實驗原理
現在較常用的質粒提取方法有三種:鹼裂解法、煮沸法和去汙劑裂解法，前兩種方法較為劇烈，適用於較小的質粒（＜15Kb），而去汙劑裂解法則比較溫合，一般用於分子量較大的質粒（＞15Kb）。
鹼裂解法是一種最廣泛使用的製備質粒DNA的方法。其原理為：染色體DNA遠大於質粒DNA，且染色體DNA為線狀分子，而質粒為共價閉合環狀分子。當pH值為 12.0-12.6，鹼性環境中，線性的大分子的染色體DNA完全變性且無法復性，而共價閉環質粒DNA在將PH調至中性後即可恢復其天然構象；在高鹽濃度存在的條件下，染色體DNA和蛋白質在去汙劑SDS的作用下形成沉澱，而質粒DNA為可溶狀態，通過離心可除去大部分細胞碎片、染色體DNA、RNA及蛋白質，質粒DNA仍在上清中。殘留的雜質可以通過酚氯仿處理掉。
實驗過程
1、實驗試劑
（1）溶液Ⅰ 50mMl 葡萄糖 / 10mMl EDTA / 25mMl Tris-HCl,pH=8.0；
（2）溶液Ⅱ 0.2Ml NaOH / 1% SDS；
（3）溶液Ⅲ 3Ml 醋酸鉀 / 2Ml 醋酸；
（4）異丙醇，無水乙醇，75%乙醇應放-20℃冰箱預冷備用；
酚氯仿放4℃冰箱預存；
（5）搖菌，2-3ml相應抗性的LB培養液，在37℃溫度下過夜培養。
2、質粒提取
（1）菌液12000rcf離心5min，棄掉上清，加入0.2ml溶液I（已加入RNase），充分混勻後，加入0.25ml溶液II，顛倒混勻，室溫放置5min，加入0.4ml 溶液III，顛倒混勻後，13000rcf 離心30min。
（2）上清轉入新的1.5mlEP管中，加入等體積的酚氯仿混合液，充分混勻。10000rcf 離心10min。
（3）取上清，轉入新的EP管，加入等體積、預冷的異丙醇，充分混勻後，13000rcf 離心 6min。
（4）倒掉上清液，用1ml預冷的75%乙醇，顛倒後，13000rcf 離心 1min。
（5）倒掉上清液，沿壁加入1ml預冷的75%乙醇，直接倒掉。
（6）沿壁加入1ml預冷的乙醇，直接倒掉。倒扣5min後，室溫下放置10min。
待管內液體會發乾淨後，向管內加入100ul水，55℃孵育5min。
（7）所得質粒溶液可以放入-20℃中長期保存。
注意事項
1、若菌株為革蘭氏陽性菌，該菌有一層細胞壁，必須加入溶菌酶才能使之溶解。
2、搖床速度不宜過高。達到OD600 1.5即可。
3、溶液I加入RNase後需要放在4℃中保存，以防酶失活。
4、溶液II和溶液III使用前需注意觀察是否有沉澱，如有沉澱可37℃水浴處理。
5、溶液II處理菌體時間應控制在5分鐘以內。
常見問題及解決方法
常見問題
原因
解決辦法
質粒濃度低
溶液處理不充分
增加溶液I/II/III的加入量，或降低菌液體積。
質粒拷貝數低
增加搖菌量，並降低最後的溶解體積
菌體老化
重新質粒轉化或劃線後挑取單克隆搖菌
乙醇殘留
乙醇的存在會影響質粒的溶解和回收，須延長乙醇揮發時間
洗脫液不合適
可配置合適的EB(10mM Tris-HCl, 1mMEDTA，pH8.5）
洗脫體積較小
在保證質粒濃度的前提下，增加洗脫液的體積
質粒有雜帶
菌液汙染
重新質粒轉化或劃線後挑取單克隆搖菌
試劑汙染
質粒提取溶液重新配置，最後溶解液高壓滅菌後使用
