今年以來，非居民企業所得稅管理規定大幅度調整。在關聯申報、同期資料管理、相互協商程序、特別納稅調查調整程序和源泉扣繳方面一些執行多年的政策已或將不再繼續。
一、關聯申報方面。2016年及以後的會計年度關聯申報適用《國家稅務總局關於完善關聯申報和同期資料管理有關事項的公告》（2016年第42號）。填表要求及口徑見該公告和《國家稅務總局關於明確填報口徑的公告》（2017年第26號）。《國家稅務總局關於印發的通知》（國稅發〔2009〕2號）第二章、《中華人民共和國企業年度關聯業務往來報告表》（國稅發〔2008〕114號）廢止。
二、同期資料管理方面。國家稅務總局公告2016年第42號，對2016年及以後的會計年度同期資料管理作出規定。國稅發〔2009〕2號第三章、第七十四條和第八十九條不再執行。
三、相互協商程序方面。適用《國家稅務總局關於發佈〈稅收協定相互協商程序實施辦法〉的公告》（2013年第56號），從2017年5月1日起被《國家稅務總局關於發佈的公告》(2017年第6號)調整。國稅發〔2009〕2號文第十一章廢止。
四、特別納稅調查調整程序方面。《國家稅務總局關於發佈的公告》(2017年第6號)從2017年5月1日起實施。國稅發〔2009〕2號文第四章、第五章和第十二章、《國家稅務總局關於加強轉讓定價跟蹤管理有關問題的通知》（國稅函〔2009〕188號）、《國家稅務總局關於強化跨境關聯交易監控和調查的通知》（國稅函〔2009〕363號）、《國家稅務總局關於特別納稅調整監控管理有關問題的公告》（2014年第54號）、《國家稅務總局關於企業向境外關聯方支付費用有關企業所得稅問題的公告》（2015年第16號）廢止。
五、源泉扣繳方面。《國家稅務總局關於非居民企業所得稅源泉扣繳有關問題的公告》(2017年第37號)從2017年12月1日實施，一些文件被全文或者部分廢止：
一是全文廢止。《國家稅務總局關於加強非居民企業股權轉讓所得企業所得稅管理的通知》（國稅函〔2009〕698號）、《國家稅務總局關於印發〈非居民企業所得稅源泉扣繳管理暫行辦法〉的通知》（國稅發〔2009〕3號）。相應地，《國家稅務總局關於進一步加強非居民稅收管理工作的通知》（國稅發〔2009〕32號）第二條第（三）項、《國家稅務總局關於加強稅種徵管促進堵漏增收的若干意見》（國稅發〔2009〕85號）第四條第（二）項第3目、《國家稅務總局關於發佈〈非居民企業從事國際運輸業務稅收管理暫行辦法〉的公告》（2014年第37號）第二條第三款涉及國稅發〔2009〕3號文關於落實扣繳登記和合同備案制度、建立管理臺賬和管理檔案等規定不需要履行。
二是部分廢止。《國家稅務總局關於印發〈非居民企業稅收協同管理辦法（試行）〉的通知》（國稅發〔2010〕119號）第九條、《國家稅務總局關於發佈〈企業重組業務企業所得稅管理辦法〉的公告》（2010年第4號）第三十六條、《國家稅務總局關於非居民企業所得稅管理若干問題的公告》（2011年第24號）第五條和第六條、《國家稅務總局關於非居民企業間接轉讓財產企業所得稅若干問題的公告》（2015年第7號）第八條第二款。
參考文獻：黃德榮著《解讀企業所得稅》，黑龍江人民出版社，2013年9月出版。
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