1905年，于右任、邵力子等原震旦公学学生脱离震旦，拥戴马相伯在吴淞创办复旦公学。校名撷取自《尚书大传 虞夏传》“卿云烂兮，纠缦缦兮；日月光华，旦复旦兮”两句中的“复旦”二字，本义是追求光明，寓含自主办学、复兴中华之意。马相伯、严复等先后担任校长。1913年李登辉开始担任校长，一直到1936年。
在他长达23年的校长任内，复旦发展成为一所以培养商科、经济、新闻、教育、土木等应用型人才闻名的、有特色的私立大学，形成了从中学到研究院的完整的办学体系。
复旦大学，简称“复旦”，位于中国上海，由中华人民共和国教育部直属，中央直管副部级建制，位列985工程、211工程、双一流A类。
1937年抗日战争爆发后，复旦部分师生在吴南轩校长带领下，辗转内迁重庆北碚。1941年增设了农学院。经国民政府行政院批准，1942年元旦复旦由私立改为国立，全称为国立复旦大学，吴南轩、章益先后出任校长。1946年夏，渝校迁回上海江湾原址，与沪校合并，学校的规模进一步扩大。
1949年6月，上海市接管复旦。任命张志让、陈望道担任校务委员会正副主任委员。1952年2月，中共复旦大学委员会成立，李正文任书记。1952年8月至9月，华东地区进行院系大调整，复旦大学成为人文社会和自然科学的全国重镇，奠定了后50年学科发展的基本格局和师资基础。
1954年，杨西光出任复旦大学党委书记。1956年复旦第一次党代会召开。五六十年代，杨西光、王零领导的学校党委支持校长陈望道狠抓教学质量，充分发挥老专家、老教授的作用，有计划、有重点地系统培养中青年骨干教师。期间，复旦的办学质量和办学条件都有瞩目的长足发展，形成了有特色的学科高原。1949—1966年，复旦培养的学生中有70余人日后当选为中国科学院或中国工程院院士，这个人数在全国高校中名列第三。
1977年，复旦大学恢复招收本科生，次年恢复招收研究生。1978年，苏步青出任校长，进行了一系列拨乱反正工作，同时倡导民主办校，推动思想解放运动。1983至2011年，谢希德、华中一、杨福家、王生洪、杨玉良先后出任校长，盛华、林克、钱冬生、程天权、秦绍德、朱之文先后出任党委书记。
1984年，复旦大学成立研究生院。同年，再次被国务院批准为国家重点建设的10所高校之一。1993年2月，复旦大学提出了“追求优质，争创一流，明确复旦作为高校国家队的坐标位置”的发展大计，并逐步确立“建设世界一流大学”的总体奋斗目标。
1994年，复旦大学通过由国家教育部组织的“211工程”部门预审，提出了在21世纪初期，将复旦大学建设成为高层次人才培养、高水平科学研究、高科技成果转让和高规格决策咨询的中心和基地，成为学术思想活跃、学科特色鲜明、综合实力雄厚、精神面貌健康奋发、与上海国际化大都市地位相称的、具有世界一流水平的综合大学的总体奋斗目标，为此后十年制定了发展蓝图。
1999年国家教育部、上海市政府签定共建复旦大学的协议，复旦成为“985工程”的首批建设高校。2000年4月27日，复旦大学与上海医科大学强强联合，成立新的复旦大学。
复旦师生谨记“博学而笃志，切问而近思”的校训，严守“文明、健康、团结、奋发”的校风，力行“刻苦、严谨、求实、创新”的学风，发扬“爱国奉献、学术独立、海纳百川、追求卓越”的复旦精神，以服务国家为己任，以培养人才为根本，以改革开放为动力，为实现中国梦作出新贡献。
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