在我们南京的历史上，许多水域都曾有过类似的水怪传闻，或见诸史册，或流传于民间。
南京北郊的燕子矶江面风高浪急，蜃蛟之说盛行。据《客座赘语》记载，明嘉靖年间，翰林院编修严讷使楚归来。船至燕子矶下，忽遇雷声四起，继而“江波大涌，喷沫蔽空，一龙曳尾自江而下，舟如箕荡，人皆股弁”，连博学多识的严讷也是见所未见，不禁叹为奇观。后人分析，这一带江面洲渚蒙密，巨浸泛滥，素多大蛇，有的长达数丈，燕子矶江中龙不过是人们在阴晦中对大蛇的误辨而已。
玄武湖是南京最大的湖泊，而六朝时的湖面面积是今天的三倍有余。据考证“南达鼓楼岗北麓，北至大红山下，西到今西流湾公园，东抵钟山西北麓”，且与秦淮河、长江均相通。《宋书·符瑞志》称南朝宋元嘉二十五年玄武湖曾两次出现黑龙，后来，当地的湖民还将其演绎成一段动人的传说：元嘉二十五年秋，金陵大旱，北湖（玄武湖）干涸，庄稼颗粒无收，管理农桑的大臣江左心急如焚，然也莫可如何。此时，宋文帝听信了奸臣石刮的谗言，准备将江左的女儿江玉投入湖心，祭祀北湖的湖神求雨。三天后，当江玉被押上祭台时，聪明的她却不慌不忙地对围观的皇帝和群臣说，湖神昨晚托梦于我，说他要的不是人，是玉，而且是“二石抬美玉，北湖把眼填”，必须要两个姓石的人亲自抬着美玉向他供奉才行。宋文帝觉得不妨一试，当即拿来一块美玉，让石刮父子抬到祭台上，一起将玉投入湖中。转眼间，阴云密布，雷电交加，一条黑龙从湖心蹿出，用龙爪接住美玉，飞至半空，然后将玉砸下。干涸的湖床上立即裂开了一道口子，顿时大水四溢，白浪滔天，同时淹死了石刮父子。因“玄”指黑色，宋文帝就把北湖改名为玄武湖，湖畔的覆舟山也改名为玄武山。
城西的乌龙潭，因东晋时期有乌龙戏水而得名，至于乌龙是何生物，一直无人说得清。宋代《景定建康志》曾经推测：“今（乌龙）潭近（玄武）湖，所疑（乌龙）即当时所见之处。”明万历年间，一日，南京词人俞彦与几位友人泛舟乌龙潭，“忽见潭南水面有物浮出，黑而长，可数尺，昂首望北而行，水辄坌涌、舟人惊呼之，遂没。”学者指出。上述的黑龙、乌龙，极有可能是中华鳄，即当今中国的珍稀物种——扬子鳄。
凡事有黑就有白，南京的水怪也不例外。明代文人周晖在《金陵琐事》中曾提到，他有个叫滕慕江的姻亲，幼年读书莫愁湖畔，夜半推窗玩月，突见一怪从窗外跳入，浑身上下，一团雪白，张开利爪要捉他。慕江胆大，挺身相搏，渐渐力倦，大叫。仆人们被惊醒，那怪见人多，纵入湖中，不见踪影。滕慕江受了惊吓，从此“习儒不成，习武不成”。
在老门西的颜料坊，有一条仅一人宽的巷子，唤作童子巷，这里曾流传过“水鬼”的故事。据《白下琐言》记载，晚清军机大臣何汝霖入仕前曾住在南京门西的下浮桥，并在小门口（在今荷花塘历史街区）汪家做过教书先生。一日执教夜归，天正下着蒙蒙细雨，四周一片昏暗。当他走进颜料坊的童子巷中，忽听背后呜呜有声，顿觉毛骨悚然。回头一看，只见“一物高二尺许，昏黑中莫辨其状，在地跳跃。稍让而呵之，其物顿奔跃于前。先生拍掌追之，是物屡蹶屡起，至下浮桥，滚向水中而没。”许多科学家认为，旧时所谓“水鬼”，应该是行踪诡秘，善于潜窟的水獭。