當然，古卷中也有一些與現今所有的舊約經卷不同的內容。比如，儘管《詩篇》的主要內容，與現今的沒有大的出入，但古卷中有多種的排序，而且，古卷還收藏了一些聖經所沒有的詩篇。
還有，古卷的《但以理書》有兩個版本，一個版本與我們如今所讀的類似，只在小的地方上，有一些經文的順序不同。
而另一個版本，卻省略了相當的一部份內容。但這些都不能讓人們失去對舊約聖經的保存者－—瑪所拉人的敬意。
由於他們的努力，人們知道我們現今所讀的這本“書中之書”，與主耶穌基督在兩千年前所讀的舊約聖經，是如此的接近。
在可考證的兩千年中，聖經是如此的被忠實，準確的保存，這是任何其它所謂的啟示文學和聖典的著作所無法相比的。
如今，當人們閱讀並學習這本有史以來最偉大的文學著作時，不能不懷著感恩的心向人們的神，聖經的終極作者與維護者，獻上深深的敬拜。
要了解死海古卷的意義，必須知道近百年來歐美對聖經批判的歷史。
自從十五、六世紀文藝復興之後，基督教就面對了一連串的批判。
文藝復興的開始，與十字軍東征有密切關係。
當初教皇鼓勵十字軍東征，主要的動機是希望消滅政敵、減少內部的衝突。十字軍東征，確實達成了消滅軍閥的目的-----------許多有名的將軍為了理想而奮鬥，再也沒有回來。
教皇確實利用這一個運動，重振了教廷的權威。
但是那回歐洲的十字軍，卻帶回來巨大的改變。為什麼少數十字軍，帶來這麼大的改變呢？
原來歐 洲自從西羅馬帝國因為黑死病和北方蠻族的侵略崩潰後，教廷因為各地有教堂，在無政府的社會里，自然的取代了西羅馬帝國，成為歐洲唯一有組織的政府。
但是可悲的是，從前羅馬帝國爭奪帝位的壞傳統，也自然的被教廷承襲下來。這個壞傳統，自從凱撒起，就一直綿延不斷。每次新皇帝只有一種方法產生：就是老皇帝被謀殺，諸將軍互相拼鬥，得勝的強者繼任帝位。
於是教廷內部就充滿了爭奪教皇的黑暗手段。任何組織一旦和政治掛鉤，就容易腐敗。教廷也不例外。於是就把歐洲帶進黑暗時期。這些使用陰謀奪權成功的教皇，怎麼肯讓外界認識真相？所以從那時起，就把解釋聖經的權力，統一歸到教皇的手中。
任何人不得解釋聖經。並且除了欽定的教士，任何人不準閱讀聖經。這個規定，一直沿繼到一九六六年，才在第二次梵蒂岡議中給廢除。
十字軍東征回來的人，卻曾經去過教皇過去權力不及的偏遠地區。在那裡，人們仍然保持了基督信仰的傳統。
聖經更是活活的成為基督徒信仰的中心。
這些不受教皇統治的舊信息，帶給歐洲人相當大的鼓舞。
他們開始質疑教皇的權威。連教內部都不能不起來改革。於是有了馬丁路德，成立了抗羅宗。他的成功，一方面是由於德國貴族希望擺脫教皇的控制。一方面得力於他對聖經的解釋和翻譯。
忽然之間，聖經又成為大眾都可以閱讀的書籍。裡面記載的許多事蹟，再度成為大眾爭論和相信的目標。
當時教外的大眾，發現聖經裡有不可置信的預言。
這些應驗，是歷年來基督信仰的中心。
好比基督要生在那裡，基督要怎樣受難，他的內衣要被人抽籤、他要被人釘十字架、他胸口要流出水和血、等等。
這些應驗，都讓世人無法反駁。而更希奇的是但以理書。
這也是歷世歷代爭論最多的一卷聖經。因為裡面不但說到耶穌的受難，還預言了耶穌以後幾百年的歷史發展。例如但以理書第二章的金像，提到兩隻鐵腿。按照但以理書的解釋，這代表羅馬帝國後來要分裂。
然而羅馬帝國分裂，是耶穌之後三百三十年的事。康士坦丁大帝，毅然決定把君士坦丁堡建成他在土耳其的基地。而把西羅馬交給他的手下管理。
但以理是耶穌之前七百多年的人物。
他怎麼可能知道羅馬帝國要分裂？這是不是隻是解經學者弄的玄虛？只是玩弄文字的結果？ 當然，聖經已經成為一本公開的書，任何人都可以進去自己研究。
對這種批判聖經的理論，無法接受。
何況---但以理書---不只有第二章提到歐洲將要分裂成兩大帝國。到了第八、九章，更細數從瑪代波斯起，經過亞力山大大帝、希臘帝國、分裂成個區：波斯、中東、羅馬、埃及。而8：21預言了亞力山大大帝要英年早逝。
