即使清朝充滿了內憂和外患，左宗棠也能夠收回新疆地區，這是非常不容易的。可以說，這是左宗棠克服重重艱難險阻，抵抗住朝廷和內外反對勢力的進攻後，最終完成的偉大壯舉。而這一壯舉，其意義十分重大，對後世的影響十分明顯。那麼，左宗棠收復新疆有什麼重大的意義呢？
一是維護國家統一。
當時，清政府在抗擊列強的過程中，不斷地割地賠償，已經淪為半封建半殖民國家了。
但是，雖然清政府的領土不完整，但是當時還是能夠維持國家的統一。
經過十多年聲勢浩大的太平天國運動，最終還是被清政府消滅了，國家統一得以維持。後來，西北地區變得更加活躍，捻軍起義不僅爆發了，還爆發了回族暴亂。然後，就連阿古柏攛掇新疆部分人也獨立了。
之後在左宗棠的帶領下，清軍在平息捻軍和回族叛亂的情況下，打敗了阿古巴，一鼓作氣，收復了新疆。再一次維護了國家的統一，使清朝殘破，但沒有進入分裂的局面。
其次，它增強了執政者的信心。
當一個王朝進入晚期，都會有大規模的農民起義爆發。當農民起義爆發時，各地的王公貴族都會以鎮壓農民起義為理由，招募人才，擁兵自重。因此，在這個時候，國家將變成異常混亂。然後，為了爭奪權力，來自全國各地的諸侯們將會互相殘殺。這種殺戮通常持續數十年甚至數百年。例如，晚秦經歷了幾年，三國經歷了四十年，五代經歷了半個世紀。西晉之後，東晉和南北朝的混亂時期也經歷了數百年。
然而，清代的情況有所不同。在經歷了太平天國、捻軍、回民等農民起義後，事實上，在整個清朝，幾乎諸侯們搞擁兵自立的情況。無論是曾國藩、李鴻章還是左宗棠，他們都沒有擁兵自立。整個國家仍然是一個統一團結在一起的國家。
而阿古柏算是邊境地區擁兵自立的。雖然阿古柏那個時候並不能說完全是清朝人，但他領導下的大多數部下都來自清朝境內的。因此，也算得上是新疆這個地區在鬧獨立。
左宗棠率領清軍打敗了阿古柏，迫使他自殺，從而恢復了新疆。這切斷了唯一想要“擁兵自立”的勢力了。可以說，左宗棠這樣做，很好地讓清政府堅定了執政的信心，使清政府和全國人民瞭解到，儘管清政府在當時不斷受到列強的欺凌，但仍然對控制整個國家很有能力和信心。
第三，抑制了民族分裂。
新疆阿古柏的叛亂，是當時民族分裂勢力的一個活躍的表現。
一個國家的民族分裂分子，經常以維護民族利益為旗幟，煽動民族情緒，煽動民族騷亂，達到他的目的。
一方面，清末正是民族分裂主義在世界範圍內興起的時期。另一方面，由於滿族政府作為滿族人進入中原統治國家，最終把中國治理的很差，因此民族情緒不僅出現在邊疆少數民族那裡，就連漢族人也出現這種民族情緒。
事實上，當時，不僅以阿古柏為代表的塔吉克族在鬧他們所謂的“民族獨立”，而且包括蒙古在內的許多民族由於清朝控制力的弱化也開始蔓延了這種情緒。
民族分離主義者往往是得到外國勢力的大力支持的。當時，阿古柏就是得到大英帝國的積極支持。而沙俄也以清政府不能控制民族分離主義勢力為理由，派出軍隊佔領了清朝的伊犁，並表示是為了幫助清朝控制阿古柏，而實際上只是為了佔領清朝領土。
所以，左宗棠馬上採取積極行動，堅決打擊阿古柏等分裂勢力，收復新疆，讓新疆重新進入中國的懷抱。這強而有力地回答了國內外民族分裂分子的問題，不要試圖利用列強入侵中國的時候，做一些小動作。這樣做是沒有好結果的。
左宗棠收復新疆後，在新疆建立“省”，新疆從此保持了良好的穩定。左宗棠帶來了這種福廕，可以說它一直庇護到今天。
