1）基督教会首席之争
东西罗马帝国的教会由于地理、政治、尤其是文化传统方面的种种差异，逐渐在历史的沿革中形成了两派，这两派长期以来围绕着教会的最高统治权不断发生冲突，使双方的裂痕一次次加深，终于导致 1054 年双方彻底决裂。
从公元 325 年尼西亚主教公会议以后，东西两派之间的争执和仇恨，虽然表现形式不同，但一直围绕着一个中心问题，即“谁是基督教会的首脑？”451 年查尔西顿公会议提出，君士坦丁堡主教与罗马主教具有同等地位，对此，罗马教会拒绝接受。
长期以来，罗马教会自认为圣徒彼得所创，以正统地位自居，并提出“彼得优越论”来论证罗马主教是普世教会的当然领袖。482 年因《赫诺肯提谕》公案而导致“阿卡西乌分裂”， 东西方断绝往来达 36 年之久。6 世纪末罗马教皇格列高利一世取得罗马城的统治权，与世俗君主分庭抗礼，自尊为“上帝众仆之仆”，位在众主教之上。
726 年东罗马帝国皇帝利奥三世发动圣像破坏运动，罗马教皇坚决反对，并进而支持皇帝的敌人。为此，皇帝剥夺了罗马教皇对意大 利南部和西西里岛的管辖权，导致教皇与皇帝的决裂，转而寻求法兰克 人的支持。9 世纪西派教会伪造《伊西多尔教会集》，向东方教会提出种种要求。东西两派在“和子”句纠纷案中互相谴责，互相攻击，使矛盾更加尖锐。
君士坦丁受洗 337年
2）君士坦丁堡佛提乌牧首案
围绕着君士坦丁堡牧首问题，东西双方又展开了一场激烈混战。842 年年幼的拜占庭皇帝米歇尔三世（842—867 在位）即位，皇太后狄奥多 拉摄政。为摆脱母亲控制，长大后的皇帝于 858 年废黜了其母任命的君士坦丁堡牧首伊格纳提乌斯，任命平信徒佛提乌。为了使没有神品的佛提乌的牧首地位合法化，米歇尔三世写信邀请罗马教皇尼古拉一世派特使来参加宗教会议。861 年教皇使节带着教皇亲笔信参加了会议。教皇在信中再次强调罗马教皇在整个基督教会中的首脑地位，并以归还西西里等教区作为同意佛提乌担任君士坦丁堡牧首区牧首的合法性的条件。
会后，教皇发现拜占庭帝国根本无意交还西西里等教区，便于 863 年召开 罗马宗教会议进行报复，开除了佛提乌教籍，承认伊格纳提乌斯为君士坦丁堡牧首区牧首。东西双方互相玩弄权术，勾心斗角，翻云覆雨，使斗争越演越烈。
罗马帝国版图
3）新教区争夺案
为争夺摩拉维亚国和保加利亚国新教区的控制权，东西两派进行了 长期斗争，这一时期斗争也达到白热化程度。摩拉维亚国君主为抵制德 意志封建主和教会势力的侵入，希望得到拜占庭帝国的支持，拜占庭帝国对此求之不得。自从失去了安提阿、亚历山大里亚和耶路撒冷三大教区以后，拜占庭帝国试图向西面巴尔干半岛发展自己的势力。因此，863 年便派遣修道士西里尔和美多迪乌两兄弟前往传教，他们以希腊字母为基础，创造了斯拉夫字母，把传教书籍也译成斯拉夫文，对当时的传教事业和当地的斯拉夫文化的发展产生了深远影响。为此，德意志封建主于 870 年策动政变，推翻了摩拉维亚亲拜占庭君主，将拜占庭帝国的传教士关进监狱并继而驱逐出境，由德意志教会控制了摩拉维亚教会。这场争夺势力范围的斗争以西派胜利告终，随后双方为争夺保加利亚国又展开了激烈冲突。
拜占庭帝国利用“和亲”和武力两种手段，使保加利亚国承认拜占庭帝国的宗主权。当时的保加利亚国王波里斯也想利用基督教统一各部族，因此便下令全国皈依了基督教。但拜占庭帝国得寸进尺的要求，促使保加利亚国企图摆脱其控制。一直窥探事态发展的罗马教皇趁机开始了策反工作。
