太守逮捕，並快馬奏報朝廷，但二府怯懦畏懼，不敢查辦此事，梁冀從這件事後對種暠心懷憤怒。正好碰到巴郡人服直聚集黨徒數百人，自稱“天王”，種暠與太守應承率兵前去征討，沒有攻克他們，而許多官吏、士卒卻被傷害，梁冀因為這件事誣陷他，傳詔逮捕種暠、應承。太尉李固上疏援救，說：“臣聽說征討盜賊所受傷害，本來不是種暠、應承的責任，實在是由於縣吏畏懼法律，害怕犯罪、壓迫，驅趕太深太苦，然後招致這不祥的報應。等到盜賊相聚起來，就此起彼伏處處不絕了。種暠、應承因為首先舉報大奸大惡人而緊跟著受罪，臣擔心這樣會阻礙和挫傷州縣官吏的揭發檢舉的心意，會使他們互相掩飾、隱瞞，不再對朝廷盡心盡意了。”梁太后閱後採納了李固的奏請，就赦了種暠、應承的罪，僅僅免官而已。
後來涼州羌人發生動亂，朝廷就派種暠為涼州刺史，深得百姓的歡心。當種暠又被朝廷徵用調遷時，官吏百姓投書朝廷請求挽留他，梁太后感嘆道：“我還沒聽說過刺史像這樣得人心的。”於是准許了涼州官吏百姓的請求。種暠又留任一年之後，遷任漢陽太守，梁州戎夷男男女女相送到漢陽地界，種暠才與他們作揖告別，這樣步行千里不能乘車。等到了漢陽郡，教化羌人，禁止侵犯掠奪。後調任出使匈奴的中郎將。當時，遼東的烏桓人反叛朝廷，種暠又轉任遼東太守,烏桓人相率望風而服，在遼東邊境上迎接種暠赴任。後因事免官而歸。
後來司隸校尉舉薦種暠為賢良方正，種暠沒有就任。又徵用為議郎，調遷為南郡太守，後又應召入京任尚書。正遇到匈奴侵犯並、涼二州，漢桓帝擢升種暠擔任度遼將軍。種暠到軍營後，先向匈奴宣揚漢朝廷的恩惠，引誘胡人投降，還有不願意服從的，就加以征討。羌人中原來有生口（俘虜）被扣押在郡縣作人質的，全部遣散讓他們歸回。誠心誠意地進行安撫，恩信、賞賜分明，因此羌胡、龜茲、莎車、烏孫等部族都來歸服。種暠於是就撤去報警的烽火，廢了望哨樓，邊境上晏然無事。
種暠入京擔任大司農。延熹四年，升遷為司徒。在司徒任上三年，年六十一歲死去。並、涼兩州的邊民都為他發喪致哀。匈奴聽說種暠死了，舉國之人都傷心惋惜。匈奴單于每每入朝致賀時，看望種暠墳墓，就哭泣祭祀。
