抗日戰爭之前，曹炳章編纂了《中國醫學大成》，備受中醫界推崇。可惜此書刊行未半，日本發動侵華戰爭，印刷被迫中斷，僅有１３６種問世。《中醫古籍珍本集成》上接《中國醫學大成》餘緒，補前賢之遺憾，以傳承中醫藥之經典， 弘揚中華傳統文化。
叢書初步計劃整理、點校、評註的古代文獻為３６０種。為方便讀者深入研讀古籍，將在原版影印的基礎上進行校勘、註釋、點評、解讀。點評標註於書中相應部位，如同古人的讀書批註。
叢書共有１５卷，分別為醫經卷、傷寒金匱卷、溫病卷、診斷卷、本草卷、方書卷、內科卷、外傷科卷、婦科卷、兒科卷、五官科卷、針灸卷、氣功養生卷、醫案醫話醫論卷和綜合卷。
《中醫古籍珍本集成》由湖南科學技術出版社策劃倡議，南京中醫藥大學領銜組織編纂。叢書將盡量選擇母本或現存最早的版本、精校本、完整本等最佳版本作為底本，採用現代技術手段，對底本原版進行影印，以求保持中醫古籍原貌，真實反映出珍本古籍的版本特徵，最大限度地發揮珍本古籍的學術價值和文獻價值。
《中醫古籍珍本集成》及續編一部分書目：
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 傷寒類證活人書
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 傷寒論
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 傷寒論淺注
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 傷寒百證歌 傷寒九十論 傷寒要旨藥方
中醫古籍珍本集成 傷寒明理論 傷寒活人指掌補註辯疑 傷寒兼證析
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 註解傷寒論
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 傷寒總病論傷寒發微論
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 傷寒懸解
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 傷寒補亡論
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 金匱玉函經二注
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 金匱鉤玄金匱要略心典
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 傷寒論綱目 上
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 傷寒論綱目 下
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 傷寒溯源集 上
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 傷寒溯源集 下
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 傷寒尋源
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 傷寒直格 傷寒貫珠集
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 尚論後篇
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 傷寒來蘇集 上 1233
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 傷寒來蘇集 下
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 金匱翼 上 1233
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 金匱翼 下
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 金匱要略論注 上
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 金匱要略論注 下
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 金匱玉函經
