清朝末年，朝廷預備立憲。光緒三十年，清朝派出戴鴻慈等出使各國考察政治大臣赴日本、歐洲、美國考察政治。回國後，清朝改刑部為法部，法部設典獄司，主管全國獄政。光緒三十年之後，在京師法律學堂設監獄專修科，培養監獄專門人才，聘日本法學博士小河滋次郎任教授並草擬監獄律法 。
修訂法律大臣沈家本主張建立新式監獄，並與法部尚書戴鴻慈就監獄改良、建新式監獄的問題多次進行討論。法部尚書戴鴻慈奏設京師模範監獄，並通令各省一律籌辦新式監獄 。在此之前，中國部分省份的省城已經建立了模範監獄，比如湖北省、雲南省、奉天省的省模範監獄已經先行試辦。
法部在奏請建立京師模範監獄時稱：“京城設立新監獄尤模範中之模範，其規模不可不寬博，其教養不可不完全”、京城為“五方之薈萃”，“觀瞻範圍視省城為倍宏”。法部選定八旗鑲藍旗校練場為京師模範監獄的獄址，位置即南下窪姚家井 。
建設京師模範監獄計劃用銀19萬兩，於宣統二年4月開工。日本監獄學家小河滋次郎設計規劃了監獄的建築，工程由恆源、廣恆等10家公司承建。首期工程佔地為南北300米，東西270米，摺合123畝 。因辛亥革命爆發，清朝滅亡，該監獄草草完工。
民國元年5月28日，中華民國政府司法部派吳承仕接收該監獄，此時該監獄幼年監的一段牆已坍塌。整個工程已經付銀17萬兩，尚有28000多兩的缺口。監獄的甬道及獄吏的廁所等設施尚未建設。同年8月13日，派王元增籌辦，8月18日招考看守，11月10日監獄正式啟用 。
該監獄啟用之後，陸續進行了擴建工程。1914年，在東、中區的南部，增設了女監。女監建成後，開始收押女犯，女監監舍最多可容納150人。1916年，在北圍牆以外的附地和新購民地，擴建了新北監。1919年，新北監建成。到1919年，該監獄的格局基本定型。
該監獄自籌建以來，歷經11次更名，17次變更隸屬單位。 該監獄最早名為“京師模範監獄”。民國元年5月28日，司法部派員驗收，改稱“北京監獄”。1914年10月，北京監獄改稱“京師第一監獄”，仍隸屬司法部。1928年，京師第一監獄更名為“河北第一監獄”，隸屬河北高等法院。
1949年2月7日，該監獄被華北人民政府和北平市軍事管制委員會接收，同年4月14日更名為“華北第一監獄”。1949年12月，華北第一監獄更名為“北京市人民法院監獄”。1950年7月1日，移交北京市公安局管訓處管轄。1950年7月，更名為“北京市監獄”。1953年，該監獄被評為華北地區第一模範單位。
1994年11月8日，經司法部同意，位於姚家井的北京市監獄遷至原北京市收容所，地址為北京市大興區沐新路。原位於姚家井的舊監獄停用，隨後遭拆除。---【京師第一監獄，1917年。攝影：西德尼·戴維·甘博】
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