佛教在中国的发展到了隋唐两代达到成熟而进入八宗分立的辉煌时期。开元寺创建于唐武则天朝，到玄宗朝得到发展，许多佛教宗派大多有寺僧传布过。净土宗是以称念阿弥陀佛往生极乐世界为终极目的的宗派。
相传唐垂拱二年 “郡儒”黄守恭的桑园因有桑树开白莲花，献地予僧匡护建“莲花道场”，名“莲花寺”。桑树开白莲花的传说是为了说明其宗派的法力之高。莲花象征净土，说明莲花寺属于弘传净土信仰的道场。
而在当时流行弥勒净土、阿弥陀净土、琉璃净土等，至于莲花寺是否属于净土宗有待进一步探讨。据载：“极乐院在寺之西，宋淳熙间，高僧了性与其徒守净创是院，专祀西方大圣，故俗呼‘弥陀殿’。”说明宋代淳熙年间开元寺的下属极乐院属于净土宗。明崇祯年间，净土宗第九代祖师蕅益大师曾一度驻锡于开元寺中弘法 ；天台宗是以《法华经》为主要依据经典的宗派，开元寺于唐宣宗朝有天台宗僧人驻锡。
据记载可知，大中二年法华宗僧令言于开元寺西创支院“西罗汉院”居之，传《法华》、《上生》二经，“二经学者坋集其门”。天祐年间刺使王延彬于开元寺西北侧创支院，“居法师省权，以权善《法华》”，因名“新法华院”。 两宋此宗仍有流传。
据记载，开元寺僧释宗已“理教俱邃”。 释有朋，从宗已习法华等， 后改习禅宗。 可见从唐大中二年至宋代开元寺流行过天台宗；华严宗是唐武则天朝的法藏创立的以《华严经》为主要立宗依据经典的宗派。唐大中元年至六年间，华严宗僧莆田人行标法师一度驻锡于开元寺弘传华严宗；唯识宗创于玄奘，完成于窥基，以《成唯识论》为主要立宗依据的经典。
据记载，唐代寺僧叔端曾“出游吴越，遍习诸经。教海源底，靡不洞达。” 乾符年间归隐山中，因王延彬延请出山住开元寺清凉精舍。后来，晋江人释道昭从叔端“学上生、唯识，悉臻其奥”。
可见叔端的唯识宗理论功底之深。五代时，唯识宗僧道昭居罗汉阁，治“唯识学”，“号唯识大师”；律宗是传持戒律的宗派。
据记载，寺僧“宣壹，……教授四分、俱舍、涅槃。咸究通之，乃为二众依止，检身以律，皎如冰霜，一室晏如，惟清水杨枝而已。……闽副帅王審知奏置坛福唐，选师临坛，凡得戒者三千人。”可见，宣壹不仅是一位“检身以律”的律宗僧，而且长于律学，教授《四分律》，临坛传戒。
又据《泉州开元寺志》载：“释弘则，温陵（即今泉州市）人，……咸通三年受具上都‘兴善’，遂如‘荐福’，传总律师四分，……天祐二年王延彬为创院居之，名曰：‘建法’。使授毗尼，学者咸会……”。其弟子良苑，再传弟子洛彦、本敷等于律学研究方面“俱有声”。 泉州东律袒膊院的神僧袒膊和尚“世以律传”；密宗是由“开元三大士”的金刚智、善无畏和不空创立的修持密法的宗派。
据《泉州开元寺志》记载：“紫云大殿，唐垂拱二年僧匡护建，……玄宗改额‘开元’，仍赐佛像。后毁。乾宁四年，检校工部尚书王审珪重建，塑四像，中尊是先有御赐像。”
就是说，泉州开元寺大殿原先佛像仅供一尊，后因大殿遭毁，乾宁四年重建，除原先的佛像尚存外，又增塑四尊分列两旁，从而构成了“五方佛”。
而寺院供奉“五方佛”是密宗的规制。说明当时开元寺流行密宗。
泉州开元寺在宋代还雕造陀罗尼经幢。 佛顶尊胜陀罗尼经幢是密宗的产物。表明开元寺在宋代还流行密宗；禅宗是以参究的方法彻见心性本源为主旨的宗派。
禅宗分为南岳和青原两大系，自晚唐起又自立门派，形成沩仰宗、临济宗、曹洞宗、云门宗和法眼宗五家。
据记载，僧行瑫于本寺受业，后得法于雪峰义存。南唐保大末，开法于福州仙宗院。义存的再传弟子清豁构支院上方院以居，后移锡漳州保福院。行瑫和清豁都属于禅宗青原行思禅系。临济宗在宋代分黄龙与杨歧两派。黄龙派为慧南开创，曾出家于本寺的子琦为慧南的得法，先在蕲州开元寺传法 ，后移锡回闽，受请为泉州崇宁寺第一代住持。有朋为其法嗣。
宋元丰二年，泉州太守陈枢延请有朋居泉州开元寺尊胜院。杨歧派为方会禅师所创。至元二十三年秋，杨歧派的虎丘昭隆——破庵祖先一系的雪峰可湘禅师之徒妙恩受请为开山，“禅风远播，衲子竟集。复得契祖继之，垂四十年，“食常万指”。契祖“善说法语，浑然天成”。此后，这一系的禅师还有如炤在开元寺传法；曹洞宗为洞山良价与曹山本寂创立的。
明洪武三十一年，曹洞宗名僧正映禅师奉诏从南京移锡前来开元寺住持，“不数载寺为之中兴”。 曹洞宗中兴宗匠元贤于崇祯八年冬住泉州开元寺。 “开法紫云”， 四众云集。崇祯十五年再度移锡泉州开元寺。云门宗是雪峰义存的得法弟子文偃创立的。据寺志记载：“释有评，越天衣怀之嗣，主棲隐。”“棲隐禅院，……先皆甲乙住持。宋为州者改为十方禅院。自然、有评二禅师皆主是刹。”
前则引文中的“天衣怀”即“天衣义怀”。天衣义怀是云门宗僧雪窦重显的法嗣。 可见有评为云门宗僧。其后又有本州资寿院云门宗捷禅师的法嗣可遵主尊胜院。
说明开元寺在宋代曾一度流行云门宗。显然，开元寺在佛教八宗中除了三论宗、禅宗五家七派中除了沩仰宗、法眼宗是否有僧人弘法尚待探讨外，其他宗派都曾有僧人在寺弘传。真可谓各派名彦蜂至而纷立!