8：9又用以色列作為座標，指出了以色列國西北方的勢力，要得到最後的勝利。這就清楚預言了羅馬帝國的興起。
解經學者又從---但以理書----第九章裡，找出了預言耶穌釘十字架的日期和當時的歷史背景。
這些事，都是反對信仰的聖經批判學者無法解釋的。
於是就有了聖經考古學。當時的假設是：但以理書的寫作日期，必然在這些歷史發生之後。他們的假設，把但以理書寫作日期，定在耶穌之後四百八十年。
因為-----但以理書的預言，至少要在那時寫成，才知道東西羅馬帝國的分裂。他們還指出但以理書有五種不同語言。於是假設但以理書是在不同的年代，在歷史發生之後，用預言的體裁，寫成騙人的但以理書。這些早期的考古學者，用這個假設，四出搜尋。盼望找到聖經古抄本，可以證明他們對但以理書寫作日期的假設是正確的。
經過兩百多年的考證，基督教的聖經考古學者雖然找到許多歷史的證據，證明聖經歷史的正確性。
但是對---但以理書----寫作年代的考古，卻處處碰壁、一無所獲。
而反對信仰的聖經批判學者，卻到處找到許多消極的證據。為什麼人稱這些證據是消極的證據呢？原來他們找到的，都是：聖經寫作日期的傳統說。
因此在XXX年代，《死海書卷》已全部印行，可以供人查證。研究清楚表明，沒有人企圖隱瞞事實，也沒有任何書卷被人藏起來。這些書卷的正式版本全部發行後，全面的分析才能開始。
古卷的發現-----解決了許多以前歷史爭論的難題 。
比如在《詩篇》22章16節中，大部分聖經譯者選用七十士譯本的翻譯，“他們紮了我的手和腳”。
但從馬所拉譯本的直譯是，“我的手和腳像獅子一樣”。在XXX年X月發表的有關死海古卷的文章中， 向我們證實了從死海古卷中可知，“紮了”的翻譯的確更接近原文。
推翻了“‘紮了’是基督教為了宣揚教義而誤譯”的說法。
說明現代聖經的翻譯是正確的。
由於《約翰福音》和保羅書信的寫作風格和思想特色，被指為受了諾斯底派的影響，一度被人視為第二世紀的作品。
然而同樣的風格和特色卻出現於死海古卷的作品中，由此可見《約翰福音》和保羅書信像死海古卷一樣，同屬第一世紀的著作。
也同樣忠實地反映出使徒約翰以及初期教會所處的社會面貌。
此外，《希伯來書》和《啟示錄》也因著比對《死海古卷》的相關資料來確定成書時期，兩者都不遲於公元XX年。
尤其值得一提的是，《死海古卷》中的舊約抄本，為新約經文提供了準確翻譯的依據。
例如《使徒行傳》7：14中所提到的雅各全家下埃及的共七十五人，與《創世記》46：27中所記的七十人有出入。
根據《死海古卷》的《創世記》抄本所記-----原來也是七十五人。由此發現司提反所引述自古抄本的是正確的。
後期的《創世記》提到的是約數七十人。又如《馬太福音》虛心的人一向解作卑微窮乏的人 ，從古捲髮現其實所指的是忠於上主的人，與心硬的人相反。
死海古卷還幫助我們回答了許多新約經文上的爭議。
在《馬太福音》11章4-6節中，當施洗約翰差遣他的門徒去問耶穌你是不是那可以拯救世人的-----彌賽亞的時候，耶穌的回答看起來好像引用了《以賽亞書》28章和61章的文字，就是“瞎子看見，瘸子行走，長大麻瘋的潔淨，聾子聽見，死人復活，窮人有福音傳給他們”。
這其中，“死人復活”這幾個字，在舊約經卷中並沒有出現。但在死海古卷中的一卷《以賽亞書》中，這句話卻確實出現了耶穌就是---彌賽亞----可以拯救世人！
更重要的是，在古卷中這段話的上下文，就是在形容當彌賽亞來到的時候，他所行的奇異作為，以及關於地上的都要服從他的情景。
這段經文證明了耶穌雖然沒有直說“我就是”，但他的回答所引用的經文，在告訴施洗約翰和他的門徒，“是的，我就是那彌賽亞”。
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