首先要说的是，koei对历代三国志系列的胜利条件设定都不一样。不过大体上来说，主要分成“消灭全部其他势力”和“统一全部城池”两种。
而因为达成胜利条件不同，所以“只剩下一个武将”时的情况也不太一样。
先说大家都最熟悉的《三国志11》
《三国志11》的胜利条件属于“消灭全部其他势力”这一种，所以在只剩下一个武将时，游戏中只存在该武将所属的势力，也就自动达成了胜利条件。
值得一提的是，这种“在国力较弱的时候取得达成胜利条件”的情况，反而会出现比较少见的“内政繁荣”结局。
接着说《三国志10》
《三国志10》的胜利条件是“统一全部城池”，因此当登场武将只剩一个人时，故事也不会结束，玩家依旧可以照常进行游戏。和正常的游戏流程几乎没有区别，只是酒馆的任务中不会再出现“与来访者单挑”，“舌战胜过XXX”这种任务。
由于没有其他武将，玩家可以慢慢享受这种仙人一般遗世独立的逍遥感，等到自己喜欢的时机再将剩下的空城各个击破就好。
再说《三国志7》
《三国志7》基本可以看成是《三国志10》的简化版前作，因此也和《三国志10》一样，采用的是“统一全部城池”胜利。因此在只剩下一个武将时，同样不会完结游戏。
不过由于《三国志7》的游戏内容并不像《三国志10》那样有“酒馆任务”、“在野外遇到盗贼”等丰富的内容，因此在只剩下一位武将时游戏会变得非常乏味，能够进行的也只有锻炼能力以及收购宝物。
最后说说《三国志4》
《三国志4》是三国志系列比较早起的作品，同样也走了“统一全部城池”的胜利路线。而《三国志4》和后期的很多作品不同，在《三国志4》中，没有被任命太守的城池将被视为不属于任何势力的空城。
而这种设定，意味着场上的武将减少到不足43人时，便绝对无法达成胜利条件。换言之，当在《三国志4》中只剩下一个武将的时候，玩家能做的就只有绝望的等待BAD END的到来而已。
其他的几代作品，我还没有达成过“只剩下一个武将”的情况，等有机会我去试一下，回来再补充答案。
至于题主所说的，“只剩下一个武将时发生剧情”的情况，一般来说如果是通用的剧情，游戏中一般会用预设的“事件人物”来保证情节的完成
文官、学者、护卫、士兵、武将、天文官这些角色，将作为顶替的剧情人物出现。
还有如果“最后两个武将同时去世”这个情况，这个情况比较特殊，因此koei也制作了相应的结局。
这个结局的出现条件是：
游戏中不存在任何势力。
或者
游戏中到350年仍未满足胜利条件。
系统会将游戏强制结束，直接进入《三国志11》的最坏结局。
还有如果在《三国志9》中只剩最后一个武将时会怎样？相国、大元帅等人的选择会怎么样？
经过测试，《三国志9》的胜利条件也是“击败所有其他势力”，因此当只剩下最后一个武将时会自动达成胜利条件。
当这样达成胜利之后，在结局选择时不会出现“相国、大元帅、西域都护以及继承人”四个选项，直接进去“大陆制霸or内政繁荣型”发展的选择。
而由于只剩一个武将，无论是选择“大陆制霸”还是“内政繁荣”，均无法满足“武将数5人以上”这一个最基本条件，所以无一例外会进入最坏的结局。
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