京都被冠以“御室”之名的仁和寺与日本皇室关系甚深。日本第五十八代光孝天皇为祈国泰民安发愿在大内山南麓兴建伽蓝，可惜在未完成前便驾崩，他的儿子宇多天皇继承了乃父遗志。西元888年寺院金堂落成，天皇将寺院命名为“仁和寺”。
创建寺院的宇多天皇在位十年后主动退位，其后出家并成为仁和寺的第一代住持，他在这里度过了余生中最后的三十年光阴。
自此以后，在仁和寺出家的皇室成员特别多，一直到明治维新之前，出家成为法亲王的皇室成员多达三十代。
日本佛教中原用“门迹”一词来指一门之法迹，继承祖师法统、统领一门徒众。宇多天皇因在此出家，仁和寺也就被称为“御门迹”，之后“门迹”一词便转指皇室出家后所住持的寺院。
拥有悠久历史和高寺格的仁和寺里收藏有代表各个时代的寺宝，首屈一指的是国宝阿弥陀三尊像。
当时寺院金堂竣工后，宇多天皇就以和父亲光孝天皇等身大小的阿弥陀三尊像作为寺院的本尊，三尊中间的阿弥陀像还是日本现存最早的手结定印的阿弥陀像。
此外还有一幅北宋输入日本的孔雀明王像，神秘华丽，也成为日本的国宝。佛像之外仁和寺还存有空海大师亲笔的《三十贴册子》以及在中国已完全散佚的《黄帝内太素》、《黄帝内经·明堂卷》第一、《新修本草》等极为珍贵的典籍。