公元2世紀東、西方的兩位醫學巨匠張仲景和蓋倫【克勞迪亞斯-蓋倫】，傳承了不同的學術思想，創建了迥異的醫學範式，發展和完善了不同的理論體系，使中、西醫學各自走向了兩條完全不同的發展道路。
在漢代醫學家張仲景所著述的《傷寒雜病論》之前，就有《內經》、《難經》、《本草經》等古典醫藥典籍。張仲景總結了漢代以前的醫學成就，繼承了《內經》等基本理論和豐富的醫藥知識，結合自己的臨床實踐，寫成了《傷寒雜病論》。其貢獻在於確立了中醫學辨證論治的理論體系，為後世中醫臨床醫學的發展，奠定了堅實的基礎。
在西方，蓋倫的一生生活在羅馬帝國時安東尼父子的執政期。彼時，羅馬帝國的繁榮，為蓋倫的醫學成就、以及西方醫學的昌盛，提供了可靠的政治、經濟、科技和文化保證。蓋倫繼承希波克拉底的學術思想，著述200餘部著作，現存的83部著作中，內容涉及解剖、生理、病理、衛生、藥物、《希波克拉底文集》研究、哲學、語言學、邏輯學、數學、歷史、法律等。倡導實證醫學，他的科學方法論具有重視實驗、疾病局部定位思想、重視形式邏輯、強調演繹法等特點，對後世西醫學的發展影響深遠。
中、西醫學在張仲景和蓋倫完全相悖的醫學範式引導下，開始步入了分道揚鑣的歷史進程。在中華文化強調“中和”的大背景下，學術界便有了“海納百川”的寬鬆氣氛。出現了學術流派精彩分呈，如瘟病的寒溫之爭，經方時方之別等。中醫學按張仲景的思維範式，蓬蓬勃勃的發展起來了。隨著科學的進步和社會的發展特別是醫療實踐的發展，最初的中醫學理論已無法詮釋新的科學事實，因此，醫學理論必須不斷創新，才能適應社會需要，這就促使中醫學進入漢代以後，呈現出全面發展的階段，這個階段共包括四個時期：
魏晉隋唐時期由於重視總結臨床經驗，並繼承整理發揮《黃帝內經》、《傷寒雜病論》等經典醫著的理論，出現了眾多名醫名著。如晉代王叔和的《脈經》和皇甫謐的《針灸甲乙經》、隋代巢元方的《諸病源候論》、唐代孫思邈的《千金要方》和《千金翼方》。
宋金元時期我國經濟和科學技術日益發展，學術文化領域百家爭鳴，特別是思想家的革新精神，為中醫學理論的創新和突破性進展，提供了有利的文化背景。宋代陳無擇著《三因極一病證方論》一書，提出三因學說；併產生了最具盛名四大學派，劉完素倡導火熱論；張從正力倡“攻邪論”；李杲提出“內傷脾胃，百病由生”的理論；朱震亨創造性地闡明瞭相火的演變規律。
明清時期是中醫學理論綜合彙編、深化發展，臨床各科辨證體系豐富、提高階段。如明代樓英的《醫學綱目》和王肯堂的《證治準繩》，清代吳謙等編著的《醫宗金鑑》和陳夢雷主編的《古今圖書集成·醫部全錄》等。王清任著《醫林改錯》，注重實證研究，糾正了古醫籍中關於解剖知識的某些錯誤，肯定了“腦主思維”，發展了瘀血理論。溫病學說的形成和發展，標誌著中醫理論的創新與突破，吳有性著《溫疫論》，葉天士著《溫熱病篇》，吳鞠通著《溫病條辨》等，在藥物學研究方面，李時珍著的《本草綱目》，總結了16世紀以前我國藥物學研究的成就。
而西方醫學隨著西羅馬帝國的滅亡，逐漸進入了中世紀的千年黑暗，科學變成了神學的奴婢，牧師取代醫師。從13世紀開始，始漸復明，直到15世紀，衝破封建宗教藩籬，才得以迅速發展。達·芬奇開創現代解剖學，維薩里創立解剖生理學；1731年意大利摩爾幹尼創立了病理解剖學；1855年德國魏爾嘯創建了細胞病理學；與此同時西方科學方法論對醫學發展具有指導作用。以實驗為主的實證方法（觀察實驗和比較分析）、及對醫學研究中的“經院哲學”的徹底決裂、依靠各門自然科學所提供的技術手段和方法，培養了醫學家們的科學意識，賦予了醫學的自然科學屬性，使其擺脫了思辯推理的玄想而成就了生物醫學模式下的實驗科學。至此中醫學在實證醫學領域已無法於西醫同日而語。但中醫學相對於西醫學的優勢是從宏觀入手，注重整體，強調局部與局部、局部與整體之間的聯繫，重視辨證，主張“三因治宜”的個體化診療方略等。
