昌都地處橫斷山脈和三江（金沙江、瀾滄江、怒江）流域，是川藏公路和滇藏公路的必經之地，也是“茶馬古道”的要地。以昌都為中心，東與四川省相望，東南面與雲南省接壤，西南面與林芝市毗鄰，西北與那曲市相連，北面與青海省交界，西望拉薩，處在商貿往來的樞紐地位，素有“藏東明珠”的美稱。
昌都市古稱“康”或“客木”。唐代，昌都市為吐蕃王國的一部分，明清以後統稱此地為康藏地區，原西藏政府稱它為“朵康木”地區。
昌都市坐落在群山懷中，它被稱作從四川和雲南入藏的門戶。昌都是藏語，其意為“水匯合處”。扎曲和昂曲在昌都相匯為瀾滄江，這也是昌都這一名稱的由來。
公元13世紀，元朝將藏歸於中國版圖後，在昌都和四川甘孜設置了朵甘思宣慰司都元帥府。
在昌都形成若干呼圖克圖－－大活佛轉世系統。明朝政府在此設置了朵甘都指揮使司，委任各地的部落酋長和各大頭人與寺廟的大喇嘛管理。明（1368－1644年）末蒙古和碩特部固始汗白利土司後，昌都也受固始汗的統治。
清朝（1616－1911年）在這個地區封委了一些大活佛和土司各轄其地，受駐藏大臣和達賴喇嘛的管理。清朝還在昌都設立了糧站，委派糧臺、遊擊等文武官員駐守昌都，並從四川、雲南派有制兵130名駐紮昌都，傳遞諭旨奏摺，保護昌都寺大活佛和糧臺。清末趙爾豐在昌都地區的一些地方實行改土歸流，昌都地區改稱川邊。
民國（1912年）以後，是西康省的一部分。
1950年10月19日，成立了昌都地區人民解放委員會，並下設3個管轄區，即昌都解放委員會直轄13個宗、三十九族地區第一辦事處所轄10個宗和波密地區第二辦事處所轄3個宗及鹽井、察隅共28個宗。
1955年西藏自治區籌備委員會成立後，昌都地區則劃規其管轄，1960年初設昌都地區行署。地區行署駐昌都鎮。
2014年10月，撤銷昌都地區和昌都縣，設立地級昌都市和卡若區，以原昌都地區的行政區域為昌都市的行政區域。
1950年10月，昌都解放，昌都直屬的宗有昌都、察雅、八宿、類烏齊、左貢、桑昂曲均由宗直接改為縣。昌都專區下轄共計13個縣，專員公署設在昌都縣。
1959年9月，波密和嘉黎劃歸塔工（即林芝）管轄。此時，昌都專區轄12個縣。
1962年9月，昌都專員公署辦公會議對各縣行政區劃作了調整。全地區12個縣劃為94個區一個鎮（昌都縣城關填），472個鄉。
1964年5月，西藏自治區籌委會在進行行政區劃調整時，考慮到不同地區群眾的居住習慣，人口數量，轄區面積及交通運輸等因素，決定將林芝專區所屬的波密縣劃歸昌都專區管轄。此時昌都專區所轄縣又恢復為13個。
1966年2月將桑昂曲縣改名為察隅縣。
1970年昌都專區改為昌都地區，地區駐昌都縣。洛隆縣由洛隆遷孜託；邊壩縣由邊壩遷駐草卡區的東馬司（距草卡區6千米）。昌都地區轄昌都、貢覺（駐莫洛）、左貢（駐亞中）、察隅（駐吉公）、洛隆（駐孜託）、丁青、波密（駐紮木）、江達、察雅（駐煙多）、芒康（駐嘎託）、八宿（駐白馬）、邊壩（駐東馬司）、類烏齊等13縣。
1971年，左貢縣由亞中遷駐汪達
1975年，類烏齊縣由類烏齊遷熱扎卡。昌都轄昌都、貢覺（駐莫洛）、左貢（駐汪達）、察隅（駐吉公）、洛隆（駐孜託）、丁青、波密（駐紮木）、江達、察雅（駐煙多）、芒康（駐嘎託）、八宿（駐白馬）、邊壩（駐東馬司）、類烏齊（駐熱扎卡）等13縣。
1987年3月始，實行撤區並鄉，調整鄉鎮行政區劃，保留13個區，昌都轄159個鄉，9個鎮，1622個行政村。
1997年，地區行署駐昌都縣城關鎮。轄昌都、芒康、貢覺、八宿、左貢、邊壩、洛隆、江達、類烏齊、丁青察雅11個縣。
2014年10月，撤銷昌都地區，設立地級昌都市。昌都市設立卡若區，以原昌都縣的行政區域為昌都市卡若區的行政區。
至2014年11月，昌都市轄原昌都地區的江達縣、貢覺縣、類烏齊縣、丁青縣、察雅縣、八宿縣、左貢縣、芒康縣、洛隆縣、邊壩縣和新設立的卡若區。即一個區十個縣，包括24個鎮，118個鄉。市政府駐卡若區。
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