关于红崖天书的最早文字记载是在公元1500年前后,那时红崖天书被人们称为“红岩碑”。据《贵州图经新志》记载:“红岩山,在永宁州西北八十里,山间居民,其间洞中有铜鼓声,或岩上红光如火,则是年必有瘴。世传以为诸葛武侯驻兵息鼓之所。”据介绍,红崖天书的发现者并非地理学家,考古学家,或者探险者,而是一位古代诗人,明代的贵州籍文人邰元善,在游山玩水之余写了一首《红崖诗》,由此,“天书”被世人所知,史学家,考古学家,随之拥蜂而至。
因为当地有孔明塘、孟获屯、关索岭等与诸葛亮南征有关的传说和遗迹,有专家便把它说成是“诸葛武侯碑”。有人根据《华阳国志》记载诸葛亮为夷人所作图谱,认为红崖天书是诸葛亮教夷人所做图谱的遗迹。还有人从地理环境去考证,认为夏禹治水时引黑水入三危,治水成功之后刻石以纪念。这个“三危”就是红岩山,红岩上的石刻便是大禹功绩的遗迹。还有人从民族学着眼,认为红崖天书是少数民族的文字。也有人认为这不是什么文字,而是石头的自然花纹。
国恩认为建文帝在被燕王朱棣篡位之后,在轻信随从的保护下隐居于贵州的山谷之间,在躲避了数月之后,建文帝很想号召臣民支持他推翻朱棣,但苦于自己身单力孤,便想出了这么一个讨伐朱棣的檄文,让随从以金文的变体加上篆体、隶书、象形文字、草书以及图画的形式综中合成一种“杂体”,然后用皇帝诏书的形式写与红崖之上。