在周星馳主演的電影鹿鼎記2神龍教中，開篇就說了神龍教和平西王吳三桂關係密切，讓新任教主龍兒得到神龍教武功真傳後，上京去保護平西王世子吳應熊。龍兒才從宮中假扮太后回到神龍教總壇，她原本的任務是進宮偷四十二章經，找到四十二章經的秘密，來讓神龍教一統天下，稱霸武林。但由於有韋小寶在，任務失敗。雖然偷四十二章經的任務失敗，但不影響她接手教主之位，入血池得到上任老教主的武功真傳後，接到的第一個重任就是去保護吳三桂的兒子。由此看來，神龍教和吳三桂的關係是非常親密的。
神龍教保護吳三桂兒子吳應熊，是希望輔佐平西王吳三桂起兵造反，奪得天下，跟著一起享受榮華富貴。而吳三桂之所跟神龍教有密切的關係，因為神龍教教主武功高強，教眾頗多，在江湖上能辦到事。所以他們的合作，是相互相互利用。教主龍兒在保護吳應熊的過程中可謂是盡忠職守，竭盡所能。吳應熊武功平凡，所以每次遇到為難，都是龍兒替他出手解決。
在當保鏢的過程中，龍兒也是立了不少大功，在吳應熊被獨臂神尼擄走後，也是龍兒竭力營救，才讓吳應熊得以成功逃脫。
但是，好景不長。不知道是吳三桂真的覺得神龍教居功自傲或者說武功太高，不好控制，還是吳應熊想得到神龍教教主的八成功力，最終決定要剷除神龍教。他們在賞賜御酒的時候，用了天下最厲害的毒，無色無味的“奇淫合歡散”，此種毒喝了過後必須與男子交合才能解毒，否則就會全身潰爛而死，即使與男子交合解了毒，教主的八成的功力即將傳授給男子，從此變成一個功夫平平的人。這一招計謀非常毒辣，不是武林高手，一般想不到，如果用一般的毒藥，神龍教主是有素女功的，基本上是百毒不侵，只有這種毒藥，才能破她神功。用這一招不但想要滅掉神龍教，還要想得到神龍教教主的功力。
為了爭奪神龍教教主龍兒的這八成功力，吳應熊和馮錫範還爭搶了一番。
危急關頭，是韋小寶救了龍兒，韋小寶就得到了她身上的八成功力，直接晉升成武林高手。龍兒從此就從絕頂高手變成了普通人。雖然龍兒是獲救了，但是神龍教總壇已經遭到吳應熊帶兵血洗，並且還有馮錫範這種高手參與，神龍教眾全軍覆沒。即使神龍教主龍兒還沒有死，一是因為功力少了八成，基本就是個普通人，不能再重整神龍教雄風；二是從此龍兒已經委身於韋小寶，再也沒有了神龍教主的威嚴，甘願做一個賢妻良母。
經過這一役，神龍教從此消亡，而滅掉他們的，恰恰是他們一直以來輔佐的平西王吳三桂。在消滅神龍教的過程中，所用的手段也是非常惡毒的。神龍教這個曾經在江湖山風光一時的門派，就這樣消失了。