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 金匱要略方論
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 金匱要略淺注
中醫古籍珍本集成 傷寒金匱卷 尚論篇
中醫古籍珍本集成 溫病卷 溫病條辨 上
中醫古籍珍本集成 溫病卷 溫病條辨 下
中醫古籍珍本集成 溫病卷 松峰說疫 上
中醫古籍珍本集成 溫病卷 松峰說疫 下
中醫古籍珍本集成 溫病卷 溫熱經緯 上
中醫古籍珍本集成 溫病卷 溫熱經緯 下
中醫古籍珍本集成 溫病卷 陰證略例、溫熱病指南集
中醫古籍珍本集成 溫病卷 溫熱暑疫全書
中醫古籍珍本集成 溫病卷 痧脹源流、疫疹一得
中醫古籍珍本集成 溫病卷 溫疫論、痎瘧論疏
中醫古籍珍本集成 溫病卷 瘟疫明辨、溫熱論
中醫古籍珍本集成 溫病卷 痧脹玉衡
中醫古籍珍本集成 溫病卷 廣瘟疫論、溼熱條辨
中醫古籍珍本集成 溫病卷 續編 隨息居重訂霍亂論
中醫古籍珍本集成 溫病卷 續編 傷寒瘟疫條辨 上
中醫古籍珍本集成 溫病卷 續編 傷寒瘟疫條辨 下
中醫古籍珍本集成 溫病卷 續編 時病論 上
中醫古籍珍本集成 溫病卷 續編 時病論 下
中醫古籍珍本集成 醫經卷 靈樞素問節要淺注 上
中醫古籍珍本集成 醫經卷 靈樞素問節要淺注 下
中醫古籍珍本集成 醫經卷 內經評文 素問、靈樞 上
中醫古籍珍本集成 醫經卷 內經評文 素問、靈樞 下
中醫古籍珍本集成 醫經卷 素問直解 上
中醫古籍珍本集成 醫經卷 素問直解 下
中醫古籍珍本集成 醫經卷 難經集註
中醫古籍珍本集成 醫經卷 讀素問鈔
中醫古籍珍本集成 醫經卷 古本難經闡注
中醫古籍珍本集成 醫經卷 續編 素問玄機原病式、素問病機氣宜保命集
中醫古籍珍本集成 醫經卷 內經知要
中醫古籍珍本集成 醫經卷 續編 難經懸解
中醫古籍珍本集成 醫經卷 續編 內經博議
中醫古籍珍本集成 婦科卷 胎產心法 上
中醫古籍珍本集成 婦科卷 胎產心法 下
中醫古籍珍本集成 婦科卷 增廣大生要旨、達生編
中醫古籍珍本集成 婦科卷 傅青主女科
中醫古籍珍本集成 婦科卷 胤產全書
中醫古籍珍本集成 婦科卷 經效產寶、胎產秘書
中醫古籍珍本集成 婦科卷 胎產新書
中醫古籍珍本集成 婦科卷 竹林女科證治
中醫古籍珍本集成 婦科卷 續編 產寶百問、產寶諸方
中醫古籍珍本集成 氣功養生卷 養生四要、養生月覽、類修要訣
中醫古籍珍本集成 氣功養生卷 抱朴子內篇 修齡要旨
中醫古籍珍本集成 氣功養生卷 飲膳正要、食色紳言、玉房秘訣
中醫古籍珍本集成 方書卷 普濟本事方
中醫古籍珍本集成 方書卷 洪氏集驗方、潛齋簡效方
中醫古籍珍本集成 方書卷 肘後備急方
中醫古籍珍本集成 方書卷 太平惠民和劑局方
中醫古籍珍本集成 外傷科卷 傷科彙纂 上
中醫古籍珍本集成 外傷科卷 傷科彙纂 下
中醫古籍珍本集成 外傷科卷 瘡瘍經驗全書 上
中醫古籍珍本集成 外傷科卷 瘡瘍經驗全書 下
中醫古籍珍本集成 外傷科卷 洞天奧旨
中醫古籍珍本集成 針灸推拿卷 針灸大成 上
中醫古籍珍本集成 針灸推拿卷 針灸大成 中
中醫古籍珍本集成 針灸推拿卷 針灸大成 下
中醫古籍珍本集成 針灸推拿卷 針灸聚英 上
中醫古籍珍本集成 針灸推拿卷 針灸聚英 下
中醫古籍珍本集成 針灸推拿卷 備急針灸、灸法秘傳
中醫古籍珍本集成 針灸推拿卷 銅人腧穴針灸圖經
中醫古籍珍本集成 針灸推拿卷 釐正按摩要術
中醫古籍珍本集成 針灸推拿卷 推拿廣意
中醫古籍珍本集成 針灸推拿卷 續編 針經摘英集 扁鵲神應針灸玉龍經
中醫古籍珍本集成 針灸推拿卷 續編 14經發揮、太乙神針
中醫古籍珍本集成 醫案醫話醫論卷 醫學發明 客塵醫話
中醫古籍珍本集成 醫案醫話醫論卷 醫貫
中醫古籍珍本集成 醫案醫話醫論卷 壺中醫相論、壺中藥方便、百毒解
中醫古籍珍本集成 醫案醫話醫論卷 續編 芷園臆草存案、醫貫砭
中醫古籍珍本集成 兒科卷 嬰童百問 上
中醫古籍珍本集成 兒科卷 嬰童百問 下
中醫古籍珍本集成 兒科卷 幼科釋謎、顱囟經
中醫古籍珍本集成 兒科卷 麻科活人全書
中醫古籍珍本集成 兒科卷 小兒病源方論 幼科鐵鏡中醫古籍珍本集成 兒科卷 續編 幼科發揮、福幼編
中醫古籍珍本集成 兒科卷 續編 幼科要略、活幼心法
中醫古籍珍本集成 診斷卷 脈義簡摩 上
中醫古籍珍本集成 診斷卷 脈義簡摩 下
中醫古籍珍本集成 診斷卷 醫宗備要
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