公開數據庫對於促進科學研究的快速發展意義重大,公開數據的建立可以讓全世界各國的領域內研究者對某些問題進行更深入更全面的研究。在大數據時代,數據庫的開放和共享已逐漸成為研究領域的趨勢之一,目前很多國外期刊雜誌也鼓勵投稿者共享和開放研究數據。上述情況對於腦科學領域的研究也是如此。此外,我們個人同樣可以利用各類腦科學公開數據庫方便地進行各種研究。
筆者在這裡較為全面地盤點目前免費的EEG/MEG/MRI/ fNIR公開數據庫,希望對大家的研究有所幫助。
人腦連接組計劃
大名鼎鼎的人腦連接組計劃(Human Connectome Project, HCP),該公開數據庫是由美國美國國立衛生研究院(NIH)負責,於2009年開始啟動。該數據庫目前被試數約1200人,包括結構MRI、靜息態MRI、任務態fMRI、MEG等數據模態,其他數據還包括人口統計學數據、神經心理學數據、基因數據。
網址:
http://www.humanconnectome.org/
1000功能連接組計劃
1000功能連接組計劃(1000 Functional Connectomes Project, FCP)於2009年啟動,已經採集和公佈來自35箇中心,1355名被試的MRI數據,包括結構MRI和靜息態fMRI數據,此外還包括人口統計學數據。
網址:
http://fcon_1000.projects.nitrc.org/fcpClassic/FcpTable.html
信度與可重複性聯盟
神經影像大數據國際“信度與可重複性聯盟”(Consortium for Reliability and Reproducibility, CORR)是由中科院心理所和美國兒童心理研究所於2014年共同發起,目前該數據庫包含1629名來自不同中心被試的MRI數據,MRI數據模態包括結構MRI、靜息態fMRI、dMRI、擴散磁共振成像和動脈自旋標記成像ALS,此外還包括人口統計學數據。
網址:
http://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/CoRR/html/index.html
DEAP數據庫
採用生理信號進行情緒分析的數據庫(Database for Emotion Analysis using Physiological Signals,DEAP)是由來自英國倫敦瑪麗皇后大學等單位的研究人員通過實驗採集到的,用來研究人類情感狀態的多通道數據。該數據庫主要包括每個被試在面部表情視頻刺激下的EEG數據以及心理量表數據。
網址:
http://www.eecs.qmul.ac.uk/mmv/datasets/deap/
我的腦連接組計劃
我的腦連接組計劃(My Connectome Project)只記錄了斯坦福大學R. Poldrack教授1個人的大腦在18個月內的各種模態MRI數據(包括結構、靜息態、任務態、擴散MRI模態)。
網址:
http://myconnectome.org/wp/
中國AD臨床前期聯盟多中心認知下降縱向研究數據庫
中國AD臨床前期聯盟多中心認知下降縱向研究數據庫(SILCODE)是由中國國家老年疾病臨床醫學研究中心(宣武醫院)發起,主要包括健康人和阿爾茲海默症(AD)患者各個階段的多模態MRI和PET數據,此外還包括臨床與行為學數據。
網址:
http://www.alzheimer.org.cn/
OpenfMRI數據庫
OpenfMRI數據庫包含來自65箇中心共計約2256名被試的多模態MRI數據,包括結構MRI、靜息態fMRI、任務態fMRI、擴散MRI、MEG模態,其他數據還包括人口統計學數據、神經心理學數據。
網址:
https://openfmri.org/
英國生物銀行
英國生物銀行(UK Biobank)數據庫已經採集自3箇中心,5000名被試的多模態MRI數據,包括結構MRI、靜息態fMRI、任務態fMRI、擴散MRI,此外,還包括人口統計學數據、神經心理學數據、基因數據、血液數據等。
網址:
https://www.ukbiobank.ac.uk/
美國國家精神衛生數據檔案研究所
美國國家精神衛生數據檔案研究所(NDA)數據庫整合了多個數據庫的數據,包括美國國家自閉症研究數據庫(NDAR),與精神疾病相關的國家臨床試驗數據庫(NDCT),研究領域標準數據庫(RDoC db)和NIH小兒MRI數據存儲庫等。從內容上來說,該數據庫數據內容豐富,包含臨床、影像學,基因組等方面的數據。
網址:
https://nda.nih.gov/
神經信息數據庫
神經信息數據庫(Neuroinformatics database,NIDB)是一個神經影像數據上傳和分享的平臺,主要包括fMRI和EEG等數據。
網址:
https://nda.nih.gov/
OpenNEURO
OpenNEURO數據庫是一個用於分析和共享來自人腦成像研究的神經影像數據的開放平臺。數據類型主要包括MRI,MEG,EEG,iEEG和ECoG。
網址:
https://openneuro.org/
腦成像圖書館
腦成像圖書館(Brain Image Library, BIL)是匹茲堡大學建立的用於腦成像數據上傳和分享的網絡平臺,數據主要類型是哺乳動物全腦體積數據(共聚焦顯微鏡腦成像數據)。
