眾所周知，雲臺二十八將是東漢光武帝劉秀在平定亂世中立下赫赫戰功的開國元勳集團。他們在東漢開國時立下功勳，被漢明帝劉莊在南宮雲臺掛曆畫像祭祀，於是有了雲臺二十八將的說法。可在劉秀平定天下時，這二十八位名將也不是鐵板一塊，而是有著各自的派系和利益團體。因此這些將領之間並不團結，表面上都是協同作戰的名將，實際上暗中都在爭權奪利。這種情況也導致東漢初年政治動盪，叛亂頻發，民不聊生。其中最為典型的便是鄧奉起兵反叛劉秀，這是雲臺二十八將中兩大派系對立所導致的戰爭。
雲臺二十八將內部主要是兩個大的政治派系組成，分別為河北派和南陽派。河北派是劉秀在河北崛起時任用的將領，他們大多是河北的豪強門閥，或者是河北的官員。當時更始帝劉玄陷害了劉秀的哥哥劉演，逼迫劉秀交換兵權，讓他去河北撫兵。實際上這是更始帝劉玄和綠林軍將領的陰謀，想要藉助河北混戰的局勢除掉劉秀。劉秀到了河北後結交河北本地官員，受到河北豪強門閥的支持，並與真定王劉楊達成聯盟。然後劉秀整合河北豪強的勢力，重建自己的軍隊，平定河北亂局，在河北崛起，成為與更始政權分庭抗禮的存在。
由於河北豪強在劉秀崛起過程中功勞最大，所以東漢初年也擁有最大的政治勢力。而且當時劉秀立了真定王劉楊的外甥女郭聖通為皇后，讓郭聖通的兒子劉疆做太子，於是河北派在朝廷中擁有極強的話語權。雲臺二十八將中的，吳漢、耿弇、寇恂、景丹、蓋延、王梁、耿純、任光、李忠、邳彤、萬修、劉植等都是河北派的代言人。其中吳漢雖然是南陽新野人，卻在河北當官，又是劉秀整合河北豪強的重要幫手，所以在這之中話語權最強。後來劉莊立雲臺二十八將時，便將吳漢排在了第二位。
南陽派是劉演和劉秀兄弟起家的根本，是他們最早反動舂陵起義的支持者。這些都是南陽和中原的豪強門閥，在更始政權中有很大的勢力。劉演被劉玄暗殺後，南陽豪強分化。一部分跟了劉玄，陷入了更始政權的內鬥中。一部分支持劉秀，並千里迢迢的前往河北投奔劉秀。這其中最為重要的便是南陽鄧氏和陰氏，鄧氏的公子鄧晨是劉秀的姐夫，陰氏的陰麗華是劉秀的原配妻子。正是因為這兩家豪門的支持，劉玄才不敢在洛陽陷害劉秀，放其前往河北撫兵。劉秀在河北崛起時，南陽派的勢力並不大，但卻在中原有很大的資源。
這些家族都是中原根深蒂固的豪強門閥，從漢朝建立起就在中原經營，所以佔據了當地大量的資源，包括土地、人口、官員等等。劉秀在河北崛起後建立東漢，然後南下中原與更始政權爭奪，必須要獲得中原門閥的支持，而其中南陽豪強的影響力至關重要。所以劉秀在也很重用南陽派的官員，賦予了很大的權限，使其與河北派分庭抗禮。這些官員中以雲臺二十八將的鄧禹、朱祜、岑彭、劉隆、賈復、杜茂、陳俊、馬武、馬成等人為代表。後來起兵反叛劉秀的鄧奉也是南陽派的官員，是南陽鄧氏的子弟，他的叔叔是劉秀的姐夫鄧晨。
劉秀驅逐了更始政權派往河北的軍隊，正式建立東漢，樹立起了反對更始政權的大旗。於是他派軍隊南下進入中原作戰，與中原當地軍隊發生戰爭。中原當時掌握在更始政權手裡，很多中原豪強門閥都是支持更始帝劉玄的。所以河北軍隊進入中原後很不客氣，不但消滅了更始政權的軍隊，還劫掠這些支持更始政權的豪強門閥。而中原南陽極其附近的豪強門閥比較例外，他們是不支持劉玄，而是支持劉秀的，但也遭受到了河北軍隊的劫掠。於是引發了各種衝突，並引起了當地門閥支持下的大量叛亂。
