一般來說，癲癇患者只要科學規範的對症用藥，將用藥劑量控制在最佳範圍內，大部分藥物的副作用發生率都比較低。但是，“是藥三分毒”，尤其是這種需要長期服用的藥物，有效控制病情的同時也有副作用，會對身體產生或大或小的危害。
長期服用抗癲癇藥物對於身體的危害最常見表現於對大腦神經系統的損傷。比如服藥後出現一些如眩暈、頭痛、疲倦、嗜睡、精神緊張等不良反應，嚴重的可能引起眼球震顫、共濟失調、複視等症狀。像有些藥物會直接影響患者的睡眠和情緒，引起失眠、焦慮、抑鬱等。或者可能出現認知方面的問題，特別是對於小兒癲癇患者來說，思維方式、智力發育等直接受到影響。
很多患者服用抗癲癇藥物後，由於血藥濃度過高可能會出現噁心嘔吐、食慾不振、腹部疼痛、站立不穩的反應，這是由於藥物對上消化系統造成的刺激。有些甚至會引起皮膚和口腔粘膜的改變，比如丙戊酸鈉長期服用會導致毛髮脫落，苯妥英鈉會造成牙齦出血、牙齦增生、皮膚粗糙的問題。像拉莫三嗪對於某些特異性體質來說，容易出現皮疹等過敏現象。
服用藥物直接改變了患者的血藥濃度，長期下來會對患者的血液循環有一定的影響。由於服用藥物後身體對葉酸的需求較大，卻無法得到正常供給，可能出現一些血液系統的併發症，比如再生障礙性貧血、低血壓、低白細胞、淋巴結腫大等疾病，也可能使患者的凝血機制出現障礙。
對於患有癲癇病的小兒患者和青少年患者來說，長期服用抗癲癇藥物會對骨骼的生長造成影響，容易出現低血鈣、小兒佝僂等症狀。對於中老年患者來說可能會引起骨質疏鬆，尤其是一些傳統的抗癲癇藥物影響更甚。
很多抗癲癇藥物長期服用會直接影響患者的體重，比如丙戊酸鈉、得理多會引起體重上升，託吡酯、唑尼沙胺反而會使體重下降。而且有些藥物對於女性患者來說，會影響生理週期、排卵週期，甚至增加受孕難度。對於男性來說可能會造成睪丸激素水平下降。
肝臟是人體重要的消化器官，藥物口服後需要經過肝臟系統的解毒、轉化，再傳輸到全身各個部位。所以肝臟的藥物濃度最高，最容易受到藥物或毒物的侵襲，嚴重的會出現肝硬化、慢性肝炎、肝萎縮等。而腎臟作為藥物的代謝和排洩器官，藥物中所含的激素長期下來會對腎臟功能造成傷害，所以患者在服用抗癲癇藥期間應定期檢查肝腎功能。
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