網址:
http://www.brainimagelibrary.org/
ADNI數據庫
Alzheimer’s Disease Neuroimaging Initiative (ADNI)主要針對AD以及輕度認知障礙患者,數據類型包括MRI和PET圖像、遺傳學、認知測試、CSF和血液生物標誌物等。北美ADNI研究的研究資源和數據可通過該網站獲得,其中包括阿爾茨海默氏病患者,輕度認知障礙受試者和老年人對照。
網址:
http://adni.loni.usc.edu/
NeuroMorpho
NeuroMorpho主要用於蒐集已經出版的研究中的神經元結構,是目前為止最大的3D神經元重建和相關元數據的數據庫。
網址:
http://adni.loni.usc.edu/
BrainMap
BrainMap是由德克薩斯大學健康科學中心的研究成像研究所負責運營,主要提供功能和結構MRI數據。BrainMap不僅提供用於薈萃分析和數據挖掘的數據,還發布用於定量整合神經影像數據的軟件和工具。
網址:
http://www.brainmap.org/
分子腦成像中心數據庫
分子腦成像中心數據庫(The Center for Integrated Molecular Brain Imaging Database)主要提供PET和MRI數據的下載以及Cimbi團隊利用這些數據已經發表的文章。
網址:
https://cimbi.dk/index.php
OASIS數據庫
OASIS(Open Access Series of Imaging Studies)數據庫主要針對AD患者,提供正常衰老和AD的縱向MRI神經影像,臨床、認知和生物標誌物等數據。
網址:
http://www.oasis-brains.org/
Delorme腦電數據庫
Delorme腦電數據庫提供包括認知、癲癇、睡眠等多種EEG/ERP數據。
網址:
http://sccn.ucsd.edu/~arno/fam2data/publicly_available_EEG_data.html
Dtmri數據庫
Dtmri數據庫主要包含人和大鼠的DTI數據。
網址:
http://lbam.med.jhmi.edu/
F.M.Kirby Research Center
F.M.Kirby Research Center主要提供多模態的MRI數據,以及相應的軟件工具。
網址:
http://mri.kennedykrieger.org/databases.html
OMEGA數據庫
OMEGA(Open MEG Archive)是麥康奈爾腦成像中心(McGill)與蒙特利爾大學之間的合作成果,旨在為開放式傳播提供MEG數據。磁瓦,其還包含MRI,人口統計信息和問卷信息以及多模式電生理數據(例如,EEG,細胞記錄)。
網址:
http://www.mcgill.ca/bic/resources/omega
Australian EEG database
主要提供EEG/ERP數據。
網址:
http://aed.newcastle.edu.au/
CENTRAL腦影像數據庫
CENTRAL腦影像數據庫目前包含445個 projects, 合計6175 個被試,主要包含MRI、PET和CT數據。
網址:
https://central.xnat.org/
歐洲癲癇數據庫
歐洲癲癇數據庫(European Epilepsy Database)主要提供癲癇患者連續EEG數據
網址:
http://epilepsy-database.eu/
figshare數據平臺
figshare數據平臺是一個多種數據的存儲和分享平臺,數據類型包括EEG、MRI等。
網址:
https://figshare.com/
EEGbase平臺
EEGbase是一個用於存儲,管理,共享和檢索與電生理相關的EEG / ERP、元數據、工具和文檔的系統和平臺。EEGbase通過允許訪問公共數據,工具和結果來推進電生理學研究。
網址:
http://eegdatabase.kiv.zcu.cz/
BNCIHorizon 2020
BNCIHorizon 2020項目提供多種模態的數據,包括EEG、ERP、fNIRS、Ecog等。
網址:
http://bnci-horizon-2020.eu/
PhysioNet
PhysioNet於1999年在美國國立衛生研究院(NIH)的主持下成立,其提供大量的生理和臨床數據以及相關的開源軟件來。
網址:
https://physionet.org/
總結
筆者在這裡較為全面地盤點目前免費的EEG/MEG/MRI/ fNIR公開數據庫,這些數據庫為科研人員提供了可供分析的海量數據,特別是對腦科學研究結果的可重複性驗證以及大數據分析具有重要意義。由於筆記水平有限,可能部分數據庫未能總結在本文中,歡迎各位網友在公眾號後臺留言,或者加我微信交流(kervin-zhao)。
整理不易,煩請大家多多轉發,謝謝!
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