對南陽門閥劫掠最為厲害的便是吳漢的軍隊，他與堅鐔、萬修率軍南下，目的是攻佔南陽及其所屬郡縣。這支軍隊連克宛城、涅陽、酈縣、穰城、新野等地，又在新野以南擊敗南郡的秦豐一部，可謂節節勝利。吳漢為了籌集糧草，便允許軍隊劫掠當地豪強門閥，搞得民怨沸騰，對新野的破壞尤其嚴重。正好南陽派的破虜將軍鄧奉回鄉探親，見此情景，不由得怒火中燒。他聚起宗族鄉民，反攻吳漢，奪回糧草輜重，並駐紮在淯陽城中，舉起了反叛劉秀的大旗。吳漢被鄧奉擊敗，被迫南撤，萬修病死軍中，堅鐔困守宛城。
然後鄧奉分兵出擊，驅逐了南陽境內的其它漢軍，控制了南陽大部分地區。然後又與中原起兵反抗河北軍的其它武裝聯合，與延岑的漢中軍、董訢的南陽軍、更始政權殘部和楚黎王秦豐建立了攻守同盟。他們盤踞在中原腹地，成為劉秀平定中原的一大障礙。劉秀又派徵南大將軍岑彭率領大軍南下，以圖平定鄧奉的叛亂。這支軍隊非常精銳，其中不少是雲臺二十八將中的名將，如朱祐、賈復、耿弇等人，可結果仍舊被鄧奉擊退。在劉秀擊敗西線的赤眉軍之前，鄧奉與漢軍纏鬥將近一年，多次擊敗漢軍名將，讓岑彭等人焦頭爛額。
後來劉秀平定了赤眉軍，率領主力圍攻南陽，才平定了鄧奉的叛亂。鄧奉戰敗後投降，親自到劉秀大營請罪。劉秀本來準備看在姐夫鄧晨的面子上饒恕鄧奉，卻受到岑彭和耿弇強烈反對。最後劉秀被迫處死了鄧奉，這才平息了軍隊中南陽派和河北派之間的爭端。
這個事情本質上是河北派為了消滅潛在政敵，利用戰爭機會打擊對手引發的政治鬥爭。在此之前，河北派的真定王劉楊意圖叛亂，被劉秀派人撲滅。劉秀為了平息河北派的反對意見，將真定王的外甥女郭聖通立為皇后，郭聖通之子劉疆立為太子。這個政治妥協讓河北派勢力大增，有著獨霸朝政的勢頭。
而當時初生的東漢朝廷中能與河北派抗衡的就是南陽派，可南陽派的勢力卻不如河北派。因為南陽派的根據地中原來在更始政權手中，東漢軍隊中南陽和中原軍隊較少，所以無法與河北軍隊抗衡。河北軍隊進入中原後到處劫掠，實際上是趁著戰爭的機會消滅南陽派的根基，使其無法與之抗衡。吳漢幹這種事情不是一次兩次了，在後來平定公孫述的蜀國時，他也在成都搞過這種事情。後來劉秀因此下詔斥責他，並剝奪他的兵權，讓他回南陽老家祭祖。由此看得出來劉秀對吳漢的打算是心知肚明的，逼他回老家也是讓他在河北和南陽兩派之間站隊。
就鄧奉的叛亂而言，吳漢代表了河北派的利益，所以對南陽及中原本地造成很大傷害。鄧奉作為南陽鄧氏子弟，在老家受到迫害時不反抗，那是說不過去的。如果他退卻了，中原百姓和可能放棄他們，那麼等於挖斷了南陽派的根基。南陽派沒有了中原豪強門閥的支持，那和西北派的散兵遊勇沒什麼區別，也就別在朝廷中與河北派爭鋒了。因此鄧奉的叛亂既是基於義憤，也是為了保住自家的根本利益。他的雖然失敗被殺，但卻團結了中原和南陽的豪強和百姓，也為後來南陽派發展壯大奠定了基礎。
南陽派在最後也默認了處死鄧奉的操作，這也是不得已而為之的選擇。畢竟當時漢軍剛剛平定中原，周邊地區如江淮、關中、隴右、蜀中的割據勢力還大量存在。此時正是河北派勢力最強的時候，不宜正面交鋒。南陽派退一步，劉秀再從中撮合，暫時平息了其中的矛盾。
而從東漢發展的趨勢來看，河北派這麼搞實屬不智。因為劉秀無論如何都會定都洛陽，中原和南陽門閥近水樓臺先得月。一旦戰爭結束，國家資源肯定會偏重於中原的郡縣，南陽派的勢力增強是必然的趨勢。後來南陽派利用度田制挑起政治風波，逼劉秀廢后換太子，便是最河北派最好的反擊。
