經過與哥斯拉兩次的大戰，人類可以說已經深知靠自己的力量永遠無法戰勝哥斯拉，絕望、迷茫等情緒在人類中蔓延開來，男主晴生也已經放棄了對哥斯拉的“想法”，這時這三部最大的伏筆開始露出水面—艾克西夫（當年對抗哥斯拉的三大文明之一）。如果說這三大文明中，地球人依靠勇氣和戰略，畢魯薩魯多人依靠工程科技，那麼艾克西夫依靠的則是“神明”。
他們在人類中開始大肆傳播宗教信仰，顯然在目前的狀況下，絕大多數的人類都成為了艾克西夫文明的狂熱教徒。他們把一切的奇蹟與“偶然”，都歸結於是艾克西夫文明所信仰的神的功勞。而艾克西夫也深信不疑，哥斯拉將被他們的神所打敗。
已經無力的男主晴生，只能任由事態發展，但他也沒有真正的閒下來，而是跟土著地球人小A，發生了一段不可描述的事情。（這段劇情確實有且牽強，但是的確就發生了呢。）與此同時，艾克西夫正式開展了他們召喚神明的儀式，給每個人喝下了一碗不明液體之後，儀式開始，
金色之王—基多拉開始顯現於世。
在宇宙中人類種的飛船附近，憑空出現一個奇點，金色之王從中出現，但可怕的是，飛船上的感應裝置，在熱反應、電波、輻射等一切分析程序，全都發現不了基多拉的存在，唯一能發現它的，目前只有視覺。瞬間，宇宙飛船被滅，不發出一絲聲音。
緊接著，地球方面同樣發現了異常。現世之後的基多拉到達了地球，沉睡的哥斯拉也開始甦醒（第二部時對哥斯拉造成了一些傷害，導致它沉睡）本槓這段也是抱著看“怪獸大戰”的場面開始嗑瓜子，但是並不是回合制，基多拉對哥斯拉進行了單方面虐殺！因為哥斯拉根本觸碰不到它，而它卻可以對哥斯拉造成傷害，這種違反宇宙真理的現象也讓人類也陷入了恐慌。
當人類對基多拉毫無頭緒的時候，地球人得到了神的啟示，知道了基多拉是一種怎樣的存在。它的存在，並不是消滅地球的代言人哥斯拉那麼簡單（人類已經發現，哥斯拉已經完全變成了地球的主人，地球上的所有資源的發展，都是為了哥斯拉而服務。）而是吞噬一切！
想要阻止這場災難，唯一的突破口就是艾克西夫，晴生知道這點後，主角光環爆發，找到了艾克西夫。通過艾克西夫的對話，晴生知道了所有的一切，但已經被艾克西夫的“幻術”所控制。
艾克西夫的星球被基多拉毀滅後，倖存下來的人，成為了基多拉的代言人，並開始了宇宙中的漫長旅行，只為了找到像地球這樣的星球后，指引他們，並使其發展，然後這顆星球定會孕育出哥斯拉這樣的存在，艾克西夫稱之為“文明的果實”，當果實成熟之後，他們將召喚出虛空之王—基多拉將其“摘取”，為基多拉的壯大提供養料。而基多拉之所以從與虛空中可以干涉宇宙中的存在，是因為通過艾克西夫的眼睛，通過眼睛，可以準確的找到他要的東西，並在合適的情況下實體，虛體之前轉換。
之後就是喜聞樂見的情節，晴生脫離了控制，並弄瞎了艾克西夫的眼睛。失去了“能力”的基多拉，也被哥斯拉所打敗！
失去一切的人類，開始了與地球土著的原始快樂生活，小A也懷上了晴生的孩子，像這樣的“低級文明”，哥斯拉是不會干預的。
但醫生髮現了，納米城市留下來的物質，早已厭倦原始生活的醫生，顯然想通過它來重現文明。這一刻，男主晴生拯救世界的正義感再一次爆發，不顧小A的感受帶著這些物質，去哥斯拉大爺那領死（渣男！）全三部也到此結束。
文明有罪，原始無罪。哥斯拉三部曲，也就此結束，本槓之所以喜歡這部動漫，真的很大程度上是喜歡他對文明的一些想法，雖然表現手法不同，但本槓覺著與《三體》有很多相似且對立的地方！
