在大部分人的觀念中，禪與佛教及其僧人的修行有關, 且總是隱含著某些神秘或玄機。事實上，發源於古印度的禪學早在佛教創立之前就已存在，與瑜伽修煉密不可分。禪修是身心取靜的一種修煉技巧，也是大腦消除雜念、神經元細胞休養生息的有效途徑。佛祖釋迦牟尼在禪悟的艱難探索中將禪的取靜狀態直至“涅槃”境界，發現了神經元細胞的特定功能及其機制。在之後的漫長講學中形成了一個具有2500年前特色的腦科學理論體系。
眾所周知，現代科學創立“神經元學說”才一百年左右；電子顯微鏡下觀察到神經網絡的聯結點“突觸”結構的存在還是上世紀五十年代的事；電信息概念與生物學關聯的歷史則更短。在基礎科學理論尚未萌芽的矇昧年代，釋迦牟尼要將自己的研究成果進行宣講確實很難。因此，講解的最好方法就是採用借喻、類比、點評、交流等引導性的窮舉方式（“窮舉法”計算數學上亦稱為枚舉法）。事實也是如此。在各種佛教經論中，講故事、說類比、一問一答、談心得、說感悟，不一而足。因為佛祖講課沒有留下文字，所以，現在看到的所有佛教經論都是佛的十大弟子及後人根據聽課後的記憶內容整理成書。文章開頭就是“如是我聞”。所以，讀者絕不可站到有神論的位置閱讀經論中的“借喻語言”。否則，就會使自己滑向愚昧的深淵，“佛”不再是“悟”的代名詞，而成為“神”的化身。
按照我們的慣性思維，自然科學的發展進步應該先有專業化的理論闡述，後有科普化的語言解釋。但是，穿越二千多年時空的科學探索，必須要用逆向思維去解讀。禪的創立者只能先闡述大量類同的規律現象進行窮舉科普，後讓學習者自己感悟體會、理解大腦活動的真實內涵--開悟！這是時空錯位形成的不得已之舉。因此才有了“佛曰:不可說，不能說，不必說”。
大腦活動涉及的科學概念太多，三言兩語當然說不清楚。對於普通學生的提問，佛祖的臨時答案只能用“不可說，不能說”。語言表達本身就是對神經活動進行信息誘導，現代心理諮詢不就是以誘導達到目的？對於禪修而言，說得不準確，誤導的後果同樣嚴重。神經活動以信息為媒介，信息驅動神經活動，神經活動產生意識體驗。如果局部記憶神經網絡興奮過度或抑鬱超限，輕者屬於神經不經常，嚴重者就是精神病或抑鬱症患者。“佛與魔僅有一牆之隔”也在邏輯之中。
禪修是每個人的自我修煉，必須通過實踐才能獲得感性認知。如果你達到了某一個境界，體驗到了禪修的美妙，師生之間的溝通、傳授是漸進式的點撥，自然就“不必說”了！
禪學理論以眼、耳、鼻、舌、身、意六類神經元功能為基點，將大腦神經活動的信息流程分為“六根”（採集信息）、“六境”（記憶儲存）、“六識”（意識形成）三個階段。最終形成的意識狀態被細分為28種類型，即“二十八重天”。每一重天對應於一種意識境界。
“六根”明確了大腦意識形成的信息源頭是外部世界。由不同神經元從外部採集信息，輸入到不同腦區，聚集成為不同的六類記憶事件，被定義為“六境”。與“六境”對應的記憶類別為：色、聲、香、味、觸、意。很顯然，沒有記憶事件的儲存，產生意識是一句空話。許多健忘症患者記憶神經元功能退化或病變，不僅失去信息儲存功能，也發送不了電信號，所以，剛剛經歷過的事情都形成不了意識。如果病變擴大到全部記憶神經模塊，那麼，患者將幾乎丟失所有的意識反應，包括不認識親人。禪學理論非常明確地闡述了由“六境”轉“六識”的前後次序，對神經活動機制的理解非常準確。