866 年波里斯国王为摆脱拜占庭帝国和东派教会的控制，决定承认罗马教皇在基督教会中享有至高无上的首席地位。君士坦丁堡牧首佛提乌（810—895）大怒，立刻指责罗马教会犯有 6 项异端罪行，如在《信经》中加入“和子”句，星期六斋戒、大斋期喝牛奶、吃奶油和 乳酪、要求神职人员独身，只准主教行使坚振礼等。867 年拜占庭帝国皇帝米歇尔三世在佛提乌鼓动下，召开君士坦丁堡宗教会议，开除罗马教皇尼古拉一世（858—867 在位）的教籍。868 年佛提乌被新任皇帝巴塞尔一世撤去牧首职务，伊格纳提乌斯（799—877）重任牧首。罗马教皇约翰八世要挟他将保加利亚教会划归罗马教会管辖，否则撤其牧首教职。伊格纳提乌斯在皇帝支持下断然拒绝，东西矛盾更加尖锐。
870 年教皇拒绝保加利亚国王波里斯提出的在保加利亚设置大主教座堂的要求， 使波里斯绝断与西派教会的往来，再次同拜占庭帝国恢复关系。877 年伊格纳提乌斯去世，佛提乌再任君士坦丁堡教会牧首。教皇乘机再次提出 对保加利亚教会的要求，遭到拜占庭皇帝和佛提乌的拒绝。因此罗马教会于 881 年再次诅咒佛提乌。884 年波里斯在君士坦丁堡教会中做修士的儿子西缅即位，把东派教会的组织制度在全国推广。东西两派几经较量， 终以东派胜利而告终。至此两派的裂痕已无法弥合。
963 年罗马教皇为德意志国王奥托一世加冕，称“神圣罗马帝国皇帝”，这引起东方的愤怒。拜占庭帝国一直自居为正统的罗马帝国，而罗马教皇竟然将日尔曼人的国家及其君主称为“神圣罗马帝国”及其皇 帝，这令东方忍无可忍，对此坚决拒绝承认。东西之间的刻骨仇恨终于 一步步迎来了两派教会的大分裂。
2-6世纪基督教异端分布图
4）最后的分裂
11 世纪，罗马教皇联合诺曼人和日尔曼人，并引诺曼人进入意大利南部，企图挤掉拜占庭帝国在这一地区的势力。于是任命罗马教会教士为意大利南部西西里岛主教，并怂恿诺曼人禁止该地东派教区行使希腊礼仪。君士坦丁堡牧首区牧首米歇尔·色路拉里乌斯（1043—1058 在职）大怒，一方面也往那里派遣主教与之对峙，下令拜占庭帝国境内所有行使拉丁礼仪的教会一律采用希腊礼仪；另一方面于 1053 年写信给罗马教皇利奥九世，谴责了罗马教会的种种异端罪行，如在圣餐中食用无酵饼、吃动物的血等等。教皇写信予以回击，指责君士坦丁堡牧首区牧首滥用 “普世牧首”称号和在拜占庭帝国境内对待西派所属教会的种种做法，再次强调罗马教会及其主教高于一切教会及其主教。
1054 年教皇利奥九世派霍姆伯特和洛林的弗里德里希二位使节携信前往君士坦丁堡，遭到米歇尔·色路拉里乌斯拒绝。于是，使节把绝罚色路拉里乌斯的“教皇通谕”放在索菲娅大教堂的圣坛上以示决裂。色路拉里乌斯即刻召开宗教会议予以反击，宣布罗马教皇及其使节是渎神的人，他们象野猪一样从黑暗的西方来到圣城诬蔑真理，并革除了利奥九世的教籍。至此，基督教东西两派终于正式彻底分裂。
1054 年东西教会的大分裂形成了基督教的两大派别：东正教和罗马公教。东部教会认为西方基督教自西罗马帝国灭亡后已受异族沾污，标榜自己的“正统性”，故称“东正教”，又由于东部教区采用希腊语言和礼仪，因而也称“希腊正教”。西部采用拉丁语言和拉丁礼仪的罗马拉丁教会则强调自己的“普世性”，因此自称为“罗马公教”，汉语译做“天主教”。天主教，东正教以及后来宗教改革中产生的基督新教（汉译基督教）并列为基督教的三大派别。