健康產業是日本最重要的支撐產業之一。日本的健康產業是預防、診斷、治療、康復等商品和服務行業的總稱，包括三大領域：醫藥行業、醫療保健系統、保健品和營養品。醫藥行業分為醫藥工業和醫藥商業兩大類，醫療保健系統分為醫院、診所、保險及由國家提供的社會福利，保健品分為特定保健用食品和營養機能食品。2014年日本健康服務市場結構如圖3-2所示。
早在1978年，日本從政府層面開始對國民健康加以管理。日本厚生勞動省首次推出國民健康運動計劃，重點是推廣健康體檢，增加保健護士、營養師人數等。每個城市都設有由政府出資建立的公立健康管理中心，和當地公立醫院及大學附屬醫院相互協作，為當地民眾提供全面的健康管理服務。1988年，厚生勞動省再次出臺確保老人健康體檢的機制，規範地區保健中心，培養健康運動指導師等。此外，日本還更加註重培養老百姓的運動習慣，制定運動指南，推進健身設施的建設等。2000年開始實施的第三次打造國民健康對策，頒發了“健康日本21計劃”。日本在2002年頒佈了《健康促進法》，旨在為推動國民健康提供法律依據。
日本是長壽國家，全民平均壽命88歲，除齊全的社會養老醫療設施、高質量的空氣、飲水及食物外，這更得益於政府對民眾健康的積極管理。世界衛生組織（WHO）在最新的報告World Health Report中，從“醫療水平”“接受醫療服務的難度”“醫藥費負擔公平性”等方面對世界各國的醫療體系進行了綜合比較。日本因為“高品質的醫療服務”“醫療負擔的平等程度”“國民平均壽命高”等，多年蟬聯第一。
日本的醫療技術在很多領域具有世界先進水平，救治率與信用度等方面的優勢十分明顯，特別是在早期腫瘤、腦、心血管、內分泌、消化道等專科體檢上更具有獨特的優勢。他們使用最新的超聲波圖像診斷裝置等測量血糖、內臟脂肪含量等，以便早期發現動脈硬化和代謝異常，他們還會對改善生活習慣進行具體指導。統計顯示，赴日本接受早期防癌檢查的中國人，有 9%檢測出早期癌症，超過 90%的人存在高血壓、高血脂、高血糖等重大疾病風險。
日本擁有全球第二大醫藥市場，在發酵工程、生物醫藥（尤其是基因工程和單克隆抗體製備）、生物環保、生物能源等多個生物技術產業領域均具有獨特優勢，在藥物發現、生物服務、醫療器械和功能食品等方面具有較強的科技實力和產業競爭力。
早在20世紀70年代，日本投資鉅額資金用於醫藥研發，起步階段以仿創藥為主，也就是Me-too藥，這是基於一些已知藥物的化學結構，進行一些化學成分的修改，形成新的分子結構，但不會影響藥理作用機制和靶向位點。日本政府從20世紀80年代起控制藥品價格，新藥上市後價格每年遞減5%左右，這對於製藥企業從事新藥研發是很大的推動力。新藥上市門檻較低，企業的研發成果很容易轉化為新藥上市贏利，這為製藥企業研發回報提供了強有力的政策保障。20 世紀 90 年代，日本完全開放藥品市場，在研發方面，日本企業小有建樹，更多的Me-too藥成功登陸歐美市場。21世紀，日本提出“生物技術產業立國”戰略。日本政府出臺了一系列政策用以激勵國內的創新藥物研發。
日本的醫療服務提供者主要為私營醫院與醫師。在日本，大約95%的診所（醫師辦公室）和80%的醫院是私營的，而享有盛譽的大型醫院則主要為公共教學型醫院。私人診所與私營醫院門診部實施初級醫療服務，其間競爭也相當激烈。同時，日本所有的醫院均為非營利性質的，禁止營利性醫院經營。
日本的醫療費用包括三部分：患者看病時個人交付的費用、國民的健康保險費、國家和地方政府的醫療補助。各地方政府在上一年醫療費總額中，減去政府的醫療補助和患者個人交付的部分，剩下的就是國民健康保險費。國民健康保險費根據每家和每位居民的收入分攤，收入不同，交付的國民健康保險費也不同。醫療費用總額不同，每人每年交付的保險費也不同。保險費包括僱主為僱員繳納的保險費（SHI）、投保者繳納的保險費，以及地方與中央政府補貼。
目前，日本醫療保險費率為工資收入的8%左右。醫院、診所經醫療保險組織審核批准，取得為被保險者提供醫療服務的資格。醫療機構定期將醫療結算清單送交醫療保險部門，並由其委託醫療費用支付基金會和國民健康保險團體聯合會（第三方機關）進行審查，在無資源浪費的情況下進行支付。
通過建立全民參保的國民健康保險制度，切斷了醫生和藥品供應商之間的利益鏈條，通過政府確定藥價，藥品製造和經營企業的利潤在一定限度內得到保障。在日本，醫生已經成為純粹的診療師，其行醫收入的主要手段就是通過實施診療、填寫診療卡，從而獲取相應的收入。日本政府為此採取的措施其實很簡單：將醫生劃入高級技術服務行業，大幅提高醫生的診療報酬。大幅提高診療報酬後，醫生的主要收入來源從藥品變成了醫術。醫術高超、具備服務精神的醫生，被患者預約的次數就會增多，收入也會隨之提高。醫生的收入、社會地位自此與其醫術形成正比。
日本還鼓勵建立私立醫院，由於人均壽命的延長，公立醫院的床位供給嚴重不足，20 世紀 70 年代以後湧現出大量社會的、私立的醫院，這些醫院提供了大量床位，後來許多被改造成療養性醫院，這是適應老齡化的衛生資源配置方式。日本應對老齡化而採取的措施之一是鼓勵社會各界建立專門為老年人服務的老年病醫院。將療養性住院與其他住院類型分開管理，這有利於集中管理老年慢性病患者，從而降低醫藥費用。 根據規定，日本國民和在日本居住一年以上的外國人都要加入國民健康保險，繳納一定數額的保險費，領取國民健康保險證。病人到醫院就醫，自己承擔 30%的醫療費，餘下的由醫院與就診者所在的地方政府結算。日本醫院或診所要經過保險組織審核，符合資格者才可提供醫療保險服務。
目前，日本有近百萬家醫院、診所為醫保患者提供服務，日本國民可持醫療保險卡到其中任意一家就診。 日本在健康醫療領域享有“全球壽命最長，醫療服務最優”的聲譽。有人說，美國人賺取生物醫藥和技術的錢，而日本人賺取醫療服務的錢。在很多人類生命健康的領域裡，日本不是技術原創的國家，卻能把這一技術經過研發轉化，並與製造業和服務業緊密融合成一個新興產業，加以推廣應用。
最近幾年，日本推出“醫療服務+度假旅遊”的休閒醫療計劃，旨在讓人們在日本度假休閒的同時享受日本的醫療服務。日本的旅遊醫療費用相對較高，但由於其先進的醫療技術、醫療設備、醫療體系和非常周到的服務，吸引了很多高收入者加入這一計劃。 日本的醫療器械產業具有很強的競爭力，早在20世紀90年代末日本醫療器械市場規模約佔全球市場的15%，目前下降到8%～9%，仍是僅次於美國的第二大單一國家市場。但由於市場高度成熟，增速相對緩慢，預計未來日本市場在全球市場中的佔比將繼續下降。日本和美國的醫療器械在衛生總費用中的佔比如圖3-3所示，日本藥品與醫療器械市場規模對比如圖3-4所示。
