暗部由第二代火影千手扉间所建立的暗杀战术特殊部队，简称暗部，由火影直接指挥，这是当初二代火影千手扉间所建立的一个特殊的特务组织，之后其他忍者村也相继模仿，对忍界产生了深远的影响。
暗部虽然是一个特殊的组织，但是这个组织隶属于火影的名下，一切任务和机密行动都得听从火影的指挥，而后到了猿飞日斩当上火影之后，他因为心慈手软，最终坑害了木叶好几代火影。
当上猿飞日斩接任火影的位置之后，团藏就成为了暗部的首领，因为团藏是自己的好友，并且当初他的梦想也是火影，所以三代火影对于团藏有些许的愧疚之情，所以团藏的任何行动三代都不轻易过问，这就导致暗部的势力越来越大，几乎到了和火影持平的位置。
由于暗部的成员都是从村子里筛选出的优秀忍者，所以很多优秀的忍者都成为了团藏的手下，之后他们被团藏给洗脑，最终成为了团藏手中的一枚棋子，当暗部逐渐壮大之后，团藏的野心也随之增大，他甚至想要暗杀三代火影猿飞日斩，企图将他的火影位置夺过来，但是最终被三代火影给看穿，因为三代火影实在是太善良了，所以他并没有对团藏采取任何行动，这种做法无疑是助长了团藏嚣张的气势。
大蛇丸入侵木叶村之时，三代火影深陷苦战，当时团藏得知了这一消息之后并没有出手，他将大部分的精英忍者都按兵不动，最终三代火影在和大蛇丸的战斗中牺牲了，一直以来他的仁慈反而是害了自己，团藏根本就没有把三代火影当作是朋友，他的目标一直都是火影的位置。
三代火影死后，作为“三忍”之一的纲手接任了第五代火影的位置，而后她也被暗部的制度给坑坏了，纲手虽然是火影，但是她手中的权利并不大，三代火影死后，团藏更加肆意妄为了，大部分的精英忍者都被纳入到了他的名下。
当佩恩入侵木叶时，纲手带着仅有的几位部下苦苦奋战，最终查克拉消耗殆尽陷入到了昏迷的状态，而后当时的团藏则在暗中观察着木叶村的一举一动，他盼望着纲手能够尽快死去，这样的话自己就可以作为救世主拯救木叶村，火影的位置也就随之而来了。
除了将两位火影坑了之外，团藏还将宇智波一族的很多忍者都给坑坏了，当时宇智波一族出现了很多优秀的忍者，宇智波鼬以及宇智波止水都曾加入到木叶暗部当中，当时他们也是想为木叶村奉献出自己的一份力量，然而团藏却动起来了歪心思。
当时宇智波一族准备发动政变，在宇智波一族计划发动政变的前夕，止水计划用别天神阻止宇智波的政变，但在计划实施前被志村团藏偷袭，失去右眼，为了避免别人为了抢夺他的左眼而引发争斗，同时也为了帮助宇智波鼬开启万花筒写轮眼，他将眼睛和最强幻术“别天神”托付给鼬，最后跳下南贺河自尽而亡。
另外一位宇智波成员宇智波鼬也因为暗部的机制问题被坑了，当时三代火影想以和平谈判的方式解决宇智波政变，但是团藏却不同意，因为当时团藏的势力已经非常壮大了，三代火影的话对于团藏起不了任何作用。
最终志村团藏之后找到了宇智波鼬，以鼬的弟弟宇智波佐助的性命作为交换让宇智波鼬诛灭全族并对佐助保密，自己以叛忍的身份搜集对木叶不利的情报，为了保护村子防止其他国家趁虚而入，也是为了止水的意志和弟弟的性命，鼬在痛苦与煎熬中被迫接受了灭族任务。
如果说当初三代火影心狠一点，将暗部的权利转移到自己的手中，那么团藏根本就不敢这么肆意妄为，木叶也不会一次又一次陷入到危机当中，辛亏团藏在和佐助的战斗中死去了，不然的话第六代火影卡卡西以及第七代火影鸣人都很有可能在关键的时候被团藏给坑一把。