1898年農曆八月初六日，清廷突然下詔說光緒皇帝臥病不起，慈禧太后將重新垂簾訓政。當日即下令各省緝捕康有為等維新黨人。朝廷先是指控康有為圖謀弒君，接著又改口說他結黨營私，最後才說其密謀包圍頤和園，將不利於太后，十日之內，罪名三變。而康有為已於政變前一天收到光緒帝的密諭，迅速潛逃出京。康有為在同黨的掩護下，登上英國商船，逃往上海，向外國尋求庇護。英國領事找到他後，便問他是否在京城殺過人。康有為於是拿出光緒帝的密旨，向洋人極力辯白。最終被認定為“國事犯”，成功得到了庇護，在英國兵艦的掩護下，經香港而流亡海外。
初七日，光緒帝在六名太監的導引下，想要逃出京城，結果不幸遭擒，於初十日被押往大內瀛臺監禁了起來。腥風血雨之下，譚嗣同力勸梁啟超出逃，對他說：“不有行者，無以圖將來。不有死者，無以召後起。”最終梁啟超在日本人的幫助下，也流亡於海外。三天之後，清廷不經審訊便斬殺了譚嗣同等六人，又下令廢除自四月以後施行的所有新政，為期103天的戊戌變法宣告失敗。當時流亡在日本的梁啟超寫了一本名叫《戊戌政變記》的小冊子，向世人介紹了這場改革運動的始末，並分析變法失敗的主要原因。
梁啟超著《戊戌政變記》
變法之前：光緒帝與慈禧太后之間的矛盾
歷史上，隋恭帝楊侗曾被權臣王世充欺凌，他在臨死之前曾發誓說：“願自今已往，不復生帝王家！”光緒在當皇帝的日子裡也常有類似的感慨，他跟慈禧並非親生母子，無感情可言。當同治帝駕崩之時，慈禧為了把持朝政，才將年幼的光緒立為皇帝。為了控制光緒，慈禧從小就對他倍加欺凌與恐嚇。當時宮中有一個太監名叫寇連材，他在日記中記錄下了許多皇帝被虐待的隱情。
寇連材哀嘆說：“中國四百兆人中，境遇最苦者莫如我皇上。”普通人自小就得到父母的百般呵護，光緒帝自從五歲入宮後，卻活得像個孤兒一樣。親生父母輕易不得晉見，只能保留名分而已。宮中所有人全都要看太后的臉色行事，不敢親近皇上。光緒的一日三餐，雖然菜品雖豐盛，但沒有人伺候他，所以只能吃較近的、易夾的菜，稍遠的那些菜大多已經腐臭了，然而每天都會被重複端上來，專門用來噁心光緒。有時候光緒吃不飽飯，便請求太后賜膳，此時太后必以節儉之德為由，教訓皇上一番。太后對皇上非常嚴厲，經常加以喝斥，稍微不如意，便拿著鞭子抽打，甚至罰跪。從小就遭受太后的虐待，所以光緒對慈禧可謂是畏之如虎狼。
“中國四百兆人中，境遇最苦者莫如我皇上。”
光緒十六年，皇帝已經年滿二十歲，慈禧便假惺惺地下歸政之詔。然而光緒也只是有名無實，一切用人行政皆出自太后之手。在內有太監李蓮英監視，在外有軍機大臣孫毓汶把持，皇上幾如虛器。隨著慈禧日漸衰老，李蓮英害怕將來皇上掌權後，自己會被誅殺，便日夜進讒言於太后，說皇上有怨望之心。久而久之，太后也起了廢立之念。甲午海戰時，光緒曾請求慈禧停辦頤和園工程以便充實軍費，慈禧為此大怒，連續三個月不跟光緒說一句話，每天必令其跪滿兩個鐘頭後才能起來。又奪光緒二妃之號，盡黜其所信任之人。由於恭親王不同意，所以慈禧的廢立之謀始終未能確定。
1898年春天，列強紛紛在中國強借軍港，掀起瓜分的狂潮。恰逢此時，恭親王病死了，榮祿等人便密謀聯合六部九卿上表請求太后再次垂簾聽政，但礙於“清議”，最終沒有實行。光緒帝自知帝位不保，又不甘做亡國之君，便向慈禧太后索要實權，決定“知其不可而為之”。此時慈禧也想找個理由來廢掉光緒，便假意答應他的請求。當時有人問榮祿說皇上如此變亂祖制，太后為何不管。榮祿笑道：“始俟其亂鬧數月，罪惡貫盈，不亦可乎？”
就這樣，在慈禧太后“將欲取之，必姑予之”的陰謀慫恿下，光緒決定放手一搏、掀起一場沒有前途的變法運動。恰在此時，一個名叫康有為的讀書人出現了。
變法之前，慈禧與光緒各有算盤
變法之時：啟用康有為，推行維新運動
康有為本是廣東一介平民，早在光緒十四年時，他就曾上書清廷，揭露俄國人蠶食東方的陰謀，警告朝廷要當心變法致強的日本。當時人們都說康有為病狂，大臣們又積極阻格，致使其書泥牛入海。甲午戰敗之後，康有為所言多被驗證，故而名聲漸起。光緒的老師翁同龢讀到康有為的著作，大為歎服，忙召見他，欲將其人介紹給皇上。慈禧知道後，極力阻止。康有為不得召見，便出資刊刻《萬國公報》，與梁啟超等共倡強學會，其中得到張之洞的贊助尤多。他們積極翻譯西文書籍、建立政治學校，從事啟蒙民眾的工作。
