孔兴燮，字起吕，一字调五，号辅垣，孔子第六十六代嫡孙，生于明崇祯九年（1636）二月十一日。崇祯十七年（1644）以公世子身份授二品冠服，清顺治五年（1648）三月袭封衍圣公，当时年仅十三岁。孔兴燮早年丧父，由其母陶太夫人抚养长大，因此对母亲非常孝顺，遇事也是先咨询母亲后再定夺，他曾对人说：“人子当养母，吾今尚为母养也。”乾隆《曲阜县志·孔氏宗子》又记载其“蚤孤，生母陶夫人教育之。稍长，事母孝甚。袭爵时年甫十三，已凝重能自立，临事刚果有气识，尤日夜以继先人志。为念饬庙庭修礼乐诸颓废事，悉纲举而目张之，俾复旧制”。
随着孔氏族众人丁的繁衍增多，明代诸帝就曾专门要求衍圣公端肃族人管理。顺治六年（1649），清帝福临又专门勅谕新袭爵的衍圣公孔兴燮：
国家功成治定，必先重道崇儒。特于先师孔子聿隆象贤之典，其大宗之裔锡爵嗣封，承奉祀事。即支庶亦加优遇。但族属繁衍，贤愚不同。该府官员，恐有依恃公爵肆行无忌，慢上欺下，侵吞骚扰，大累地方。今朝纲整肃，法纪严明。尔其统摄宗姓，督率训励，申饬教规，使各恪守体度，无玷圣门。如有轻犯国典、不守家规、恃强越分、朋比非为，轻则径自察处，重则据实指名参奏，依律正罪。尔尤宜率族奉公，谨德修行，身立模范，禁约该管官员役，俾之一遵法纪，毋致骄横生事，庶不负朝廷优加盛典。尔其钦承之。（《孔府档案》0096卷）
顺治七年（1650）孔兴燮赴京朝觐，清帝福临赐宴于礼部，命礼部尚书李若琳伺陪，再赐天字号程羊酒一宗，晋孔兴燮太子少保衔。顺治八年，又晋少保兼太子太保，一举将衍圣公的加衔升至最高。同时，清廷对衍圣公的优礼也臻于至境，国家层面上因之制定了接待衍圣公的专门礼仪：顺治八年规定，衍圣公来朝，每日“给羊一、鹅二、酒六瓶、面二十斤、盐酱各二斤、黄蜡烛十枝、茶二斤”（《钦定大清会典则例·卷九十七》）。衍圣公来朝时，设宴于礼部，要由礼部尚书作陪：“凡衍圣公来朝，燕于礼部，以尚书陪燕。是日，设宾主席于后堂，东向，以南为上。博士席北向，以西为上。设香案于露台上，乃速宾。衍圣公入仪门降舆，尚书迎于堂檐下，揖，又旅揖博士。诣香案前，听赞行三跪九叩礼，毕。乃坐。光禄寺官奉茶酒馔，和声署作乐。燕毕，诣香案前谢，恩行一跪三叩礼。毕，送如迎仪。”（《钦定大清会典·卷五十七》）到了乾隆六年重定中和韶乐之时，更是对衍圣公来朝时的宴飨场所和用乐分别作出了具体规定：“衍圣公来朝赐燕于礼部，五魁舞，乐奏洙泗发源长之章。赐恩荣燕于礼部，奏启天门之章。鹰扬燕于兵部，奏和气洽之章。行乡饮酒礼于顺天府，庠歌鹿鸣，笙御制补南陔之章；门歌鱼丽，笙御制由庚之章，合乐关睢。”（ 《钦定大清会典·卷五十八》）
