究”等一系列重要成果；中國醫學科學院在脊髓灰質炎系列疫苗的研製及其在中國兒童計劃免疫中的應用、全國控制和基本消滅麻風、根治絨毛膜上皮癌化學療法的創建與推廣、食管癌綜合防治研究、難治性心血管疾病的臨床救治體系、丁苯酞和雙環醇等天然藥物創制、人工麝香研製及其產業化、國內首例艾滋病患者發現及新發突發傳染病防治體系、中國醫學細胞遺傳學創建與疾病基因研究和自體幹細胞臨床率先應用理論基礎與技術推廣等方面做出了創造性貢獻。院校產生了包括張孝騫、張錫鈞、鍾惠瀾、林巧稚、黃家駟等在內的52位醫藥衛生界兩院院士，為中國疾病預防控制中心、軍事醫學科學院、解放軍總醫院、首都醫科大學、北京醫院、中日醫院、北京安貞醫院等國內眾多重要醫學機構的建立提供了人才和技術支持。
院校至今已發展成為擁有23個研究所（院、基地）、6家醫院、7所學院、56個創新單元，集醫教研防產為一體的國家醫學科學中心和綜合性醫學科學研究機構。院校擁有兩院院士24人、國家海外高層次人才引進計劃21人、長江學者19人、國家傑青39人；擁有國家“雙一流”建設學科4個；在教育部學科評估中有6個A類學科；擁有國家重點實驗室5個、國家臨床醫學研究中心5個、其他國家級科研基地8個。院校有6所直屬醫院，包括中國醫學科學院北京協和醫院、阜外醫院、腫瘤醫院、整形外科醫院、血液病醫院和皮膚病醫院，集綜合醫院和專科醫院於一體，形成了國內外聞名的醫療、教學和研究緊密結合的臨床醫學體系。
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