光緒二十三年，德國人襲取膠州灣，京師為之大震，康有為再次上疏請求變法。次年大連和旅順被俄國人租佔，光緒忍無可忍，便對慈禧說：“我不能為亡國之君，若不假我權，我必遜位”。慈禧正想找藉口廢掉光緒，便假意應允，放手讓他去變法，以便揪出那些支持皇帝的大臣來。光緒也明知變法沒有前途，但自己不甘做亡國之君，決定“
不如姑冒險而變法，幸則猶可望收政權而保國土；不幸亦可大開民智而待將來。”
光緒對變法成功的期望不大，想以此來啟蒙民智
四月二十三日，光緒頒佈《定國是詔》，確定了變法的方向。接著召見工部侍郎康有為，命其在總理各國事務衙門行走，開啟了轟轟烈烈地維新運動。這場改革的主要內容有：
①
教育領域。建立京師大學堂，開設政治、工商、經學等八門科目，為將來培養新式人才。廢除自從王安石變法以來所施行的經義考試製度，取締八股文體式，一律改為策論。使讀書人不再受縛於古人的經書，引導他們去研究關於國家現實事務的實學；又下詔改各省學堂為學校，兼習中西方之學問；②文化領域。命梁啟超等辦理譯書局事務，大規模地翻譯海外圖書，以供國人閱讀；又令康有為督辦《官報》，為變法營造輿論，啟蒙民智。
以上兩項主要立足於長遠，也是變法的直接目的。譚嗣同在臨斬之前就曾說：“今八股已廢，人才將輩出。我輩死，中國強矣！”光緒與維新黨明知變法不可為，故而注重於開啟民智，以待將來。此外，對於時弊，變法也儘量採取了措施。
③經濟領域。設農工商總局於天津，刊農報、購農器，設商務局與商會，保護商務活動，以求“興農殖以富國本。”
④軍事領域 。命神機等營改練洋操，參用西法，改習洋機抬槍。
⑤政治領域。光緒帝也做了一些嘗試。他既然無權罷免保守派官員，便新設了一個制度局機構，用來架空六部九卿衙門，還裁剪了許多大小京官職，節省下無用的冗費。
當然，對於變法來說，最大的阻力還是在於人事方面。如果沒有人員去執行，那麼一切的變法措施就都不能落地。為此，光緒帝向清廷最保守的禮部發起了進攻。根據傳教士阿瑟·斯密斯的記載，當時禮部主事王照曾上書皇帝，建議民眾剪髮斷辮，改穿西式服裝；又請求國家成立議會，效法日本。此奏一出，禮部譁然，保守派官員聯名上書，大罵王照崇洋媚外、數典忘祖。結果光緒卻以他們“阻塞言路”為由，盡皆罷免，對禮部進行了大換血。
御史文悌又上奏，稱康有為開保國會，徒欲保中國，不保大清。沒想到光緒帝反而駁斥說：“中國即大清，保中國即保大清，是又何害？”接著又提拔劉光地、譚嗣同等四人進軍機處，與舊派大臣抗衡。然而不到十天，政變就來了。
譚嗣同殉難
變法之後：慈禧發動政變，盡廢新法
改革的關鍵在於用人，而且要用有權之人，其中最重要的權就是兵權，光緒與慈禧都明白這個道理。慈禧早在變法之初，驅逐翁同龢以後，就與榮祿定下農曆九月天津閱兵之事，打算藉助軍隊的聲勢來廢掉光緒。
光緒雖然放手改革，但天津閱兵就如達摩克利斯之劍一樣，始終懸掛在頭頂上。到了七月二十九日時，光緒從頤和園出來後，忽然對慶親王奕劻說：“
朕誓死不往天津”。當時北洋三軍分別是董福祥的甘軍、聶士成的武毅軍和袁世凱的新軍。光緒自知身處險境，便密諭康有為等，說：“朕位幾不保，汝等可與諸同志妥速密籌，設法相救。”譚嗣同見皇帝手無兵權，諸將中又只有袁世凱有改革的傾向，便向光緒舉薦了這個見風使舵的梟雄，光緒遂破格超擢其為侍郎。八月初六日，袁世凱返回天津後，便向榮祿告密，說群小結黨煽惑，謀危宗社，必須保全皇上以安天下。於是榮祿急忙入京，奔赴頤和園，對慈禧說：“帝信康有為等逆謀，將圍頤和園，不利於太后。”慈禧為之震怒，即日下詔稱光緒有病不能視事，太后復垂簾聽政，接著便大肆搜捕維新黨人。之後，八月十一日恢復被光緒裁汰的冗官，關閉官報局，停止在各省州縣設立的中小學；二十四日重新恢復八股文取士制，廢除農工商總局，查禁全國報館，取締所有社團；九月份，又恢復武試弓刀石之制，一切重新照舊。
梁啟超在《戊戌政變記》中指出，政變的總原因在於光緒與慈禧之間的矛盾 。二人在權力上存在鬥爭，政見也不一樣。在光緒看來，戊戌變法是唯一證明自己不甘做亡國之君的機會；而在慈禧看來，這場變法是她廢掉光緒的絕佳藉口。所以歷史上才出現了一個手無實權的皇帝卻發動“百日維新”的短暫現象。誰料政變之後，各國公使極力反對廢立，導致慈禧的排外情緒日漸升溫，對義和拳採取了綏靖政策，想要禍水東引，暗中扶持他們，以便用來屠殺洋人，結果反而引起了更為慘重的“庚子國難”。