顺治八年夏四月，清世祖又遣右副都御史刘昌诣阙里祭告孔子：“朕惟治统缘道统而益隆，作君与作师而并重。先师孔子无其位而有其德，开来继往，历代帝王未有不率由之而能治天下者也。朕奉天明命，绍缵丕基。高山景行，每思彰明以光敷至教，而祀典未修曷以表敬事之诚，登嘉平之理？兹遣专官虔祀阙里，仪惟备物，诚乃居歆，伏惟格思，尚冀鉴飨。”《清史稿·职官志》记载，顺治九年九月，“世祖视学释奠，召衍圣公孔兴燮及四氏博士赴京陪祀观礼，自后以为常。十三年，依例授光禄大夫。”顺治九年清世祖视学礼成的次日，孔兴燮率诸圣贤后裔具表谢恩。同日，清世祖赐宴于礼部，并赏赐孔兴燮貂冠、朝服等物，并将各圣贤后裔送监读书，“嗣是历代举行以为常”（《清史稿·选举志·学校一》）。顺治十年（1653），清帝福临又下诏将临近曲阜的明代德、鲁两个藩王的旧藩地划拨给衍圣公府。同年，孔兴燮还重修了孔氏族谱。在历史上，孔氏宗子的重要职责除了奉祀先师、护卫林庙外，就是“收宗合族”，而篡修族谱无疑正是宗子收族的最好办法，并且，通过谱牒的续修，可以“详世系，联疏亲，厚伦谊，严冒紊，序昭穆，务遗忘”。衍圣公孔兴燮则站在儒学义理的角度上更认为：“世系详而渊源浃，可以作孝，合远为近，合散为聚。即分而千其人、百其人，胥以吾一人之心视之，可不谓仁焉。长长幼幼，弟也。为大宗为小宗，粲乎秩然，弗敢以冒越也。”（《孔府档案》第0790卷之一）顺治十三年，巡监御史王秉乾出银二千两，并动劝僚属，公捐重修孔庙奎文阁。十七年（1660），清世祖又行临雍释奠，再诏衍圣公孔兴燮率各博士、各氏子孙入京陪祀观礼。康熙二年（1663），分守东兖道参议张弘俊又倡募重修了奎文阁、圣迹殿、宋元碑亭、大中门、角楼等建筑。
孔兴燮能诗，工书画，曾修整篡定《世家宗谱》二十三卷。
清康熙六年（1667）十一月，孔兴燮病逝，时年三十二岁。清圣祖玄烨遣官致祭，葬仪及抚恤优礼一如前代之例。
孔兴燮承袭时间虽短，但多有建树，经过明末战乱，林庙建筑、祭器多有损毁，其努力经营，维修圣庙，刊订谱牒，整修礼乐祭器。所以孔继汾《阙里文献考·世系》论述说：“阙里经明季寇乱，礼乐不修，百事废坠，幸遇兴朝，重道尊师超越前古，而六十五代公感激新恩，竭力修复，功绪未竟旋即告终。公既承世爵，日夜以继志为事。凡祖庭之圮坏者、礼乐之残缺者、以及百事之颓废者，悉纲举而目张之，彬彬乎顿复旧制。”《清史稿·儒林列传》亦载其“事母甚孝，凝重有器识。饬庙庭，修礼乐，诸废悉举。”
孔府旧藏六十六代衍圣公孔兴燮衣冠像
孔兴燮元配冯氏，涿州人，明领少保兼太子太师、礼部尚书，清领中和殿大学士冯铨之女孙，明崇祯九年二月十六日生，清顺治十年二月二十日卒，行年十八岁；继配吕氏，宛平人，大宁都指挥使司指挥使冯茂勋之女孙、赠中宪大夫冯邦爝之女，明崇祯十一年八月初十日生，清康熙五十七年三月十六日卒，享年八十一岁。
孔兴燮二子：孔毓圻、孔毓埏。女三：长适吏部尚书奉天张士甄之长子、大理寺左评事张光镛，次适礼部尚书莱阳沙澄之次子、贵州都匀知府沙汝洛，三适山西分守冀宁道布政使司参议聊城刘元远之子、岁贡生刘铎。