對於工資薪金的個稅代扣代繳，企業給員工發放工資，需要按規定代扣代繳個稅，哪怕員工每月工資低於5000元，實際上不產生個稅稅款，也應該按月申報。但如果對個稅政策瞭解不夠，理解不夠深刻，很可能會因為錯誤的申報操作，導致多交個稅！
例：某合夥企業有甲乙兩個自然人合夥人，2019年給合夥人按月發工資，月薪均為5000元。該企業會計每月按發放的工資給兩個合夥人代扣代繳了個稅，由於月薪只有5000元，實際沒有產生個稅稅款。
2020年3月，申報兩個合夥人的經營所得年度彙算時，被稅局告知，合夥人的工資不可以作為合夥企業的成本費用稅前扣除，需要納稅調增。
於是，會計調增了兩個合夥人全年的工資，共12萬元。然後在填寫減除費用和各項扣除的時候，系統給出了這樣一個提示：有綜合所得時，投資者減除費用、專項扣除、依法確定的其他扣除，只能在綜合所得申報中扣除。
如果因為有綜合所得，導致投資者減除費用不允許在經營所得彙算清繳中扣除， 這就導致這兩個合夥人每人多了至少6萬元的應納稅所得額！
一、自然人合夥人從合夥企業取得的工資要不要代扣個稅?
經營所得個稅的相關規定：
第三條 個人獨資企業以投資者為納稅義務人，合夥企業以每一個合夥人為納稅義務人。
第四條 個人獨資企業和合夥企業每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失後的餘額，作為投資者個人的生產經營所得，比照個人所得稅法的“個體工商戶的生產經營所得”應稅項目，適用5％—35％的五級超額累進稅率，計算徵收個人所得稅。
從個人所得稅層面，投資者是個人獨資企業和合夥企業的“實際納稅人”，個人獨資企業和合夥企業發放給投資者的工資實際上是經營所得的一部分，不需要按照“工資、薪金所得”來代扣代繳個人所得稅，應當計入投資者個人的“經營所得”來申報繳納個稅；無需在每月支付工資後按“工資、薪金所得”繳納個稅。
二、合夥企業給自然人合夥人發放的工資能不能作為成本費用扣除？
根據財稅[2000]91號附件第六條第一項規定，投資者的工資不得在稅前扣除。
因此，企業在申報經營所得個稅時，需要將這部分工資進行納稅調增。
三、同時有經營所得和綜合所得的情況下，減除費用和各扣除項應該在哪裡扣除？
《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》（中華人民共和國國務院令第707號）第十五條規定，取得經營所得的個人，沒有綜合所得的，計算其每一納稅年度的應納稅所得額時，應當減除費用6萬元、專項扣除、專項附加扣除以及依法確定的其他扣除。專項附加扣除在辦理彙算清繳時減除。
從上述政策我們可以推斷出，取得經營所得的個人，如果有綜合所得，那麼減除費用6萬元、專項扣除、專項附加扣除以及依法確定的其他扣除，都只能在綜合所得扣除了。
四、案例分析
上述案例中，由於企業會計給合夥人按起徵點申報了工資薪金的個稅，導致在申報經營所得時，就算以最低稅率5%來交個稅，每個合夥人也需要多繳納個稅60000*0.05=3000元。
考慮到經營所得個稅是五級累進稅率，少扣除一年6萬的減除費用，還會導致稅率跳檔。
如：某合夥企業有兩個自然人合夥人，份額分別為50%，給每個合夥人發了6萬/年的工資，2019年度會計利潤為28000元。不考慮其他納稅調整項目，由於合夥人工資不允許稅前扣除，合夥企業納稅調整後所得=28000+60000*2=148000元。
情況一：合夥企業沒有給合夥人申報工資薪金個稅。在不考慮專項扣除、專項附加扣除和其他扣除的情況下，每個合夥人的經營所得應納稅所得額=148000/2-60000=14000元，適用稅率為5%，應繳納經營所得個稅=14000*0.05=700元。
情況二：合夥企業給合夥人申報了工資薪金個稅。在不考慮專項扣除、專項附加扣除和其他扣除的情況下，每個合夥人的經營所得應納稅所得額=148000/2=74000元，適用稅率為10%，應繳納經營所得個稅=74000*0.1-1500=5900元。
兩種情況下的經營所得個稅差額=5900-700=5200元。
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