2001年，震惊世界的911事件爆发，本来准备推迟复出的决定立马被改变，乔丹在事件发生后的数天内宣布复出，处于惊慌之中的美国民众仿佛看到拯救尘世的上帝一般，这时的美利坚合众国需要英雄，乔丹再次复出无疑刺激了陷入死寂的美国经济，为了声援受害者家属，乔丹将全部年薪100万美金捐出，此举一致获好评，随即，奇才队主场的季赛，所有关于奇才的比赛门票被抢购一空。
01-02赛季，乔丹回到了芝加哥，他把篮球生涯的一切都献给了这里，球馆上空的六面冠军旗织就是芝加哥最光辉的象征，是芝加哥公牛队雄霸全联盟数载的岁月见证，当他作为奇才球员站上这座球馆的地板时，等待乔丹的是长达五分钟的掌声和欢呼。
1999年，乔丹成为奇才队的小股东，当球队战绩混乱不堪，让他实为恼火，2001年，乔丹决定第三次复出，以刺激奇才惨淡的市场，因为联盟有着球队老板不能为球队打球的规定，乔丹和大股东作为口头协定，尽管最后老板食言，俩人不欢而散，在复出前的热身赛中，乔丹的股骨被阿泰斯特撞断两根，差点推迟了复出时间，好在最后相安无事。
他的弹跳不再像年轻时那样，随时可以让他起飞，但他的脚步还在， 他的速度不再像年轻时那样，随时可以让他加速，但他的意识还在， 他的力量不再像年轻时那样，随时可以让他爆发，但他的技巧还在，
奇才时期的乔丹防守已经没有年轻时那么迅猛，但当遇到诺维斯基，卡特，麦迪，科比，弗朗西斯等等这些年轻球员时，他总是打起十二分精神，谁也不敢小瞧他，不然就得付出代价。
在奇才时期，乔丹使用最多的就是背身单打，接球跳投，或者借助掩护下顺，用一对一来终结对方的次数没有年轻时那么多，他的体力已经不再支撑他去做那些疯狂的动作。
每当遇见科比，这个后辈总是对偶像非常认真，因为不想错开任何一个和偶像对位的机会，在数次对位中，积极的科比得到了收获，他在一次防守中盖掉偶像的后仰投篮。
2003年，这是乔丹最后一次全明星，其中的故事球迷都耳濡目染，科比在最后时刻破坏了乔丹的完美谢幕，最后让加内特捧起那座十分特别的FMVP奖杯，但乔丹并不在意，他欣赏这些后辈的昂扬斗志。
在奇才时期，乔丹因为膝盖积液导致其不能上场，因此乔丹在这个时期还打了替补，为队友鼓掌加油，传授经验，他放下联盟之王的身段，以一位球场老大哥的身份给后辈以支持。
2003年4月17日，乔丹迎来他职业生涯中最后一场比赛，当他以稳健的身姿被皮球罚进篮筐时，他对着观众席的球迷挥手致意，那位联盟最后的帝王，真的不会再回来了。
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