“副部級”只是一個通俗的稱呼，準確的講是黨委書記、校長由中央直接管理的學校。這些學校從行政上來說，還是廳級建制，常務副校長為正廳級，其他副校長為副廳級，只是黨委書記、校長高配為中管幹部。目前“副部級”學校一共有31所（一共確定了32所，後北京醫科大學被合併），一共分三個批次確定。
1992年首批確定了14所學校：
北京大學、清華大學、中國人民大學、北京師範大學、北京航空航天大學、北京理工大學、北京醫科大學、中國農業大學、中國科學技術大學、哈爾濱工業大學、復旦大學、上海交通大學、西安交通大學、西北工業大學。
由於1992年尚處於“八五”期間，與確定15所重點建設大學的1989年僅相差了3年，所以國內大學的格局仍然沒有改變，14所大學和之前的“重中之重”建設大學完全重合。
國防科技大學雖然不在此名單中，但是屬於副大軍區編制，由中央軍委直接管理，因此也等同於地方的“副部級”學校。
2000年增加7所大學：
浙江大學、南開大學、天津大學、南京大學、武漢大學、四川大學、中山大學。
2003年增列11所大學：
吉林大學、廈門大學、大連理工大學、山東大學、同濟大學、西北農林科技大學、華中科技大學、東南大學、中南大學、重慶大學、蘭州大學。
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