1、培養目標不同
A：學術學位研究生，簡稱學碩，以培養科研人才為主，職業目標為大學教師和科研機構研究人員，側重理論教育。學生畢業後可獲取學歷、學位雙證，社會認可度比較高，和專碩相比，學術型研究生理論知識充足，但時間和應用能力欠缺，動手能力相對較弱。
B：專業學位研究生，簡稱專碩，側重理論研究和實踐應用，最突出的特點是學實行和職業性相結合。主要培養在某個專業或某一行業領域具有堅實的專業理論基礎，同時具有解決問題的實踐能力且具有職業素質的高層次應用人才。一般獲得專碩學位的人往往從事比如工程師、會計、律師這一類以實踐為導向的工作。
2、培養方式不同
A：學碩側重基礎理論學習，學制一般為三年。專碩以實際應用為導向，以職業需求為目標，教學內容強調理論性與應用的結合。
B：此外，專碩突出案例分析和實踐研究，注重培養學生研究實際問題的意識和能力，學習過程中至少有半年時間的實踐環節，學制大多為2年。
3、招考條件不同
A：除了工商管理等專業之外，大多數學碩對報考者沒有工作經驗要求，這就意味著無論是應屆生還是往屆生都可以報考。
B：而專碩個別專業如公共管理碩士（MPA）等要求考生必須具備相關工作經驗。另外，對於跨專業，醫學類專業無論是敘說還是專碩一般不允許。
4、難易程度不同
A：一般而言，學碩專業一年的學費為8000—10000元。
B：專碩學費較高，一般為8000—15000元或更高。
如果三年制學碩與兩年制專碩相比，學費總額相差不大。最關鍵的是，專碩提前一年畢業，這樣不僅少花錢反而早早進入工作。兩者的時間和機會成本相差還是很大的。
5、難易程度不同
這一點表現最明顯的就是英語一與英語二的差別。僅僅從考試大綱上看，英語一比英語而的考查點多出好幾個。整體難度上，前者自然比後者大一些。因此，有寫高校特別是名校的專碩專業不考英語而而考英語一，對英語的要求還是比較高的。還有就是數學三與管理類聯考中的數學部分整體難度有有較大的差別。下面就以會計為例：會計學碩要考數學三，考試內容包括高數、線代和概率論，難度比較大；會計專碩的管理類聯考數學部分考試內容全是初高中數學知識，相對比較簡單。但隨著經濟教育等多方面的發展，學碩與專碩的培養方式以及含金量越來越對等。
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