《陽光燦爛的日子》後，姜文又開始了尋找故事之旅。他的很多劇本都是從音樂開始的，寫《陽光燦爛的日子》時，他一直在聽《鄉村騎士》，他自己說，一聽那音樂，彷彿就能聞到七十年代的味兒，心裡就翻騰上了。
這次，讓他翻騰的，是兩張CD，一張是日本軍歌，一張是劉星的專輯《一意孤行》。兩張CD帶來的激盪，誘發了他的創作靈感，他想起了最近看過的眾多小說中的一個，尤鳳偉的《生存》。
姜文在《生存》裡找到了他想要的故事。「我看中的就是《生存》中的這一點，一個本來沒有介入戰爭的村莊，突然來了一個日本兵和一個翻譯，他們怎樣互相面對？而由於這個翻譯的作用，本來善良的老百姓不能正確地認識對面的敵人，以至於自大、膨脹，使用了錯誤的手段。故事的這個核是我非常看好的。」但原著小說裡的軍民奮勇抵抗侵略，姜文並沒有採用，他走了另一條路。
「拍這部電影還有一個目的，就是改變一些抗戰題材的老片可能會給人，尤其是給日本觀眾造成的一些誤解。從歷史的角度來看，那些片子都是很好的，確實起到了教育人民、打擊敵人的作用。但這些電影也有一些問題。比如說，這些老電影被日本人拿到日本去放，並以此教育日本的年輕人說：你們看，中國的老百姓哪一個不是間諜，他們哪個不是不穿軍裝的軍人？既然他們“全民皆兵”，我們就可以對他們“全民殲滅”。於是，我們的這些老電影成了他們掩蓋當年屠殺中國平民的把柄。但事實上，那時候我們並沒有“全民皆兵”，那只是我們的一個理想。而我們現在拍電影，就再不能給日本人這種口實了。」
《生存》拍成電影后，定名《鬼子來了》。其實《鬼子來了》的精神之源，姜文很早就開始琢磨了，「我覺得一場災難的發生並不可怕，真正可怕的是災難過後我們不能深入地研究和總結這場災難的根源。正是這種想法，促使我一直想拍一箇中日間的故事。」
這次拍電影，姜文再也不用擔心投資的事了，「拍《陽光燦爛的日子》時，是我找投資，拍《鬼子來了》，就是投資找我了。」
1994年，王中磊，王中軍兩兄弟一起創辦了華誼兄弟廣告公司，1998年，轉型做電影，投錢拍的第一個片兒，就是《鬼子來了》。除了華誼，還有兩家公司一起投。
姜文這次把隊伍拉回了自己長大的地方，唐山。電影主場景選在了唐山遷西縣潘家口水庫，姜文花80多萬在水庫岸邊的山坡上造了一個村莊。姜文找了大量非專業演員，這些非專業演員在《鬼子來了》裡演了重要角色。
飾演主要角色花屋小三郎的日本演員香川照之第一次見姜文時，問了一個問題：「什麼時候開拍？」姜文答：「先得進行軍事訓練。然後從八月份起，一直幹到年底。」香川照之沉默了。
姜文還是老規矩，組織大家集體學習，一起閱讀文獻，一起看戰爭電影和紀錄片。組在密雲一個武警訓練基地進行了為期一週的軍訓。日程安排是這樣：
5：30 起床
5：40-7：00 早訓練 5公里徒步 最後衝刺
7：00-7：30 洗漱 整理床鋪 打掃衛生
7：30 早餐
8：30-10：00 隊列訓練
10：00-11：30 警察功夫訓練（民間形式 徒手格鬥）
12：00 午餐
12：30-13：00 洗浴
13：00-14：40 午睡
15：00-18：10 戰術動作訓練 匍匐前進 翻越障礙
18：30 晚餐
19：40-21：30 閱讀錄影資料 戰史書籍研究
21：30 就寢
軍訓結束後，劇組又組織大家進行了踩點、走場、聽陳強講戰鬥經驗、試裝、拍劇照、彩排等一系列活動。香川照之數次感慨：「這真是一個好厲害的國家啊，我們究竟什麼時候才能進入實拍？」
姜文拍完《鬼子來了》接受採訪時說：「很多人嫌我拍電影時間長，拍得慢。說句實在話，有時我真不願意把電影拍完，我就願意暈在這裡頭。剪接機最後搬走時我也不願意看，我心裡悵然若失。」
《鬼子來了》拍得確實慢。有一天下午，就拍了兩個鏡頭，用手趕走趴在馬大三脖子上的螞蟻。劇組人員抓來一堆螞蟻，為了不讓他們在脖子上亂爬，大家先把螞蟻裝在了瓶子裡，悶暈菜了再放出來。
本來已經夠慢了，還有人來幫忙減速。吳大維在《鬼子來了》客串了一個國民黨軍官，拍他那場戲時，他的詞兒提前沒背熟，現場拿不下來，助理導演在攝影機後邊給他舉了提詞紙，還是念不下來，因為不認識簡體字。
為了拍好電影最後馬大三被砍頭的那場戲，姜文專門從美國進口了一臺可以滾動的特殊攝影機，最終完成了那個氣貫唐山的頭顱主視角鏡頭。
姜文自己總結過：「拍電影就像打仗一樣，打仗的目的是贏，不會節約子彈和槍支。」
2000年5月21號，《鬼子來了》榮獲第53屆戛納國際電影節評委會大獎。評委會大獎是僅次於金棕櫚的第二名。
好事壞事，結伴而至。《鬼子來了》沒有經過廣電總局的審核，直接送到戛納參賽，被定為違規操作，再加上另一層最根本的原因，歷史立場不正，《鬼子來了》被禁止公映。
禁令從未正式宣佈過，但網上流傳過一份題為「第28號宣傳簡報」的文件，疑似出自廣局總局，裡面寫著「暫時中止姜文在中國國內從事所有電影、電視相關的活動」。
被禁的消息甚至傳回了《鬼子來了》的拍攝地，潘家口水庫。一個男孩洞悉一切，對前去採訪的記者說，「姜文沒有經過審查，就把電影拿去了外國，還獲了獎。所以他們禁了這部電影。」男孩說他還知道影片被審查的原因，「農民們沒有反抗。電影裡沒有紅軍，也沒有游擊隊。」
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