NCBI ：National Center for Biotechnology Information
美國國家生物技術信息中心
俗話說，民以食為天，而科研則以數據為天。NCBI包含的各類數據庫無疑是科研數據積累的寶藏。今天，小編就用一文帶你走進NCBI數據庫。本篇文章分為兩個部分，第一部分：入門，初識NCBI數據庫；第二部分：技能，瞭解NCBI常見的5種使用方法。一起來看看吧！
Part 1：初 識 NCBI
官方網址：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
NCBI 開發有 Genbank 等公共數據庫，提供 Pubmed 、BLAST 、Entrez 、OMIM 、 Taxonomy 等工具，可對國際分子數據庫和生物醫學文獻進行檢索和分析，並開發用於分析基因組數據和傳播生物醫學信息的軟件工具。
NCBI 還支持與推廣多種醫學及科技方面的數據庫，如：三維蛋白質結構的分子模型數據庫 （ MMDB） 、孟德爾人類遺傳（ OMIM ）等。
進入官方網址，可看到如下界面：
NCBI首頁
接下來，小編簡單介紹一下NCBI包含的部分數據庫，從而方便大家在構思研究思路時，能使用得當的數據庫進行查找相關數據。總體來說，可以分為六大類，如圖1、圖2所示：
圖1
圖2
具體介紹如下
文獻類
基因類
蛋白質類
基因組類
遺傳學
化學物質
Part2：NCBI的5種常見使用方法
一、查找基因序列、mRNA序列
進入NCBI 主頁，在 search 後面選擇 Gene，輸入需要查找的基因的名字，點擊search，查看結果。
以基因P53為例，搜索結果如圖：
點擊紅框部分，進入並下拉，可以看到大量的信息，如下圖：
二、用Probe查找已經公佈的引物序列
進入NCBI主頁，在下拉菜單選擇Probe之後填寫需要查找的基因名稱。
點擊search，出現下面界面：
點擊第一個鏈接，序列結果如下圖所示：
三、上傳數據到NCBI
NCBI對可提交的數據類型有詳細列表，不同類型的數據分別提交到不同的數據庫。
具體可查看：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/submit-sequence-data/
由於測序平臺應用在不同類型的項目長會有不同分析結果，所以分析數據的提交要根據測序項目類型來定。
1. 建立一個屬於自己的NCBI登錄賬戶，用以提交數據。
打開下方鏈接：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/
點擊圖中標註的“Register for a NCBI account”，進入到註冊頁面，如實填寫信息；
如何創建My NCBI賬戶，也可詳細見：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3842/#MyNCBI.Registering_with_My_NCBI
2. 為提交的數據申請BioProject和BioSample號。
一個BioProject代表一項測序研究項目，它可包含多次實驗（experiments）:
Step1：打開
https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/，點擊“BioProject”進入新建頁面；
Step2：點擊“New submission”，進行提交；
Step3：根據研究項目實際情況，填寫一系列信息，每填寫完一個步驟，都要點擊頁面下方的continue，保存已填寫的信息。點擊“submit”即可；
3. 在NCBI網站上登錄自己的賬戶，進入數據提交的Submit界面後，點擊相應的數據庫進行數據的提交。（
https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/）
四、如何用NCBI批量下載基因序列
1. 登入NCBI主界面，在下拉菜單裡選擇nucleotide，將基因的Accession number都排列在一起，用空格隔開，不要有回車符；
例如：NM_181571 NM_012319 NM_016651 NM_007678NM_004642 NM_145918 NM_024504 NM_014847 NM_004196 NM_002295：
填好後Search，然後會出現這樣一個界面：
2. 點擊上面的summary下拉標記，在Format選項中選擇FASTA；
點擊Apply，就會出現下一個界面：
3. 點擊右上角的Send下拉標記，選中CompleteRecord和File，然後在下面Format中選擇FASTA，Sort by不變（默認），最後點擊Create File保存數據即可；
五、如何用NCBI下載物種的全基因組序列
1. 打開NCBI，在下拉欄裡選擇Genome，之後輸入下載物種的拉丁名；
以擬南芥Arabidopsis thaliana為例：
搜索結果如下圖所示：
2. 點擊上圖的“GenomeAssembly and Annotation report”進入下面的界面：
一般來說，選擇level這一列中測序水平最高的一組就是黑色部分佔據面積最多的。
3. 點擊Assenbly這一列中的基因組編號，可進入全基因組下載界面；
4. 點擊該界面的右側，即可進行全基因組的下載；
參考資料
https://wenku.baidu.com/view/f86d817165ce0508763213df.html
https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9550410.html
https://mp.weixin.qq.com/s/7EPj0lJGz2gesnLK_k_oGg