大腦活動的基本模式從來不會改變：“六根”採集信息儲存為記憶事件，然後，不同腦區的記憶神經發放電信號，感知神經接收電信號並形成意識反應。二十八重天的意識狀態處在三個不同臺階。向下為“欲界”六重天；中間為“色界”十八重天；向上“無色界”分為四禪天。
“欲界”與“色界”的分界線以“貪”的程度為標準。慾望因“貪”而起,如果能將“貪”的意識成份降到最低限度，則生命活動的正常行為及需求都屬於“色界”範圍的事。否則就墜落“欲界”意識。在大腦記憶神經網絡中，“貪”的本質是本體神經活動記憶信息的關聯太過強烈。“六根”中所指的“身”及“六境”中的“觸”就是肢體活動產生的記憶信息。通常手指的靈活性遠大於腳指，就是手指活動的記憶事件多於後者。生活中，許多人具有的強迫症和恐懼症都是因為“觸”信號的強烈關聯所致。比如，恐懼記憶事件在神經網絡中的突觸關聯是一個死結，幾乎無法消解，降低突觸關聯強度也是禪修的目標之一。
“色界”與“無色界”以“空”為劃分標準。“空”不是昏睡，“空”是一種意識狀態。“無色界”的四個等級以空為起點。“貪”與“空”的取向或程度不同，促使人類個體形成不同的意識形態。人的慾望並非天生就存在，在“六根”攝取外部信息轉化為“六境”的過程中，難免會遭到不潔因素的侵蝕，留下汙垢，“六境”不再純潔。故“六境”通常又稱為“六塵”。記憶事件中“塵”的多少，取決成長環境和家庭的影響。顯然，留下的汙垢有輕微與嚴重之分。禪修的過程就是清除汙垢、迴歸神經元的本原。有個故事說：“一個和尚師傅與人為善、助人於急難之時，揹著一個小媳婦過了河。繼續趕路十里之後，小和尚突然問道：師傅，剛才你揹著小媳婦過河是怎麼想的？師傅嘆息道：我背過河就放下了，你背了十里路也放不下!”。佛教說“執著為苦，放下為樂”。
雖然禪學不能完全等同於腦科學，但是，禪學經論闡述的邏輯內涵完全符合神經活動規律和意識狀態的改變規律。比如，“菩提”一詞內涵指向就是腦科學中的神經元概念。大腦中大約有1000億個神經元細胞。如果一個人的成長環境閉塞，不學習，記憶神經元儲存的信息很少，那麼，可能有大量神經元不被開發，屬於“無業”狀態。這些“無業”的神經元可以稱為無始菩提或無上菩提。但是，“無業”的神經元既沒有儲存過任何信息，也發放不了任何信息，是大腦的累贅，對大腦智慧的形成沒有任何意義。禪學所指的無上菩提是指儲存了記憶信息的神經元，在涅槃的時段內回覆到“無上菩提”狀態，成為“元清淨體”的本來狀態。一旦涅槃停止，原有的功能自動恢復，回到自性菩提。
正常情況下，大腦中至少有百億或千億個神經元處於興奮狀態。即使人在睡覺，許多記憶神經仍在忙碌著發放信息，以至於做夢不停。從“無始菩提”，儲存了記憶信息成為“自性菩提”，最終，涅槃讓所有的興奮神經安靜下來成為“無上菩提”，這是一個多麼艱難的禪修過程！
事實上，“無色界”已不再屬於正常大腦意識的討論範圍。當儲存了記憶信息的神經元全都處工作與非工作的某種狀態，而感知神經元卻接收不到任何信息。大腦全區域處在無信息的寂滅狀態。沒有親身經歷一定想象不出那種美妙的體驗！
（補記：涅槃機制類同於非洲乾旱土地下埋藏著的不死魚。若干年後洪水來襲，乾旱的土地重又成為湖泊，不死停止涅槃，重新開始遊弋。動物界的狼也有類同的機制，當體內能量不足的特定環境條件下，狼會以假死的形式躲避困境。）
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