《火影忍者》裡面有很多坑沒有填上，鳴人和佐助封印了輝夜之後就畫上了句號，感覺岸本有種故意提前結束的意思。但是恰恰是因為這些沒有天上的坑，才讓火影忍者就算結束了，還依然被影迷們議論紛紛，經常因為一些問題爭議不斷。比如大蛇丸為什麼要殺死三代火影，這就是一個非常有爭議性的問題，那麼這到底是為什麼呢？
大蛇丸殺死三代火影其實是岸本故意安排的，跟曉組織有很大的關係，對火影的劇情發展起到非常重大的推進作用。三代火影的死亡才引出了五代火影和自來也，並且奠定了卡卡西不可能死亡的主角地位，通過大蛇丸的行蹤引出了忍界第一組織——曉組織。
雖然三代火影死亡對火影忍者的劇情發展有很大的推動，但是就算是岸本自己也不可以隨隨便便就畫死一個超影級忍者。唯一和三代火影有恩怨的就是他的弟子大蛇丸，因此只能借大蛇丸之手殺掉三代火影，那大蛇丸是因為什麼原因非要殺死三代火影呢？
大蛇丸和自來也還有綱手是三代火影的弟子，都有成為四代火影的機會，在第三次忍界大戰的時候被山椒魚半藏稱為木葉三忍，回去之後自來也繼續尋找預言之子，綱手則去了其他的國家。大蛇丸玩是唯一一個留在木葉村的三忍之一，但是卻秘密的修行禁術，用木葉村的活人做實驗，被三代火影趕出木葉村，然後大蛇丸加入了曉組織。
大蛇丸加入曉組織之後不久，因為宇智波鼬的出現，大蛇丸一直想要獲得一雙寫輪眼，就和鼬大戰。大蛇丸被鼬打敗，並且鼬在不斷的追殺大蛇丸，因為鼬加入曉組織的另一個任務就是殺死大蛇丸。大蛇丸發現在曉組織已經待不下去了，就叛變曉組織，因此經常被曉組織的人追殺。
大蛇丸雖然很難被殺死，但是這並不代表殺不死。大蛇丸為了擺脫曉組織的追殺，因此他必須要向忍界證明自己的實力，然後大蛇丸聯合音忍殺死了四代風影，冒名頂替四代風影參加木葉村的中忍考試。大蛇丸準備了初代火影、二代火影、四代風影的屍體和三代火影大戰，最終三代火影死亡，曉組織減弱了對大蛇丸的追殺。
大蛇丸殺死三代火影最主要的原因就是為了給自己造勢，擺脫曉組織的追殺，讓曉組織知道自己的實力，並且將目光放到群龍無首的木葉村，在整個火影動漫上是促進了劇情的發展。有不少網友表示大蛇丸殺死三代火影的理由是：“忍者應該死在戰場上，大蛇丸殺死三代火影是不想三代火影老死”，簡直就是無恥，任何人都有沒有任何例有和權力奪走他人的生命，網友這樣說是對三代火影的侮辱。
三代火影對木葉村的貢獻很大，當時火之國的實力已經落後於其他幾個國家，三代火影死亡很可能造成其他國家的入侵，三代火影經歷了木葉村由強變弱和由弱變強的階段，對木葉村的感情非常深，最終卻被初代二代火影還有自己的弟子圍攻而死，實在是非常悲慘。
網友們認為大蛇丸為什麼非要殺死自己的老師呢？是因為內心變態還是曉組織追殺呢？
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