過濾器是水族箱的一個重要的組成部分，它的作用就是通過過濾器中的過濾材料，將水中的雜質、魚的排洩物、魚的分泌物、殘餌、水草的腐枝爛葉以及水中的有機物過濾掉，以此調節水的各項指標，維摶水族箱內的水質穩定，保持水族箱內的水質永久地清新、透徹，使水草、熱帶魚在水族箱中生活如同在野外的生態環境一樣。
過濾器由過濾槽、抽水泵和過濾材料組成。它的工作原理是通過抽水泵將水族箱內的水抽吸到過濾槽中，由過濾槽內的過濾材料進行過濾，過濾材料將水中的有害物質或雜質留在過濾槽內，經過過濾的水再回到水族箱中。這是最簡單的機械過濾過程，然而，要保持水族箱內的水質能長久地維持在最初狀態，只靠機械過濾是不夠的。過濾系統作用主要是三個：
1、物理過濾，濾材為過濾棉(粗/細)。
利用濾棉中的纖維把水中的不溶性雜質、廢物阻隔下來。物理過濾是過濾系統中必不可少的一個部分。濾棉常洗常換，能有效減少缸中有機 物的含量，進而減少硝化系統的負擔，再進而減少最終礦物質廢物的產出。忽視物理過濾的過濾配置方案，不客氣的說，是把魚缸當成化糞池了。
2、化學過濾，濾材為吸氨石、軟水樹脂、草泥丸、活性碳。
利用吸氨石、軟水樹脂、草泥丸等，通過化學的方法，去除可溶於水的有害物質，或調節PH值(酸鹼度)； 另外，活性碳運用在過濾中，雖然它起到物理的吸附作用，但針對的仍是溶於水的物質，所以在這裡，認為放在化學過濾這個部分更容易理解。
3、生物過濾，濾材為玻璃環、生化球、生化棉等。
運用玻璃環、生化球等濾材，提供硝化細菌良好的生長空間，利用硝化細菌的生物作用，把魚類、水草新陳代謝產生的有毒廢物轉化為無毒物質。這是保持水族箱水質穩定的最重要環節。
4、其他作用：比如過濾的水流還能起到沖刷清潔水草葉面、促進魚只遊動鍛鍊、防止水體溫度分層等，這些是屬於附帶的正面效應了。
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