10萬+ 「必看」 | 小麥多組學網站訪問創新高

網站自2018年4月16號網站上線,至今,已滿2歲。

如果有人告訴你,他要做一個小麥科研有關的網站,兩年間訪問量為10萬+,你相信嗎?

不管你信不信,反正我不信。並且,可能打死我,我也不信。

如果你問我最大的感受是什麼?

我想到了以前當段子看的互聯網企業創業的故事,如比爾蓋茨車庫建立微軟,東哥中關村賣光盤的事等等。以前就是當一個段子來看,沒有啥走心的體會。此時此刻,我想也許當初很多不起眼的事,後面會收到意想不到的結果吧。未來的事,誰說的準呢。。。

很多時候,科研也是如此,一個課題開始時,並未想到能有令人印象深刻的結果,但最後竟也能峰迴路轉,說不定就能上CNS了呢。有的時候,我們對某些課題抱有很大的期望,最終的結果卻不如人意。所以,很多事情一開始的判斷並不一定都對,只有一點一點做下去才能知道。

我們總希望能夠有一個將來有重要產出的課題來開始我們的學術生涯,徘徊,很難選擇,就怕選錯了。如果實在不知道怎麼選,那就從你擅長的開始,一邊做,一邊看,一旦有了目標,賽道還是可以切換的。

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好了,以上就到此為止吧,懂的自然懂。我們題目有“必看”兩個字,自然不是要大家進來看這些亂七八糟的感悟的。

更重要的事是介紹最近我們網站的更新。雖然都是些不起眼的小功能,但一定會節省大家的時間,提高效率。

開始之前,問大家幾個問題。

  1. 5分鐘內,你能設計出小麥某個特定位點的KASP或CAPS或dCAPS標記嘛?

  1. 看文獻看到一個水稻/擬南芥的基因,想要找到小麥中的直系同源基因,2分鐘內你能找到嘛?

  1. 接上一條,反過來手裡有個小麥基因,想要找水稻/擬南芥中的基因,並看看是否已報道。2分鐘夠嘛?

  1. QTL定位到一個30Mb的區間,想要知道參考基因組上有哪些基因,編碼什麼類型的蛋白,2分鐘夠嘛?

  1. 最近Cell有篇蛋白互作的文章發表(https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.049),想要了解手上的基因是否在數據庫中,2分鐘夠嘛?

  1. 想要知道某個基因共表達的基因,2分鐘夠嘛?

  1. 手裡有個小麥基因,想要知道其他兩個基因組上的部分同源基因,在四倍體/二倍體祖先中的直系同源基因,2分鐘夠嘛?

  1. 想要對某個區間內的基因做共線性分析,2分鐘夠嘛?要做一個如下圖所示的共線性圖譜,1個小時夠嘛?

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以上所有問題都能在小麥多組學網站解決,可能僅僅需要“一東”的時間。其實還有N多方便的功能,由於以前已經介紹過了,篇幅有限這裡就不再提示了。花點時間多點點小麥多組學網站的導航欄,會有驚喜的。

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今天就著重介紹我們第一個問題,如何快速設計KASP或CAPS/dCAPS標記。

工具入口見上圖所示,點擊“KASP/CAPS Designer”。進入如下頁面

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該網頁版工具是基於UC Davis的張軍利博士的SNP_Primer_Pipeline(https://github.com/pinbo/SNP_Primer_Pipeline)開發的。原本是命令行下運行的程序,我使用過之後就愛不釋手了。為了讓更多的人方便的使用,經軍利博士允許,我們開發了一個web界面來使用這個工具。這樣大家只需要按照格式輸入自己的SNP位點信息就可以方便使用了。軍利博士也開發了一個Galaxy版本(https://galaxy.triticeaetoolbox.org)。

重點說說兩個方面。第一個方面是輸入格式。csv格式(以英文逗號分隔)。注意一定是英文逗號,其實所有字符都是英文字符。

一行是一個SNP位點,一行包括3列,分別是SNP名字,SNP所在的染色體,SNP上游序列[A/G]SNP下游序列。

另起一行即可輸入一個新SNP位點。

第二個方面是輸出結果,該如何選擇引物。

一般輸出結果會有多對引物,該如何選擇?一般有以下幾個原則。

  1. 變異越靠近引物3'端越好

  2. 有多個變異

  3. 特異性很高,在基因組上只有一個結合位點

  4. PCR產物大小,KASP在50-250bp, dCAPS在100-350bp, 一般是150-200bp。

  5. 兩個引物之間Tm值差異小
  6. 引物二聚體少。

以上就是今天的內容。雖然沒有啥學術上的價值,但希望對得起“必看”。

後續的功能介紹,敬請期待。

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