4月16日，美國國務卿蓬佩奧要求中國"坦白"病毒來源，此前美國有報道稱，冠狀病毒起源於一箇中國的一個實驗室，但不是作為生物武器，而是中國科學家作為證明識別新出現的病毒實驗的一部分。
此前，美國總統特朗普週三表示，美國正試圖確定冠狀病毒是否是在武漢病毒學研究所實驗室用蝙蝠進行實驗時首次意外感染人類。聲稱"零號病人"就在武漢實驗室工作，下班後將病毒傳播到當地人群中。
武漢病毒實驗室是中國唯一的生物安全四級（BSL-4）設施，長期以來一直受到懷疑，然而，對該實驗室的懷疑很快被一些人駁斥為"陰謀論"，他們堅持認為，像中國科學界解釋的那樣，野生動物市場是武漢病毒爆發的源頭。
世衛組織說，在2019年12月底和2020年1月初的最初病例中，很大一部分與武漢市的華南海鮮批發市場有直接聯繫，那裡出售的是海鮮、野生和養殖動物品種，但也承認疫情的確切來源尚未確定。
世衛組織說，從統計上看："最初的病人中，很多要麼是攤主，要麼是市場員工，要麼是這個市場的常客。2019年12月從該市場採集的環境樣本檢測出SARS-CoV-2呈陽性，進一步表明武漢市的市場是此次疫情的源頭，或在疫情的最初放大過程中發揮了作用。"
據美國《華盛頓郵報》3日報道，2018年初，美國駐北京大使館曾向華盛頓發出兩次正式警告，稱武漢實驗室安全性不足，包括正在對蝙蝠冠狀病毒家族病原體進行風險研究。這些電報警告了實驗室的安全和管理缺陷，並提議提供更多的國際援助。
武漢實驗室最初是在法國和美國政府的幫助下建立的。武漢實驗室的負責人此前駁斥了任何有關該病毒從該實驗室出現的指控，稱其為毫無根據的陰謀論。
美軍參謀長聯席會議主席米利將軍在被問及是否有證據表明冠狀病毒可能是在中國的一個實驗室裡研發的時說，他說，我們對這件事有著濃厚的興趣，而且我們有很多情報部門對此進行了認真研究，我只想說，在這一點上，這是不確定的，雖然證據的重量似乎表明自然。但我們不能確定
其他頂級專家堅持認為，無論真相通向何方，都需要追尋它。加州大學伯克利分校信息學院（University of California at Berkeley）研究科學家肖強在接受採訪時說："我不認為這是陰謀論。我認為這是一個需要調查和回答的合理問題。準確地理解這一現象是如何產生的，是防止未來發生這種情況的關鍵知識。"
美國國務院在2018年警告說，武漢實驗室檢測蝙蝠冠狀病毒的安全措施不力，有可能引發"新的非典樣大流行"，新的外交電報顯示，美國國務院兩年前在武漢研究實驗室對蝙蝠等動物體內冠狀病毒的安全問題表示擔憂。
2018年1月至3月，駐武漢總領事福斯和北京大使館環境、科技、衛生參贊斯威策（Rick Switzer）率領美國代表團多次訪問武漢四級生物安全實驗室。
他們對缺乏安全規程和實驗室對蝙蝠等動物冠狀病毒研究的生物安全性表示擔憂，並警告說，如果不採取警戒措施，實驗室的研究可能引發類似SARS的疫情。他們向華盛頓發回了兩封"敏感但未保密的電報"，要求協助實驗室加強安全措施。
2018年1月19日的一份電報說，在與WIV實驗室的科學家互動期間，他們注意到，新實驗室嚴重缺乏經過適當培訓的技術人員和調查人員，他們需要這些技術人員和調查人員才能安全地操作這個高度封閉的實驗室。WIV在工作中得到了德克薩斯大學醫學分院加爾維斯頓國家實驗室和其他美國組織的幫助。
政府機構美國國家衛生研究所也向WIV提供了370萬美元的研究經費，用於雲南洞穴中的蝙蝠進行研究。英國《每日郵報》上週末披露，科學家已經追蹤到了COVID-19基因在雲南的序列。
武漢病毒學研究所此前曾發表研究報告，對2002年爆發的感染了8000人的非典疫情中被認為傳播給人類的蝙蝠群進行定位。該實驗室也是第一個在二月份報告COVID-19來自蝙蝠的實驗室。
